В жизни Филби в это время были периоды, когда ввиду загруженности журналистскими делами у него не было возможности заниматься сбором разведывательной информации. Подобное положение сложилось, например, весной 1937 года, когда Филби освещал наступление франкистских войск на севере страны. Промышленные центры этого района, хотя и были отрезаны от остальной части страны, находились в руках республиканцев и играли решающую роль в их сопротивлении. Чтобы окончательно выиграть войну Франко, необходимо было установить контроль над сосредоточенной в этом районе сталелитейной промышленностью. Командовавший франкистскими войсками генерал Эмилио Мола 31 марта 1937 года перед началом наступления выступил со следующей угрозой: «Если войска противника не капитулируют, я сотру с лица земли всю баскскую провинцию, в первую очередь центры военной промышленности. У меня для этого есть все средства».
Под этими средствами Мола подразумевал эскадрильи германских самолетов, управляемых летчиками Геринга, с помощью которых франкисты неудержимо теснили недостаточно хорошо организованные баскские подразделения. К понедельнику 26 апреля войска Мола находились в 10 милях от небольшого городка на подступах к столице басков — Бильбао. Этот городок назывался Герника, который был стерт с лица земли. Число погибших точно установить не удалось, предположительно оно составляет до 1600 человек.
Одним из первых вошедших в Гернику корреспондентов был коллега Филби, освещавший военные события в Испании с позиций республиканцев, Джордж Стир. 28 апреля его статья была помещена на видном месте в газетах «Таймс» и «Нью-Йорк тайме». Статья гласила: «Самый древний город басков и центр их традиционной культуры Герника вчера был полностью уничтожен в результате пиратских воздушных налетов мятежников. Бомбардировка этого города, находящегося за линией фронта, непрерывно продолжалась более трех часов. В налетах принимал участие целый германский воздушный флот, состоявший из бомбардировщиков «юнкере», «хейнкель» и истребителей. На город непрерывно сбрасывались бомбы весом до 500 килограммов, в том числе более 3 тысяч двухфунтовых алюминиевых зажигательных бомб».
В наиболее важном разделе статьи Стира говорилось: «Если принять во внимание форму, в которой было совершено это преступление, масштабы разрушений, а также выбор объекта, то можно сказать, что налет на Гернику не имеет прецедента в военной истории. Герника — это не военный объект. Находящийся за пределами города военный завод оказался нетронутым. Очевидно, бомбардировкой преследовалась цель деморализовать гражданское население и разрушить колыбель баскской нации. Все факты свидетельствуют в пользу этой версии».
Поднятая статьей Стира и сообщениями других посетивших Гернику журналистов волна возмущений прокатилась по всему миру. Она не утихла до сих пор (Герберт Мэтьюз из «Нью-Йорк тайме» позднее заявил, что уничтожение Герники вызвало в мире большее негодование, чем атомная бомбардировка Хиросимы). Это событие стало символом времени, когда начавшаяся всеобщая война вылилась в тотальную бомбардировку гражданского объекта, что явилось актом намеренного террора. С тех пор левые силы традиционно используют Гернику как символ жестокости фашизма.
Через два дня Герника была захвачена войсками Франко. Франкисты сразу же выпустили пресс-релиз, в котором заявили, что в основном баски сами разрушили город, чтобы склонить на свою сторону мировое общественное мнение. Вряд ли мир в какой-либо степени поверил этому, если бы не газеты «Таймс» и «Нью-Йорк тайме», поместившие 4 мая статью своего корреспондента Холбурна. В начале статьи автор утверждал: «К сожалению, пожар уничтожил большую часть доказательств, по которым можно было бы судить о причинах его возникновения. Тем не менее оставшиеся улики свидетельствуют в пользу утверждений националистов о том, что поджоги города со стороны самих басков принесли Гернике больший ущерб, чем бомбардировка авиацией генерала Франко». Далее в статье говорилось: «Ранее утверждалось, что Герника якобы подверглась жесточайшей бомбардировке, однако удалось выявить лишь немногие следы этого. Обнаружено несколько осколков бомб, на фасадах сохранившихся зданий следов бомбардировок совсем нет, имеющиеся воронки по своим размерам значительно превосходят кратеры от бомб, сделанные где-либо в Испании. Судя до их расположению, можно сделать вывод о том, что они произошли в результате подрыва мин, которые были непрофессионально заложены для разрушения дорог».