Султан-Саид-хан был склонен послать в Моголистан своего племянника Баба-султана, сына Султан-Халиля (во время убиения своего отца в 1508 г. этот царевич был еще младенцем); эту мысль внушал хану воспитатель царевича, ходжа Али-бахадур; но когда ходжа умер (несмотря на свое духовное звание, от чрезмерного употребления вина), вместо Баба-султана, в Моголистан был отправлен в 1522 г. сын самого хана, Рашид (собств. Абд-ар-Рашид). С ним вместе был послан отпущенный из плена и вновь поставленный во главе своего народа Мухаммед; ему удалось объединить под своею властью большую часть киргизского народа: но в 1524 г. в страну киргиз пришел казацкий хан Тахир (племянник Касима). Тахир сначала искал союза с Рашидом, был принят в его ставке на Кочкаре и выдал за него свою сестру, но потом между ними произошел разрыв, так как Тахиру удалось склонить на свою сторону часть киргиз. В сношениях с казаками был обвинен и Мухаммед и снова был уведен в Кашгар; после смерти Султан-Саид-хана (1533) он снова был отпущен из плена, но вернулся ли он к своему народу, неизвестно. Киргизы оставались подданными Тахир-хана, даже более верными, чем казаки, отложившиеся от своего хана за его жестокость. Часть киргиз, не успевшая присоединиться к Тахиру, была уведена монголами на Атбаш; в 1526 г. монголы покинули Тянь-Шань и увели с собой 100.000 киргизских баранов, вследствие чего этот поход был назван "бараньим" (кой-черики), как по той же причине в XIX в. было названо "бараньим" мурзарабатское дело 5 апреля 1866 г. (захват стад баранов русскими под начальством Романовского). Весной 1527 г. на Атбаш пришел Тахир и увел оттуда киргиз вместе с оставленными там монгольским ханом табунами.
Наследовавший своему отцу Рашид-хан (правил с 1533; по всей вероятности, до 1559 или 1560 г.) пытался восстановить господство монголов в горах к северу от Кашгара, но без прочного успеха. В 1537 или 1538 г. им был разбит казацкий хан Тугум, брат Тахира; вместе с Тугумом пало 37 казацких султанов; писавший всего через несколько лет после этого мирза Хайдер был убежден, что погиб без остатка весь казацкий народ. Рашид оставил в Моголистане своего сына Абд-ал-Лятифа; но скоро после этого монголы были разбиты Хакк-Назаром, сыном Касима, ханом казацким и киргизским сам царевич Абд-ал-Лятиф, по рассказу Махмуд-Чураса, был ранен, взят в плен и с почетом принят в ставке победителя, но скоро умер от раны. Счастье скоро снова перешло на сторону Рашид-хана; есть известия (у одного из кашгарских авторов), что Рашид-хан в союзе с Науруз-Ахмед-ханом ташкентским разбил Хакк-Назара у Артыша при чем пал сам Хакк-Назар и с ним шесть "князей со знаменем после чего казаками знамена больше не употреблялись. О последнем факте упоминает и узбекский автор описавший в XVII в. в Балхе) по словам которого, во главе казаков было другое лицо (Буйдаш-хан, брат Тахира), и битва произошла в другом месте (на Иссык-Куле); по этому рассказу победителями было захвачено девять знамен. Поход Рашид-хана на Иссык-Куль и свидание его там с Науруз-Ахмедом ташкентским относятся, по другому источнику, к 951 г. хиджры (1544-5 н. э.); в других рассказах дат нет. Махмуд-Гурас рассказывает о гибели Хакк-Назара в войне с Рашид-ханом несколько иначе. По этому рассказу, хан перед своим походом посетил вместе со своим духовным руководителем Мухаммед-Шерифом несколько святынь, в особенности гробницу первого мусульманского хана Кашгарии, Сатук-Богра-хана; после этого он пошел на казаков и киргизов. Шел три месяца и встретил врага только в Эмиле, там взял приступом укрепленный лагерь врагов, при чем были взяты в плен Хакк-Назар-хан и другие князья (тюри); все по приказанию хана были убиты (этот поступок Рашид-Хана дает повод к невыгодному для него сравнению с великодушием Хакк-Назара после поражения Абд-ал-Латифа). Рашид-хан три дня пробыл в Эмиле и привез оттуда семь знамен; после этого у казацких ханов знамен больше не было. О поражении и смерти Буйдаш-хана говорится в биографии ферганского святого Лутфуллы из Чуста (этот святой умер в 979 году хиджры, 1571-2 н. э.); по этому источнику Буйдаш погиб при нашествии на узбецкий Туркестан в 967 (1559-60) г.
Однако, ни казаки, ни киргизы не были на долгое время ослаблены этим поражением: бывший в Туркестане в 1558 г. англичанин Дженкинсон слышал, что казаки в то время снова угрожали Ташкенту, киргизы — Кашгару. Из этих слов можно заключить, что после смерти Хакк-Назара казаки и киргизы уже не составляли больше одного государства; вообще, насколько известно, эти два народа с тех пор никогда больше не объединялись под властью одного хана.