За время пребывания в следственном изоляторе «Матросская Тишина» сильно похудел и постарел, тяжело болел.
С 30 ноября 1993 года с перерывами до 20 января 1994 года допрашивался по делу ГКЧП на заседании Военной коллегии Верховного суда РФ.
На первом же заседании суда адвокат Крючкова Юрий Иванов поддержал ходатайство об отводе государственных обвинителей, с которыми выступили другие обвиняемые и их защитники. В результате Военная коллегия Верховного суда вынесла определение с оценками грубых нарушений предварительным следствием уголовно-процессуального права, неправомерности действий Генерального прокурора Степанкова и его заместителя Лисова, написавших и издавших книгу «Кремлевский заговор».
В определении было сказано, что в указанной книге обвиняемые неоднократно именовались «заговорщиками», а их действия назывались «заговором» и «захватом власти», то есть практически квалифицировались как преступление, предусмотренное статьей 64 УК РСФСР. «Таким образом, посредством этой книги еще до суда действия обвиняемых публично объявлены преступными, а также дана оценка их возможным показаниям в предстоящем судебном заседании, достоверность которых вправе оценивать только суд».
В связи с изложенным Военная коллегия Верховного суда определила: «Обратить внимание Верховного Совета Российской Федерации на грубые нарушения закона, допущенные Генеральным прокурором Российской Федерации Степанковым В.Г. и заместителем Генерального прокурора Российской Федерации Лисовым Е.К., и предложить рассмотреть вопрос о реальном обеспечении независимости государственных обвинителей по данному делу».
Зал встретил это определение бурными аплодисментами.
Сторонники обвиняемых рассматривали произошедшее как их первую победу по делу ГКЧП. Но, как отмечал позднее Крючков, Верховный Совет, в конце концов, спустил все на тормозах.
О дальнейшей судьбе Крючкова. С середины 1990-х годов работал в акционерной финансовой корпорации (АФК) «Система».
В июне 1999 года директор ФСБ В.В. Путин лично приезжал к Крючкову, чтобы пригласить его на заседание коллегии ФСБ в связи с 85-летием Ю.В. Андропова. Будучи премьером, Путин приезжал на день рождения Крючкова, который он отмечал раз в 4 года, поскольку родился 29 февраля.
В мае 2000 года Крючков был приглашен в Кремль на церемонию инаугурации Президента РФ В.В. Путина. Поскольку у Крючкова больные ноги, он был единственным из приглашенных, кто провел в кресле всю часовую процедуру вступления Путина в должность и встал, только когда зазвучал Государственный гимн.
Мнения о Крючкове.
Генерал-майор КГБ В. Широнин:
— Все его действия, на мой взгляд, свидетельствуют о том, что в августовские дни он находился как бы в растерянности и плыл по течению событий. Конечно, он не был «заговорщиком», каковым в сложной политической интриге его пытались представить антикоммунистические силы. Объективности ради надо также сказать, что в чекистской среде бытует мнение, что Крючков, понимая безнадежность силовых методов, попытался смягчить удар по органам госбезопасности. Он намеренно во время августовских событий опирался на узкий круг сотрудников из своего окружения, выводя из-под удара всех остальных, ибо они действительно ничего не ведали о планах ГКЧП. Только сам Крючков знает, так ли было на самом деле. Уж он-то лучше, чем кто-либо понимал, как были раздавлены органы госбезопасности в бывшей ГДР и некоторых других странах Восточной Европы.
О.Д. Бакланов (запись 2011 года):
— А позиция Крючкова мне до сих пор непонятна. Получилось, что страны нет, а Комитет государственной безопасности весь в белых перчатках. Между тем именно он в первую очередь и отвечал за то, чтобы арестовать Ельцина и отправить его в «санаторий».
Л.В. Шебаршин:
— В 1990 году волею Крючкова я посылался в три прибалтийские республики, во Владивосток, в Краснодар… Видел одно и то же. Огромные штаты местных подразделений КГБ не знали, ради чего они работают, какие проблемы должны решиться ими или с их помощью, какую информацию собирать и кому докладывать. Совершалось множество суетливых механических движений (так бегает и хлопает крыльями обезглавленная курица), создавалась видимость активной работы. Люди обслуживали сами себя, успокаивали видимостью работы совесть, пытались быть чем-то кому-то полезными. Пустота, выморочность, обреченность и в зданиях КГБ, и в зданиях партийных инстанций. Молчащие телефоны, томительное предчувствие надвигающейся беды и полная беспомощность всех должностных лиц, совсем недавно бывших полноправными и абсолютными властителями своих территорий.