Кроме Кашгарии, набегам киргиз подвергалась Фергана. В упомянутой биографии шейха Лутфуллы говорится, что киргизы во время одного из своих набегов на аксикетский округ захватили принадлежавших дервишам баранов, но потом вернули их с извинениями и прибавили, что питают к "божьим людям" не меньше уважения, чем сами ферганские мусульмане. Подобно другим шейхам, шейх Лутфулла, заботился о распространении ислама среди степняков; его ученик, казак Мухаммед, действовал не только среди казаков, но и среди киргизов. Такие проповедники из дервишей отправлялись в степь до новейшего времени; под их влиянием кочевники становились не столько мусульманами, в смысле принятия догматов и обрядов ислама, сколько личными почитателями шейхов, в которых они видели подвижников и чудотворцев.
Несмотря на временное объединение под одной властью, киргизы и во второй половине XVI в. не признавались мусульманами даже в такой степени, как казаки. К 1582 г. относится сочинение о Средней Азии османского турка Сейфи: по его словам, казаки были мусульманами канофитского толка, тогда как киргизы не были "ни кафирами, ни мусульманами". Подобно мирзе Хайдеру, Сейфи считал киргиз родственниками монголов Киргизы жили в трудно доступной местности; в случае нападения врагов они отсылали свои семьи вглубь гор, а сами защищали проходы: камнем "яда" они вызывали такой снег и холод, что враги не могли владеть ни руками, ни ногами и терпели поражение. Трупы умерших клались в гробах на ветви высоких деревьев (это известие, вероятно, заимствовано из более ранних письменных известий о енисейских киргизах). У киргиз не было царей (ханов), а были только беки, которых называли кашка (титул, часто встречающийся у калмыков).
Даже писавший в XVII в. по персидски узбекский историк Махмуд-ибн-Вели называет киргиз кафирами. Эти киргизы, в числе 12.000 семейств, в реджебе 1045 г. х. (с 11 дек. 1635 до 9 янв. 1636) прибыли через Каратегин в Гисар; во главе их было 12 предводителей (очевидно, по одному на 1.000 семейств), которые в следующем месяце шабане (с 10 янв. по 7 февр.) были приняты узбецким ханом в Балхе; раньше они проводили дни в неверии, заблуждении и невежестве (очевидно, после прихода в страну узбеков они сделались мусульманами). С этим событием, вероятно, связано поселение киргиз в Каратегине, где некоторое число их живет и до сих пор. Есть предание, что Каратегин долгое время принадлежал киргизам и только недавно был вновь занят таджиками, хотя теперь киргизы составляют там незначительное меньшинство (по последним сведениям, их немногим более 8.000, тогда как таджиков 173.488, т. е. киргизов всего 4%).
Махмуд-Чурас говорит еще о нескольких столкновениях между киргизами и монголами в XVII в. Во время смут в Кашгарии после смерти Мухаммед-хана (около 1610 г.) отряд в 5.000 киргиз, под начальством Тилеке-бия и Бай-Бута-Кара, совершил набег на Уч и Аксу; во время набега они разделились: у Тилеке было 2.000 человек, у Бай-Бута-Кара 3.000; Бай-Бута-Кара был разбит войском Тимур султана (внука Мухаммед-хана) и потерял 2.000 человек; остальные 1.000 человек с колчанами на шее явились к султану с выражением покорности: Тилеке тоже пришел с подарками и извинениями; султан всех простил и отпустил. Это произошло очень скоро после смерти Мухаммед-хана, так как султан только от киргиз узнал о смерти своего деда. По другому источнику киргизы успели разграбить Уч и были настигнуты монголами у перевала Янги-Арт.
Новое столкновение между монголами и киргизами произошло в 1620-х годах, при хане Абд-ал-Лятифе, носившем прозвание Анак-хан (умер в 1037 г. х., т. е. 1627-8 г. н. э.). Киргизы разграбили деревню Шахназ; хан выслал отряд для их преследования, но они устроили этому отряду засаду и нанесли ему большой урон.
Во время междоусобий, происходивших в Кашгарии в начале 1630-х годов, говорится о помощи, оказанной киргизами одному из претендентов, Махмуд-султану, получившему потом прозвание Кылыч-хан.
Несколько раз упоминаются киргизы в истории продолжительного царствования Абдуллы-хана (1048-1080 х., т. е. от 1638-9 до 1669-70 н. э.). В начало своего царствования хан совершил успешный поход на Ош; на обратном пути киргизы преследовали хана, и, не настигли, за то нанесли большое поражение нескольким монгольским предводителям в месте Беш-Буйнак. Набег киргиз на Уч и Аксу удалось отбить. В следующем году хан совершил поход на киргиз, стоявших на Аксае; во главе их находились Койсары, сын Тилека, и Йол-булды; поход назывался аксайским (Аксай черики); вероятно, он не имел успеха, так как о результатах его ничего не говорится. После этого киргизы снова совершили набег и разбили монгольское войско, потом сами потерпели поражение, но продолжали угрожать хану, спасшемуся от них только благодаря храбрости своего брата Ибрахима. Дальше говорится о двух походах Абдуллы на Андижан, из которых первый имел успех, второй кончился неудачно; во втором принимали участие киргизы.