В то время как Дзержинский и его помощники прибегали к красному террору только как к объективно необходимому средству классовой борьбы, некоторые из простых членов ЧК, особенно на местах, наслаждались властью жестокости, не вдаваясь в высокие идеологические рассуждения. Яков Христофорович Петере, один из первых и наиболее выдающихся помощников Дзержинского, позднее признавал, что «многие нечестные элементы» пытались проникнуть в ЧК. Однако он не считал нужным добавить, что многим из них это удавалось. По жестокости ЧК можно сравнить со сталинским НКВД, хотя масштабы расправ были гораздо меньше.
Вплоть до лета 1918 года чинимый ЧК террор в какой-то мере смягчался деятельностью левых эсеров, на помощь которых большевики полагались на начальном этапе. В январе 1918 года, несмотря на возражения со стороны Ленина и Дзержинского, представители левых эсеров в Совнаркоме настояли на том, чтобы их партия была представлена в ЧК. Один из четырех левых эсеров, назначенных членами коллегии ЧК, Вячеслав Алексеевич Александрович, стал заместителем Дзержинского. В марте 1918 года после подписания мира с Германией в Брест-Литовске в знак протеста левые эсеры вышли из Совнаркома. Партия большевиков изменила свое название на Коммунистическую. С тех пор в состав Совнаркома входили исключительно коммунисты, а правительство большевиков переехало в новую столицу – из Петрограда в Москву. Несмотря на то, что левые эсеры вышли из правительства, они все еще оставались в составе ЧК. Дело в том, что, по утверждению самих левых эсеров, Дзержинский просил их остаться, убеждая их лидера Марию Спиридонову, что без их поддержки более не сможет «держать в узде жаждущих крови чекистов». Пока левые эсеры оставались в составе ЧК, за политические преступления не расстреливали. Дзержинский безгранично доверял своему заместителю левому эсеру Александровичу. Переехав в Москву, он передал ему всю полноту власти по решению каждодневных административных вопросов, а сам сконцентрировал свои силы на оперативной работе.
Штаб ЧК находился в Москве, на улице Большая Лубянка, в доме номер 11, который ранее занимала страховая компания «Якорь» и лондонская фирма «Ллойд» (позднее ЧК переехала в дом номер 2, в котором находилась российская страховая компания «Россия»). Теперь главное здание КГБ находится на улице, носящей имя Дзержинского. Те, кого Дзержинский называл «жаждущими крови» чекистами, в скором времени оказались и в Москве. Одной из первых жертв чекистского террора в Москве был известный цирковой клоун Бим-Бом, который часто позволял себе смеяться над коммунистами. Как и в КГБ, в ЧК плохо понимали такой юмор и считали его идеологической провокацией. Когда во время представления к Бим-Бому подошли чекисты с каменными лицами, зрители подумали, что это лишь часть общего представления, однако их смех вскоре сменился на панику, когда они услышали выстрелы, – чекисты открыли огонь по Бим-Бому, который пытался бежать.
Помимо террора, в борьбе против контрреволюции ЧК часто прибегала к внедрению агентов. Хотя Дзержинский выступал против царских методов использования агентов-провокаторов, он очень быстро сам стал настоящим специалистом в этой области. Согласно официальным советским источникам, к началу 1918 года чекисты «регулярно предпринимали такие опасные операции», как внедрение агентов. «Обстановка напряженной классовой борьбы требовала быстрых действий по раскрытию гнезд контрреволюции. Любой неосторожный шаг мог стоить чекистам жизни, но мужество и преданность были их врожденными качествами.» Согласно источникам КГБ, первым значительным успехом ЧК по внедрению своих агентов была операция против организации, которая находилась в Петрограде и называлась «Союз по борьбе с большевиками и отправке войск (генералу) Каледину». Чекист по имени Голубев, выдавая себя за бывшего офицера царской армии, «смог быстро проникнуть в „Союз“, разоблачить многих членов белогвардейского подполья и выявить места их тайных встреч». В течение января-февраля весь «Союз», насчитывающий около четырех тысяч человек, «был разоблачен чекистами и полностью обезврежен с помощью красногвардейцев». Значительно усовершенствованные террор и техника внедрения агентов, самые эффективные методы борьбы ЧК против врагов большевиков, заложили основу для двух наиболее выдающихся достижений сталинского НКВД: самого страшного в истории Европы террора в мирное время и самого широкого проникновения разведывательной агентуры в правительственный аппарат зарубежных стран. Вместе с тем значительное расширение террора и операций по внедрению агентов наблюдалось уже во время Гражданской войны 1918—20 гг.
В условиях полного хаоса жизнь молодого Советского государства находилась под постоянной угрозой. В результате Октябрьской революции и ее последствий большевики смогли сохранить контроль только над Петроградом, Москвой и несколькими прилегающими к ней районами в радиусе примерно 500 километров (в основном к востоку и, в меньшей степени, к югу) от Москвы. Остальная же территория России находилась в полном хаосе. Роспуск демократически избранного Учредительного собрания лишил большевиков, во всяком случае в глазах всего мира, оснований для утверждения о том, что они являются законным правительством России. Их проблемы усугублялись и драконовским мирным соглашением, которого требовала Германия, а Ленин, в свою очередь, настаивал на том, что у Советской России нет другого выбора, как подписать его. «Если вы не готовы ползти на животе по грязи, вы не настоящий революционер, а болтун», – говорил Ленин тем большевистским руководителям, которые сомневались в правильности принятого решения, в том числе и Дзержинскому. По условиям мирного договора, подписанного в Брест-Литовске 3 марта 1918 года (потерявшего силу восемь месяцев спустя, когда армия Антанты одержала победу на западном фронте) большевики должны были согласиться с разделом Западной России. В мае в Сибири начался мятеж чехословацкого корпуса, сформированного бывшей царской армией. Это восстание ознаменовало начало гражданской войны, которая продолжалась два с половиной года. К июлю на территории бывшей царской империи насчитывалось уже восемнадцать правительств, выступающих против большевиков. Признаваемый только германскими захватчиками (пока, в свою очередь, они сами не оказались в положении побежденных в ноябре того же года), советский режим оказался международным изгоем. Многие дипломаты стран Антанты были захвачены войной в Советской России. Летом 1918 года они начали вступать в контакт с врагами большевиков, а правительства Великобритании, Франции, США и Японии предприняли военную интервенцию.
С самого начала большевики считали, что Гражданская война являлась частью общего заговора сил Антанты. В действительности же Антанта не была инициатором восстания чехословацкого корпуса. Главной причиной мятежа было то, что тогдашний военный комиссар Лев Троцкий предпринял попытки разоружить солдат, и они, опасаясь за свою жизнь, взялись за оружие. Но для Ленина и Совнаркома было очевидно, что чехи были не чем иным, как инструментом «англо-французских маклеров». Ленин говорил в июле: «Мы столкнулись с систематическим, методическим и, очевидно, хорошо спланированным военным и финансовым контрреволюционным заговором против Советской республики, который все представители англо-французского империализма готовили в течение нескольких месяцев». До сих пор КГБ рассматривает все заговоры и выступления против молодого советского режима как «проявление общего заговора» своих классовых врагов внутри страны и «империалистических сил за рубежом». В действительности же все было по-другому. Если бы существовал «общий заговор», большевистский режим никогда не смог бы удержаться. В течение 1919 года большевикам противостояли три основные военные силы. Весной в Сибири началось выступление армии, возглавляемое бывшим царским адмиралом Колчаком, а летом – наступление белых генералов Деникина и Юденича на юге и на севере страны. Юденич дошел до пригородов Петрограда, фактически перерезав все железнодорожные сообщения города с Москвой. Большевики смогли выстоять благодаря полководческому гению Троцкого, который возглавил Красную Армию, но еще в большой степени им помогли разногласия, возникшие в рядах противника. Если бы разрозненные наступления Колчака, Деникина и Юденича были бы частью скоординированного наступления на Петроград и Москву, вполне возможно, контрреволюция одержала бы победу. Вместо этого каждая из белых армий действовала независимо друг от друга, а каждый из командующих сам хотел разгромить советский режим и овеять себя славой, и все они потерпели поражение.