Мирза Хайдер ничего не знал о прибытии киргиз и, очевидно, полагал, что в той стране, где он их знал, они жили издавна, по крайней мере со времени прибытия монголов. Несмотря на полное отсутствие сведений о киргизах и рассказе о походах Тимура, автор исследования об "этническом составе тюркских племен и народностей" Н.А. Аристов, был убежден, "что так как по Тарини Рашиди" народ этот в начале XVI века оказывается занимающим западный Тянь-Шань, видимо в качестве аборигенов, то не может быть сомнения, что и кара-киргизы (в XIV в) находились на своих нынешних местах". Аристов идет еще дальше и старается доказать, что к "кыргызскому племени" принадлежали и прежние обитатели западного Тянь-Шаня, начиная от усуней, кочевавших, по его мнению, "в III столетии до Р. X., между Танну-ола и восточным Тянь-шанем. Отсюда покоренные хуннами усуни, около половины II-го века до Р. X., были двинуты в западный Тянь-шань". "Истинное народное имя" усуней по мнению Аристова, "было всегда кыргыз".
Против этих мнений, помимо полного отсутствия известий о киргизах в западном Тянь-шане до XVI в., говорит факт, что эти киргизы и в XVI в. считались чуждыми исламу и мусульманской культуре. Из этого можно заключить, что их присутствие в западном Тянь-шане в XVI в. не находилось в связи с теми событиями эпохи киргизского великодержавия, когда влияние киргиз, действительно, распространилось до западного Тянь-шаня; повидимому, после утраты киргизами великодержавного могущества никаких киргиз на юго-западе не осталось. Столь же мало вероятно, чтобы киргизы были здесь в эпоху принятия ислама средне-азиатскими монголами. Более правдоподобно, что киргизы принимали участие в походах на запад их южных соседей, языческих ойратов или калмыков. Из Тарихи Рашиди и некоторых других источников видно, что вторжения калмыков в Моголистан начались в 1420-х годах и временно прекратились в 1470-х годах, когда калмыки очистили Моголистан и вернулись в свою страну: только Мансур-хан после своего оттеснения из Карашар и Турфан вновь должен был воевать с калмыками. Возможно, что в калмыцком движении приняли участие некоторые племена киргиз и что эти киргизы после ухода калмыков остались на западе, в Тянь-шане, хотя и об этом в источниках ничего не говорится.
В 1514 г. Султан-Саид-хану удалось завоевать Кашгар и уничтожить власть мирзы Абу-Бекра; в этой борьбе ему оказал большие услуги киргиз Мухаммед, который в награду за это получил от хана богатые подарки и был отправлен в Моголистан, где ему подчинились все киргизы. Мухаммед стал совершать набеги на Туркестан, Сайрам и Ташкент; во время похода на Туркестан им был взят в плен узбецкий царевич Абдулла, сын правившего в то время в Самарканде хана Кучкунчи, но отпущен; за что Султан-Саид-хан рассердился на Мухаммеда и осенью 1517 г. предпринял поход на киргиз; в другом месте того же Тарини Рашиди сказано, что хан, как мусульманин, хотел наказать киргиз за разграбление мусульманских городов. При впадении в Иссык-Куль речки Барскаун Мухаммед был разбит, взят в плен и уведен в Кашгар, куда хан вернулся к началу зимы.
Несколько раньше те же узбецкие владения (Сайрам, Талас и окрестности Ташкента) подверглись нападению казацкого хана Касима зимняя ставка которого находилась на Каратале. Из этого можно заключить, что киргизы на некоторое время, силой или путем соглашения (источники об этом не говорят), распространили свои кочевья на область казаков; могущественный Касим-хан в это время был еще жив (он умер в 1518 г.). В противоположность киргизам, казаки вышли из среды мусульман, узбеков, и пришли на берег Чу, отложившись от узбецкого хана Абулкайра (умер в 1468 г.) и прибегнув к покровительству монгольского хана Эсэнь-буки (1434-1462). Таким образом, между казаками и киргизами первоначально не было ничего общего, хотя потом эти два народа на короткое время имели общую политическую жизнь.