Тем временем поиск источника первоначальной информации, выведшей ФБР и МИ-5 на Фукса, продолжался. Прорабатывался, в частности, вариант с дешифровкой американцами и англичанами шифрпереписки между Центром и резидентурами в США за 1944–1945 годы, основывавшийся на информации, полученной через Берджеса от Филби, об ошибочном использовании советской разведкой при зашифровке некоторых сообщений дважды одного и того же одноразового блокнота.
Распутывая эту загадку, аналитики вышли на верней путь, и в окончательной версии провала Фукса от 29 мая 1950 года все же в качестве первоисточника «наводки» на Фукса назвали факт дешифровки в том виде, как он излагался Берджесом со слов Филби на встрече 10 февраля 1950 года.
Реакция разведки на провал Фукса в части, касающейся оперативной работы, была весьма необычной. Она отказалась от традиционных в таких случаях мероприятий по консервации связей с источниками и от «залегания на дно». Напротив, было решено работу с источниками не прекращать, чтобы не создать у них впечатления, что Фукс был связан с советской разведкой, и чтобы не напугать и не потерять их таким образом. Рекомендовалось также в качестве активного мероприятия проводить мысль о том, что американцы специально создали дело Фукса, чтобы отказать англичанам в предоставлении информации по атомной энергии.
Рассматривая дело Фукса со всех сторон и думая, как из провала извлечь пользу, Центр пришел к мысли, что в целях нанесения ущерба разработкам атомного оружия в США и Англии было бы полезно проэксплуатировать развернутую в этих странах кампанию шпиономании. Хотя имеющееся документы не раскрывают ход мысли авторов этой оперативной игры, можно предположить, что наиблее эффективным способом осуществления такого активного мероприятия могло быть продвижение сведений, бросающих подозрение на создателей атомного и водородного оружия. Упав на благодатную почву, подготовленную заявлениями Гувера о том, что Фукс не единственный «коммунистический шпион» и что ФБР расследует дела других ученых-атомщиков (анонимность такого заявления компрометировала фактически каждого из них), такого рода информация могла бы привести к отстранению от ядерных исследований ведущих разработчиков. В качестве таковых в плане мероприятий в связи с провалом Фукса назывались имена Юри, Гроссе, Скиннера, Сциларда, Смита, Оппенгеймера, брата которого уже допрашивало ФБР в 1948 году, и Гамова. Документальных свидетельств о том, приводился ли этот план в действие, каким образом и каковы были его результаты, в делах не сохранилось. Разумно, однако, предположить, что намерения остались только намерениями, так как именно кампания шпиономании и усиление работы ФБР и МИ-5 существенно ограничивали возможности советской разведки в этих странах. По иронии судьбы Гувер и сенатор Маккарти сами выполнили большую часть этой работы, пропуская лучшие ученые умы через Комиссию по расследованию антиамериканской деятельности.[24]
После первого заседания суда, рассматривавшего дело Фукса, советской разведкой был разработан план контрмероприятий по нейтрализации негативных последствий провала.
Предложения сводились к тому, чтобы в конфиденциальной беседе с отцом Фукса — Эмилем — убедить его обратиться к опытным английским адвокатам с просьбой взять на себя защиту Клауса. В случае согласия адвокатов предполагалось через отца Фукса направлять их действия таким образом, чтобы отсрочить судебный процесс, организовать встречу с Фуксом, вселить в него уверенность, что он не оставлен в беде, выяснить существо дела и выстроить его надежную защиту. Через умелые действия адвокатов разведка рассчитывала также узнать как можно больше о действиях МИ-5 и ФБР и о причинах провала. Оплату работы адвокатов брала на себя советская сторона.
Скоротечность судебного процесса над Фуксом (приговор был вынесен уже 1 марта) не позволила осуществить намерения Центра, а публичное признание Фуксом своей вины подрывало «идеологию» задуманных мероприятий. Поэтому Л.P. Квасников в докладе начальнику разведки С. Савченко, объяснив причины, по которым план не был приведен в действие, предложил ограничиться лишь возбуждением ходатайства о пересмотре дела Фукса через его брата Герхарда. Савченко одобрил инициативу Квасникова, но и она не была реализована. Брат Фукса был тяжело болен туберкулезом и в январе 1951 года скончался, 8 мая 1950 года из сообщений английских газет стало известно о предстоящей встрече с Фуксом сотрудников ФБР. 24 мая в прессе появилось сообщение Об аресте в США Гарри Голда. Его арест положил начало делу об «атомном шпионаже» в США. (Ход разработки этого дела подробно описан сотрудником ФБР Робертом Ламфиром в книге «FBI — KGB War»).