Дружба между Филби и Берджессом основывалась на их интеллектуальной близости, общем деле. Каждый восхищался преданностью своего друга делу: тут не было ни колебаний, ни сомнений, ни двусмысленности. И только в компании друг друга они могли расслабиться, когда не было необходимости выдерживать линию поведения, носить маску, скрывать мысли. Неудивительно, что Айлин с горечью взирала на дружбу своего мужа с Гаем Берджессом, с которым он был во многих отношениях ближе, чем с ней.
Другие жены справлялись с лучшими друзьями своих мужей или полностью игнорируя их, или соблазняя, или ставя своего мужа перед необходимостью выбора: или я, или он. Айлин была бессильна применить ни один из этих методов. Возможно, если бы она знала, чем занимается ее муж, может быть, она и смогла бы понять Кима. Как заявил Филби в Москве: «Я никогда ничего ей не рассказывал, ничего!» Поэтому Айлин прибегала к методам, которыми она пользовалась в своем детстве, когда ей казалось, что ее игнорируют: она устраивала «несчастный случай».
Вскоре после отъезда Берджесса, когда Филби отсутствовал в Стамбуле, Айлин пришла на квартиру британского дипломата вся в крови. Она заявила, что остановилась на секунду во время поездки по пустынной дороге. Кто-то вскочил на ступеньку ее машины и несколько раз ударил чем-то тяжелым по голове. Полицейское расследование каких-либо результатов не дало. Вместо быстрого выздоровления Айлин подхватила инфекцию. Обеспокоенный Филби самолетом отправил ее в одну из швейцарских клиник. Он оставался вместе с женой, пока не миновала опасность и она не начала поправляться. Айлин заявила, что не хочет возвращаться в Бейлербей, поэтому Филби выехал в Стамбул и перевез все вещи в большую квартиру на вилле одного из друзей в районе «Мода».
Через шесть недель после возвращения Айлин в Стамбул Филби нужно было поехать в Лондон. Во время его отсутствия Айлин умудрилась поджечь квартиру, и, до того как слуги смогли погасить огонь, она сильно обгорела. Снова подхватила инфекцию и вновь ей пришлось возвращаться в швейцарскую клинику. Доктора пришли к выводу, что эти два происшествия не являются случайными, что они сказались на физическом состоянии Айлин, и посоветовали ей не возвращаться в Стамбул. Поправлялась она медленно, и когда достаточно окрепла, на короткое время выехала в Стамбул, чтобы помочь Филби упаковать вещи. Вскоре Айлин вместе с детьми возвратилась в Лондон.
Трудно сказать, могло ли явиться это началом их постоянного раздельного проживания. В августе 1949 года Филби получил из Лондона телеграмму, в которой ему предлагалось место представителя СИС в США, место офицера связи при ЦРУ и ФБР. Это предложение он сразу же принял. Как отмечал Филби в своей книге «Моя тайная война»: «В этом предложении просматривались далеко идущие намерения руководства разведки. Сотрудничество между ЦРУ и СИС на уровне центров (но не резидентур) стало настолько тесным, что любой сотрудник, стоявший в списке кандидатов на руководящую должность в СИС, должен был хорошо знать работу американских спецслужб».
После опубликования в 1967 году статей в газете «Санди таймc» появились опровержения, что кандидатура Филби никогда не рассматривалась на пост главы СИС. Его бывший босс, сэр Стюардт Мензис, утверждает, что Филби занимал лишь незначительные посты. Другие сотрудники считали, что приверженность Филби алкоголю исключала его из числа кандидатов на этот пост. Некоторые полагают, что МИД наложило бы свое вето на это назначение по простой причине: Филби сын своего отца. Ряд сотрудников СИС высказывает мнение, что в это время Филби уже находился под подозрением у МИ-5.
Однако у Хью Тревор-Роупера другая точка зрения:
«Я был и до сих пор убежден, что судьба Филби была предопределена, что из него «выхаживали» главу британской разведки, что в 50-х годах он был бы назначен на эту должность. Прежде всего, Филби был чрезвычайно компетентным человеком. Наиболее компетентным и трудолюбивым сотрудником, которых так не хватало разведке. Во-вторых, будучи значительно более способным, чем другие, он никогда не выказывал нетерпения или неуважения к руководителям разведки. Поэтому они смотрели на него как на «надежду разведки». В-третьих, занимавшиеся им посты, как никому другому, дали ему возможность понять работу всех служб разведки и таким образом выдвинули в число кандидатов на пост ее главы.