Бакатин упразднил бывшее 5-е управление: «Слежка, или политический сыск, или надзор по политическим мотивам, прекращены полностью — за это я могу ручаться».
Службу, которая занималась коррупцией в органах МВД, из КГБ переместил в МВД: «Пусть сами отвечают за себя и имеют инструменты внутренней контрразведки».
Из состава КГБ вывел внешнюю разведку. Возмущался «информационным мусором из ПГУ, который зачастую имел не большую ценность, чем вырезки из газет».
Из центрального аппарата выделил Управление по Москве и Московской области, которое переходило под юрисдикцию российского руководства и стало называться УКГБ РСФСР по Москве и Московской области. По рекомендации мэра Москвы Г. Попова начальником был назначен гражданский человек — Е.В. Савостьянов, отличившийся в августе при выдворении сотрудников аппарата ЦК КПСС из помещений на Старой площади.
Как и пообещал в первый день своего назначения на должность председателя КГБ, встретился с каждым из членов коллегии. Они приходили к нему с рапортами, где излагали свои действия в августовские дни и в конце выносили себе вердикт.
В основном это были прошения об отставке. Некоторых Бакатин отправлял сам по причине того, что они не справлялись с работой.
Уже в первые недели от занимаемых должностей освободил заместителей председателя КГБ генералов Грушко, Агеева, Петроваса, Прилукова, Лебедева; руководителей управлений генералов Плеханова, Генералова, Дардецкого, Жижина, Кал-гина, Беду, Глущенко, Расщепова; начальника группы «Альфа» генерала Карпухина. Подчеркивал: «И еще будут уволены довольно многие. По стране, может быть, это будут сотни, тысячи, но это те, которые действительно запятнали себя государственным преступлением — участием в заговоре».
Кого Бакатин назначил вместо ушедших? Кадровое, ключевое управление возглавил недавний преподаватель Военно-воздушной академии полковник авиации Н.С. Столяров, отличавшийся своими реформистскими взглядами и удостоенный должности председателя Центральной контрольной комиссии Компартии РСФСР. Памятные августовские дни он провел в «Белом доме». «Правда, ему мешало отсутствие опыта административной и кадровой работы… В чем-то, видимо, мешал и мой, зачастую субъективный, подход», — самокритично признавал новый шеф Лубянки.
Первым заместителем Бакатина стал А. Олейников. Он служил в московском и пермском управлениях, был заместителем начальника Управления по борьбе с организованной преступностью. Бакатин хвалил его — исключительно трудоспособный, без амбиций, опытный и доброжелательный. «Об этом выборе я никогда не жалел», — с теплотой говорил о нем Бакатин.
Заместителями были назначены Н. Шам — с должности первого заместителя начальника 6-го управления и Ф. Мясников, работавший заместителем начальника Инспекторского управления. Обоим Бакатин давал блестящую характеристику. Внешняя разведка выделялась в самостоятельную структуру, возглавить которую надлежало кому-либо из крупных политиков. Бакатин предложил кандидатуру академика Е.М. Примакова, и Ельцин дал согласие. Сначала Примаков возглавлял ПГУ на правах первого заместителя председателя КГБ.
Бакатин считал, что главное в изменении концепции работы разведки — отказ от образа врага, от взгляда на империализм, на Запад только как на источник возможных бед и напряжений. «Знаменитая формула Уильяма Гладстона об отсутствии у его страны постоянных врагов и наличии только постоянных интересов была созвучна и моим мыслям», — отмечал он.
Обновил руководство секретариата КГБ, аналитического управления, 10-го (архивного) отдела.
Бакатин вынашивал и идею отказа КГБ от военного принципа работы и особенно от присвоения воинских званий. По его мнению, такая милитаризованность приводила к жесткой иерархичности, погоне за «звездами», поиску высоких «потолков», к насаждению своего рода «духа казармы». Не случайно во многих странах мира спецслужбы не строятся по армейскому принципу.
Но он понимал, что старую практику сразу отменить нельзя.
Звания многое значили для кадровых сотрудников, и не только в моральном плане. От количества звезд на погонах зависело и денежное содержание.
Попытался было зачислить в штат центрального аппарата КГБ гражданских лиц, ранее не имевших никакого отношения к Лубянке. Но этот эксперимент не мог назвать удачным: политологи и университетские преподаватели чувствовали себя инородным телом там, где многое определялось званием.