Деятельность заграничной агентуры не ограничивалась сбором разведывательных данных. Ею же были разработаны операции, впоследствии названные КГБ «активными действиями», с целью оказания давления на правительства и общественное мнение за рубежом, и «специальными мерами», предусматривающими использование различных форм насилия. В 1886 году агенты Рачковского взорвали издательство «Народной Воли» в Женеве, успешно обставив дело так, что все выглядело, как дело рук разочаровавшихся революционеров. В 1890 году Рачковский «разоблачил» группу русских эмигрантов, занимающихся изготовлением бомб в Париже. В результате нашумевшего процесса ряд заговорщиков был приговорен к тюремному заключению (некто по имени Ландезан, бежавший за границу, был приговорен заочно), а остальные были высланы из страны. В России «охранка» арестовала 63 революционера, якобы имеющих связь с парижской группой. В действительности же заговор был задуман и осуществлен под руководством Рачковского тем самым Ландезаном, который, будучи агентом-провокатором иностранного отдела «охранки», финансировал строительство мастерской по изготовлению бомб, а деньги на это ему передавали сотрудники того же иностранного отдела.
В течение всех восемнадцати лет службы в Париже (1884—1902) Рачковскому всегда удавалось скрывать следы своего участия в террористических актах и создании подпольных мастерских по изготовлению бомб, якобы спланированных и организованных эмигрантами-революционерами. Ратаев, сменивший его на посту начальника заграничной агентуры (1903—1905), был менее удачлив. Он был отозван в Россию после того, как «Сюрте» стало известно о его участии в неудавшемся покушении на князя Трубецкого в Париже, а также в организации взрыва бомбы во время проведения митинга, организованного французами в знак протеста против царских репрессий после революции 1905 года, среди жертв которого были два французских жандарма, получивших ранения. В 1909 году журналист-революционер по имени Владимир Бурцев раскрыл роль Рачковского в деле об изготовлении бомб в 1890 году. Он также утверждал, что агент-провокатор Ландезан, бежавший от полиции в 1890 году, был не кто иной, как начальник заграничной агентуры в Париже Хартинг. «Стремительный отъезд и исчезновение» Хартинга, по мнению «Сюрте», подтверждали слова Бурцева. Как ни странно, «Сюрте» не придала этому большого значения. Разведывательная информация, которую она получала от иностранного отдела, была «более ценной» и, безусловно, не шла ни в какое сравнение с преступлениями, совершаемыми агентами-провокаторами.
Рачковский, главным образом, специализировался на подделке документов и использовании агентов-провокаторов. Существуют указания на то, что он был организатором нашумевшей антисемитской провокации по подделке документов, известных под названием «Протоколы сионских мудрецов». «Протоколы», якобы свидетельствующие о еврейском заговоре, направленном на достижение мирового господства, не сыграли заметной роли до начала Первой мировой войны. Некоторое время Николай II считал, что они дают ключ к пониманию причин революции 1905 года, но узнав, что это была подделка, он с досадой сказал, что эти документы «запачкали светлое дело антисемитизма». Однако позднее «Протоколы» вновь всплыли на поверхность как руководство к действию для нацистов и фашистов. Из всех подделок двадцатого века эти «Протоколы» имели самые серьезные последствия.
Роль Рачковского не сводилась к сбору разведывательных данных и «активным действиям». Он, помимо всего прочего, пытался оказывать влияние на внешнюю политику России. Рачковский приехал в Париж в 1884 году, будучи ярым приверженцем идеи союза с Францией, которая оказалась в дипломатической изоляции после поражения во франко-прусской войне 1870—1871 года. В качестве тайного посредника он принимал активное участие в переговорах по созданию франко-русского «Двойного альянса» в 1891—1894 годах. Кроме того, он сыграл заметную роль в достижении последующих договоренностей в 1899 году. Среди самых надежных контактов Рачковского в Париже был и Теофиль Делькассе, который с 1898 по 1905 год возглавлял министерство иностранных дел Франции. За всю семидесятилетнюю историю Третьей Республики не было другого министра иностранных дел, который так долго бессменно занимал бы этот пост. Готовя свой собственный визит в Санкт-Петербург в 1899 году для изменения условий «Двойного альянса», а также официальный визит царя во Францию в 1901 году и ответный визит президента Лубе в Россию в 1902 году, Делькассе действовал через Рачковского, а не через посла Франции маркиза де Монтебелло. Русский министр иностранных дел граф Муравьев успокаивал расстроенного Монтебелло: «Мы полностью доверяем г-ну Рачковскому, который, по-видимому, пользуется таким же доверием и у французского правительства.» Однако Рачковский зашел слишком далеко и был отозван из Парижа в 1902 году. Интересно, что его падение не было связано с его влиянием на франко-русские дипломатические отношения. Оно было вызвано тем, что он навлек на себя гнев царицы, неосторожно настаивая на том, что нанятый ею французский «доктор» был просто-напросто шарлатаном.
«Охранка» внесла огромный вклад в проведение царской внешней политики, создав службу перехвата и дешифровки правительственных сообщений. Как и в большинстве ведущих старорежимных держав, в XVIII веке в России действовали так называемые «cabinets noirs», или «черные кабинеты», задачей которых был перехват частной и дипломатической корреспонденции. В Западной Европе деятельность «черных кабинетов» была в разной степени ограничена в XIX веке в результате выступлений общественности и парламентариев против вмешательства в работу почтовых служб. В Великобритании, например, служба дешифровки была закрыта в 1844 году после того, как в Палате Общин поднялся скандал, когда стало известно, что служба перехвата регулярно вскрывала корреспонденцию Джузеппе Мадзини, итальянского националиста, находящегося в изгнании в Великобритании. Лишь с началом Первой мировой войны английская служба дешифровки возобновила свою деятельность. Что же касается самодержавной России, протесты парламентариев никак не отражались на деятельности службы перехвата и дешифровки. «Охранка» имела «черные кабинеты» в почтамтах Санкт-Петербурга, Москвы, Варшавы, Одессы, Киева, Харькова, Риги, Вильно, Томска и Тифлиса. Последний начальник «охранки» А.Т. Васильев постоянно пытался всех убедить в том, что их деятельность была направлена исключительно на борьбу с заговорщиками и преступниками: «У правомыслящих граждан, безусловно, никогда не было никакого резона опасаться цензуры, поскольку на частные дела, в принципе, не обращается никакого внимания.» В действительности же, как и в старорежимные времена, вскрытие писем было источником как слухов, так и разведывательной информации. В результате расшифровки тайной корреспонденции архиепископа Иркутска стало известно, что у него была любовная связь с настоятельницей монастыря.
Главный криптограф «охранки» Иван Зыбин был настоящим гением в своем деле. Начальник московского отделения «охранки» П. Заварзин рассказывал: «Он был фанатиком, если не сказать маньяком, своей работы. Простые шифры он разгадывал с одного взгляда, а вот запутанные приводили его в состояние, близкое к трансу, из которого он не выходил, не решив задачу.» Первоначально главной задачей службы дешифровки «охранки» была расшифровка корреспонденции революционеров внутри и за пределами России, но постепенно «охранка» включила в поле своей деятельности и дипломатические телеграммы иностранных посольств, находящихся в Санкт-Петербурге. Начиная с сороковых годов XVIII века разведывательная служба время от времени пользовалась перехватом дипломатической корреспонденции в качестве источника информации. В 1800 году член коллегии Министерства иностранных дел Н.П. Панин писал своему послу в Берлине: «Мы располагаем шифрами переписки короля (Пруссии) с его поверенным в делах здесь. Если Вы заподозрите Хаугвица (министра иностранных дел Пруссии) в вероломстве, найдите предлог для того, чтобы он направил сюда сообщение по данному вопросу. Как только сообщение, посланное им или королем, будет расшифровано, я немедленно сообщу Вам о его содержании.»