14 апреля 1993 года после первого заседания Военной коллегии Верховного суда РФ на вопрос корреспондента «АиФ», с явной издевкой спросившего: «Как спите? Что видите во сне?» — выдержал паузу, ответил: «Привык к экстремальным условиям, и пошли вы к черту!» «Так и напечатали», — вспоминал позднее в мемуарах. Не скрывал: «Хотелось послать его в дальние страны, по маршруту, но я знал, что они не постесняются напечатать и сто крат добавят от себя».
17 февраля 1994 года указом Ельцина был уволен из рядов Вооруженных сил, а 19 февраля получил выписку из приказа министра обороны об увольнении. В ней значилось: «Выслуга лет в Вооруженных Силах: календарных — 52 года 1 месяц, в льготном исчислении — 59 лет 5 месяцев».
«Получение выписки я воспринял спокойно. И на гражданке можно служить Родине», — записал в своем дневнике.
В начале мая 1994 года на основании постановления Госдумы РФ «Об объявлении политической и экономической амнистии» уголовное дело против него было прекращено.
В 1995 году на вопрос, могли ГКЧП победить, ответил: «Вопрос весьма сложный, но я ответил бы “да”».
С 1998 года консультант Главного управления международного военного сотрудничества Министерства обороны РФ. В 1999 году издал мемуары «Удары судьбы».
В 2001 году, в день десятилетия ГКЧП, засомневался, надо ли было создавать ГКЧП: «Ведь что такое ГКЧП? Все правительство: премьер-министр, министр обороны, председатель КГБ и другие товарищи, которые создавали государство. Зачем им нужно было самих себя обзывать ГКЧП? Этого можно было и не делать».
В 2016 году, в 25-ю годовщину событий 19–21 августа 1991 года, опроверг в интервью «Комсомольской правде» слова Горбачева о том, что «путчисты» спасали не СССР, а свою шкуру, свои должности:
— Я не держался за должность министра. За год до ГКЧП я к Горбачеву сам пошел и говорю: мне скоро 70 лет. Нужно молодого, послевоенной генерации человека найти. Специально ввели должность свободного заместителя министра, назначили Ачалова. Он за год должен был проехать по гарнизонам, посмотреть, что собой представляет армия. И я должен был осенью 1991 года сдать ему должность. Восьмого ноября мне исполнялось 70 лет. Так что никакого шкурного интереса у меня не было.
Рассказал о своей последней встрече с Горбачевым. Она состоялась во время суда над генералом Варенниковым, который не согласился на амнистию. Горбачев мимоходом, увидев Язова, обронил:
— Мне тебя жаль и Ахромеева. А остальные — черт с ними. Язов ответил: ему жаль, что Родину потеряли. Горбачев махнул рукой и ушел. Больше они не встречались.
26 августа из следственного изолятора г. Кашина Тверской области был переведен в «Матросскую Тишину», где провел почти полтора года. 4 сентября 1991 года освобожден от должности вице-президента внеочередным V Съездом народных депутатов СССР. Обвинялся по ст. 64 п. «а» УК РСФСР (измена Родине, в части «заговор с целью захвата власти») и по ст. 175 (должностной подлог).
Его адвокат Абдулла Хамзаев, единственный, кто был назначен государственным защитником, а не приглашен родственниками, рассказывал:
— Мой подзащитный физически чувствует себя абсолютно нормально, выбрит, подтянут. Словом, выглядит куда лучше, чем на той знаменитой пресс-конференции. Условия содержания не нарушаются, но после встреч с подзащитным становится обидно за всех заключенных, за тех, кто терпит наказание, еще не будучи признан виновным…
Сняв «мундир», Геннадий Иванович оказался обычным человеком, естественно, подавленным обрушившейся на него катастрофой.
По словам А. Хамзаева, он не является политическим сторонником своего подзащитного. Но задача профессионального защитника — в определенных законом рамках облегчить участь человека, вольно или невольно оказавшегося в критической жизненной ситуации.
— Бросать сейчас в него камни, — подчеркивал адвокат, — найдется много желающих. К сожалению, у нас любят бить лежачих. А вот быть рядом с попавшим в беду желающих нет. Моя обязанность — помочь ему как на суде, так и по ходу ведения дела.
И он помогал — профессионально. Когда материалы дела ГКЧП были переданы в суд, Хамзаев на первом же заседании подал ходатайство об отводе всего состава суда. В обосновании указывалось на зависимость судей от Министерства обороны. «Поскольку народные заседатели по своему положению являются подчиненными нынешнего министра обороны России генерала армии Грачева, а тот, в свою очередь, проходит по делу как свидетель, то народные заседатели не могут объективно исследовать показания Грачева, роль которого в событиях 19–21 августа неоднозначна».