Однако в феврале 1995 года президиум Верховного суда РФ оставил в силе оправдательный приговор. Один из архитекторов горбачевской перестройки — А.Н. Яковлев — прокомментировал по телевидению: «Этот суд, который оправдал Варенникова, надо судить».
Варенников подал в суд письменное ходатайство о возбуждении уголовного дела по факту развала Советского Союза.
Оно было принято, но потом повисло в воздухе.
В 1995 году на вопрос, мог ли ГКЧП победить, ответил:
«Если говорить откровенно и исходить из исторических событий, то — да. Но при условии, что Горбачев обладал бы даром предвидения и опирался на ГКЧП».
Варенников выделил две причины, по которым выступление ГКЧП закончилось неудачей. Первая: «ГКЧП как орган государственного управления страной в условиях фактически чрезвычайных не состоялся. Он был формально создан, были продекларированы прекрасные документы, но страной никто не управлял. Даже свои документы Комитет не разъяснял народу, не доводил до сознания цели и задачи, которые он преследовал. Вполне понятно, что в головах наших сограждан стоял туман: никому не было понятно, что творится в стране».
Вторая причина, вытекающая из первой: «ГКЧП не ставил перед собой задач свернуть Горбачева как предателя. Мало того, руководители Комитета даже в дни событий не заняли по отношению к нему хотя бы жесткую позицию».
До последнего своего вздоха Варенников считал, что в августе 1991 года действительно был переворот, но совершенный Ельциным, в результате чего он не только утвердился в российской власти, но и захватил власть союзную, чтобы потом разломать Советский Союз.
При Путине Варенников избирался депутатом Госдумы РФ, был председателем думского комитета по делам ветеранов, входил в состав фракции «Родина», возглавлял российскую Ассоциацию Героев Советского Союза. Целиком и полностью поддерживал курс Путина. Автор пяти книг мемуаров.
Скончался в 2009 году накануне Дня Победы.
Обвинялся в заговоре с целью захвата власти. Находясь в следственном изоляторе «Матросская Тишина», не терял присутствия духа, проявлял твердость. Убеждений не менял, покаянных заявлений не подавал.
Наоборот, проявлял бойцовские качества, отстаивал свою правоту. В ноябре 1991 года, прочитав только что вышедшую брошюру Горбачева «Августовский путч», обратился с заявлением на имя Генерального прокурора России В.Г. Степанкова.
«Публикацию в печати указанной книги, — говорилось в заявлении, — с описанием обстоятельств событий 19–21 августа 1991 года, которые расследуются органами прокуратуры, считаю недопустимой, т. к. тем самым попирается принцип презумпции невиновности указанных в книге лиц, влияет на формирование общественного мнения о полной непричастности автора к драматическим событиям и скрывает его истинную роль и участие в них».
Перечислив действия Горбачева по развалу страны, сделал вывод, что тот должен нести ответственность перед народом и законом.
В декабре 1992 года ему из-за болезни была изменена мера пресечения на подписку о невыезде.
— Тюрьма есть тюрьма, — рассказывал он позднее. — В России в тюрьмах сидит около миллиона человек. Я отлично представляю, в каких ужасных условиях. В «Матросской Тишине» со мной в одной камере сидели три человека. Один — «ворошиловский стрелок», сидел за «мокрое» дело. Другой — бизнесмен. Третий — за бытовуху. Кормили отвратительно. Но я прошел немецкую оккупацию, и меня это не сильно волновало. Подсаживали ко мне и сексотов. Но их же сразу Видно. Так что их попытки поговорить по душам ни к чему не привели.
Об охране и следователях:
— Она у нас сначала была штатная, а потом к нам приставили ОМОН. Там были разные люди. В основном простые ребята.
С некоторыми возникала взаимная симпатия. А следователям я прямо говорил: «Ну какой я преступник? Я защищал страну, а вы мне шьете измену Родине! Вы сами-то в это верите?» Молчание. «Я делаю свою работу». И так полтора года, пока я сидел.
В ноябре 1993 года судебное разбирательство в отношении Бакланова было приостановлено из-за его болезни.
Амнистирован в феврале 1994 года на основании постановления Госдумы вместе с другими членами и сторонниками ГКЧП. Сотрудничал с различными банковскими и промышленными кругами, возглавлял совет директоров корпорации ОАО «Рособщемаш», объединявшей предприятия ракетно-космического комплекса. В 2001 году избирался в состав Секретариата Совета СКП — КПСС.
Никогда не жалел о своем участии в августовских событиях: