Падение советского блока поставило под угрозу и альянсы КГБ в странах Латинской Америки. Хотя Кастро продержался и дольше, чем Хонеккер, он все подозрительнее относился к новому мышлению Горбачева. Уже к 1987 году миссия КГБ в Гаване жаловалась, что кубинская ДГИ не подпускает ее к себе и на пушечный выстрел. Ситуация была настолько серьезной, что Чебриков сам поехал на Кубу, чтобы попытаться восстановить рушащиеся разведывательные связи. Вряд ли он своей поездкой добился чего-нибудь стоящего. Поражение сандинистов на никарагуанских выборах в феврале 1990 года, чего КГБ, видимо, никак не ожидал, поставило под угрозу деятельность четырех станций электронной разведки в Никарагуа. В связи с сокращением огромных советских субсидий Кубе было поставлено под угрозу и будущее Кастро, а с ним и будущее очень крупной станции электронной разведки на Лурдасе.
И все же самая большая угроза будущему КГБ таится в его собственном прошлом. Из своей штаб-квартиры на площади Дзержинского КГБ в период сталинизма руководил самыми крупными в мирное время репрессиями и самыми большими концлагерями в истории Европы. Народный депутат СССР и бывшая звезда спорта Юрий Власов в 1989 году на Съезде народных депутатов заявил: «КГБ не просто служба, но настоящая подпольная империя, которая до сих пор не выдала нам своих секретов, а лишь открыла могилы.» Нервозность, с которой Центр реагирует на каждое требование открыть свои архивы, лишь демонстрирует всю серьезность их содержания. При движении Литвы к независимости в 1990 году главным приоритетом КГБ было уничтожение сотен тысяч дел в своих архивах. «Радио Вильнюс» сообщило, что председатель литовского КГБ Эдуардас Эйсмонтас фактически признал, что большая часть архивов была либо уничтожена, либо перевезена в Москву. Вскоре после своего заявления Эйсмонтас ушел в отставку.
Наибольшую опасность для КГБ представляют архивы внешних операций. В конце восьмидесятых годов КГБ долго боролся, спихивая с себя ответственность за убийство польских офицеров в Катынском лесу во время Второй мировой войны. В марте 1989 года последнее коммунистическое правительство Польши наконец решилось возложить вину за это убийство на КГБ. Польская печать опубликовала текст справок, найденных в карманах убитых польских офицеров о том, что во время казни они были пленными НКВД, но еще целый год пресс-бюро КГБ продолжало винить во всем немцев и отказалось «предвосхищать» выводы совместной советско-польской комиссии, которая явно не спешила. Когда «Московские новости» потребовали от КГБ «подтвердить или опровергнуть» свидетельства польских источников, на главного редактора этой газеты посыпались угрозы. Ветераны НКВД, которым было что рассказать о катынском расстреле, сообщили «Московским новостям», будто КГБ приказал им держать язык за зубами. Лишь в апреле 1990 года, когда Президент Горбачев вручил Президенту Ярузельскому папку с документами, подтверждающими роль НКВД в этой казни, КГБ наконец смирился с неизбежным и взял на себя ответственность. В течение последующих месяцев были обнаружены еще несколько массовых захоронений польских офицеров.
Боязнь Центра выпустить из рук даже архивные сведения об одном иностранце можно прекрасно проиллюстрировать на примере шведского дипломата Рауля Валленберга. Во время своего пребывания в Будапеште в 1944—1945 годах Валленберг спас жизни многих тысяч евреев, предоставляя им дипломатическую защиту Швеции. Вскоре после оккупации Венгрии Красной Армией он загадочно исчез. С момента его исчезновения шведское правительство, семья Валленберга и общество Рауля Валленберга постоянно требовали от Москвы сказать правду о его судьбе. Отказ КГБ раскрыть его дело дал почву для слухов, к сожалению, беспочвенных, что Валленберг до сих пор жив и находится где-то в тюрьме. В 1957 году Андрей Громыко, будучи тогда заместителем министра иностранных дел, вручил шведскому послу в Москве меморандум о том, что Валленберг умер от сердечного приступа в советской тюрьме в 1947 году. Эта фальшивка до сих пор преподносится советскими властями как «неопровержимый факт». Однако в октябре 1989 года была предпринята попытка ослабить международное давление на КГБ, пригласив представителей общества Рауля Валленберга, включая его сводную сестру Нину Лагергрен и сводного брата Гая фон Дарделя, для переговоров в Москву. Их приняли Вадим Петрович Пирожков, заместитель председателя КГБ, и Валентин Михайлович Никифоров, заместитель министра иностранных дел. Вручили им паспорт Валленберга, некоторые личные вещи и поддельное свидетельство о смерти, датированное 17 июля 1947 года и подписанное главным врачом Лубянской тюрьмы. Пирожков и Никифоров выразили «глубокое сожаление», что, несмотря на «тщательные» поиски в архивах КГБ, больше документов найдено не было. Среди прочих и Андрей Сахаров публично выразил сомнение в том, что такое важное дело КГБ об иностранном дипломате вдруг исчезло. На самом деле его документы никуда не исчезали, просто КГБ посчитало неловким их обнародовать.
В деле Валленберга, хранящемся в КГБ, говорится, что вскоре после прихода Красной Армии в Будапешт НКВД постарался завербовать его. Валленберг немедленно отказался, а НКВД вдруг забеспокоился, не станет ли тот вдруг шуметь об этой попытке, арестовал его и переправил в Советский Союз. Дальнейшие попытки, предпринятые в Москве, чтобы завербовать Валленберга, также окончились неудачей. Его расстреляли не позднее 1947 года. В 1989 году, чтобы запутать следы, КГБ вытащил тогда своего бывшего ветерана активных действий Радомира Богданова, бывшего заместителя директора Института США и Канады Академии наук СССР и заместителя председателя Советского комитета защиты мира. Будучи с 1957 по 1967 год резидентом КГБ в Нью-Дели, Богданов сыграл ведущую роль в превращении Индии в один из главных центров советских «активных действий». Весной 1989 года Богданов начал информировать иностранных гостей и журналистов в Москве, что Валленберг был посредником на тайных переговорах между Лаврентием Берия и главой СС Генрихом Гиммлером в 1944 году. Московский еженедельник «Новое время», использовавшийся в прошлом как один из каналов для «активных действий», продолжил эту кампанию очернительства, рисуя Валленберга плейбоем, бабником и другом Адольфа Эйхмана, главного действующего лица в окончательном решении еврейского вопроса.