Как и опричнине Ивана Грозного, Преображенскому Приказу не суждено было пережить своего создателя. Хотя преследования по политическим мотивам продолжались и после смерти Петра, попыток создать специальную политическую полицию в последующее столетие больше не предпринималось. И лишь после неудавшегося восстания декабристов 1825 года царь Николай I (1825—55) создал свою политическую полицию, приказав открыть так называемое Третье отделение при Имперской Канцелярии.
Декабристы стали родоначальниками революционного движения в России. В отличие от своих предшественников декабристы подняли восстание не для того, чтобы сменить царя. Они хотели создать новую политическую систему, будь то республиканская или конституционная монархия, и добиться отмены крепостного права.
И Николай I, и глава Третьего отделения граф Бенкендорф всячески пытались отмежеваться от кровавой истории опричнины и Преображенского Приказа. По иронии судьбы символом Третьего отделения был носовой платок, якобы подаренный царем и бережно хранившийся под стеклянным колпаком в архиве тайной полиции. По преданию, Николай I, следуя религиозным традициям, напутствовал Бенкендорфа: «Вручаю Вам этот отдел. Чем чаще Вы будете пользоваться этим платком, утирая слезы, тем преданней Вы будете служить Нашим устремлениям…» Двойственность метафоры отражала как безграничное желание царя предстать перед своим народом в качестве «отца-командира», так и стремление Третьего отделения играть роль «врачевателя душ» нации. Однако главной задачей Третьего отделения было то, что на языке КГБ называлось «идеологической подрывной деятельностью», иначе говоря, борьба с любой формой политического инакомыслия. Подобно современному КГБ Третье отделение считало необходимым тщательно следить за развитием общественного мнения, с тем чтобы постоянно держать под контролем всякое инакомыслие. Бенкендорф готовил ежегодные доклады, «исследования общественного мнения». Так, в докладе за 1827 год говорилось, что «общественное мнение для правительства — это все равно что топографическая карта для командования армии в период военных действий».
Помимо широкой сети информаторов, начальник Третьего отделения имел в своем распоряжении еще и корпус жандармов — несколько тысяч дюжих молодцов, легко узнаваемых в толпе по белоснежным перчаткам и синим накидкам, задачей которых была охрана государственной безопасности. Однако в сравнении с КГБ Третье отделение было небольшой организацией. К моменту смерти Николая I в 1855 году его первоначальный аппарат, состоявший из шестнадцати служащих, вырос лишь на двадцать четыре человека. В отличие от своих предшественников, руководители Третьего отделения не отличались особой жестокостью. Лидер политического инакомыслия после декабристов Александр Герцен говорил, что он «готов поверить в то, что… Бенкендорф сотворил не все то зло, которое он мог бы сотворить будучи главой этой страшной полиции, находящейся вне и над законом и имеющей право вмешиваться во все и вся… Но и хорошего он ничего не совершил. Для этого у него не было ни воли, ни энергии, ни сердца.» Когда Герцен предстал перед Бенкендорфом в 1840 году, он увидел человека с «изнуренным, уставшим» лицом, на котором было «обманчиво добродушное выражение, часто встречающееся у непредсказуемых, апатичных людей». Граф Алексей Орлов, сменивший Бенкендорфа после его смерти в 1844 году, был братом одного из руководителей декабристов, генерала Михаила Орлова. Трудно себе представить, чтобы сто лет спустя Сталин последовал этому примеру и разрешил кому-либо из родственников Троцкого или Бухарина стать даже простым членом, не говоря уж руководителем НКВД.
Из 290.000 осужденных на ссылку в Сибирь или исправительные работы в период с 1823 по 1861 год только пять процентов были признаны виновными в совершении политических преступлений, причем многие из них были даже не русскими инакомыслящими, а польскими патриотами, выступавшими против российского правления. Внутри России политическое инакомыслие практически сводилось лишь к небольшой группе образованной аристократии. Тем не менее, именно при правлении Николая I политическому преступлению было дано юридическое определение. Уголовный кодекс 1845 года устанавливал строжайшее наказание всем, кто был признан «виновным в написании или распространении рукописных или печатных работ или заявлений, целью которых является возбуждение неуважения к Державной власти или личным качествам Самодержца или его правительства». По словам Ричарда Пайпса, этот кодекс для тоталитаризма был тем, чем «Хартия Свободы» была для независимости». С 1845 по 1988 год, за исключением короткого периода времени после неудавшейся революции 1905 года и захвата власти большевиками в октябре 1917 года, ставить под сомнение правильность политического порядка считалось уголовным преступлением в России. Уголовный кодекс 1960 года устанавливал наказание сроком до семи лет тюремного заключения с последующей ссылкой до пяти лет за «агитацию или пропаганду, направленную на подрыв или ослабление Советской власти». Большевизм унаследовал от царизма и политическую культуру, и правовую систему, при которой права были исключительной прерогативой государства.
Третье отделение гордилось тем, что в течение всего 1848 года, который стал пиком революционной активности в Западной Европе, Россия оставалась «дремлющей и спокойной». Брожение на селе, за которым последовало освобождение крепостных крестьян указом царя Александра II (1855—1881) в 1861 году, убедило новое поколение молодых аристократов-народников в том, что крестьяне наконец-то созрели для революции. Однако неудавшийся «поход в народ», предпринятый в 1874 году убежденными радикалами-идеалистами с целью поднять крестьян на борьбу с царизмом, привел к тому, что некоторые разочаровавшиеся народники стали террористами. Сторонники террора утверждали, что покушения на царскую знать будут способствовать как деморализации самого режима, так и демонстрации уязвимости царизма в доступной простому крестьянину форме. В 1879 году террористическая группа, состоящая из тридцати человек, организовала так называемый Исполнительный комитет «Народной Воли». Несмотря на свою малочисленность, всего за три года — с 1878 по 1881 год — эта группа своими террористическими действиями смогла довести царский режим до состояния, близкого к панике, тем самым показав неэффективность работы Третьего отделения. В 1878 году генерал Мезенцов, глава жандармерии и главный куратор Третьего отделения, был убит среди бела дня ударом ножа на одной из центральный улиц Санкт-Петербурга. Его охранник, подполковник Макаров, был совершенно не готов к подобной акции. Единственное, что он смог сделать, — это ударить нападающего своим зонтиком. Террорист благополучно скрылся. После нескольких террористических актов и покушений на жизнь царя, заочно приговоренного к смерти «Народной Волей», было проведено специальное расследование деятельности Третьего отделения, в результате которого выяснилось, что царская служба безопасности была настолько плохо организована, что царь «не мог чувствовать себя в безопасности даже в своей собственной резиденции».
В августе 1880 года скомпрометировавшее себя Третье отделение было распущено. Вместо него был создан Департамент государственной полиции, переименованный в 1883 году просто в Департамент полиции, на который была возложена задача охраны государственной безопасности. При полицейском управлении был создан Особый отдел для борьбы с политическими преступниками. Кроме того, была организована целая региональная сеть Охранных отделений, первое из которых начало свою деятельность в 1881 году. В дальнейшем вся система политической полиции стала называться «охранкой». Но несмотря на все реорганизации, в 1881 году Александр II был убит взрывом ручной гранаты, изготовленной террористами кустарным способом.