Когда хану удалось восстановить в своем государстве спокойствие, беспокойным элементом оставались только киргизы; по совету вельмож, хан решил истребить их (очевидно, говорится о киргизах, находившихся на ханской службе); было перебито до 10.000 человек; при этом говорится, что киргиз называли львами лесов Моголистана (это выражение заимствовано из Тарихи Рашиди), но в то же время они отличались вероломством. В рассказе о следующем походе хана на Адбаш и Аксай говорится только о калмыках; киргиз там повидимому, уже но было. Несмотря на избиение киргиз, хан снова нашел нужным привлекать их к себе на службу, и они снова пользовались в Кашгаре и Аксу большим влиянием: если у них выходил спор с кем-нибудь, хотя бы по пустякам, хан позволял им убить такого человека и захватить его имущество. Во время борьбы между сыновьями хана, Нур-ад-дином и Йол-барсом (при жизни отца), при хане был киргиз Чумак-бек. Около 1680 г. хан отправился в Мекку; в это время большую часть его спутников составляли киргизы; 2.000 киргиз были посланы им для преследования Йол-барса, враждовавшего с отцом и после его отъезда в течение года правившего в Кашгарии. Во время новых смут, в 1680-х годах, киргизы захватили Кашгар, на короткое время заняли и Яркенд, но потом были вынуждены его очистить. Их попытки вновь овладеть им кончились неудачно.
Вскоре после этого господство в Кашгарии и вообще в Средней Азии перешло к калмыкам (ойратам). В истории калмыков о столкновении с бурутами, как калмыки называли киргиз, говорится в рассказе о событиях осени 1683 г. Калмыки имели дело с киргизами также на Енисее, куда в начале XVII в. явились русские, вследствие чего мы снова получаем некоторые известия о енисейских киргизах, о судьбе которых в XIV, XV и XVI веках, насколько известно до сих пор, не говорит ни слова ни один исторический источник.
Глава VI. Енисейские киргизы в XVII веке.
Истории завоевания русскими Сибири, в том числе и страны енисейских киргиз, посвящено довольно значительное число изданий документов, извлеченных из центральных и сибирских архивов, и написанных по таким документам исследований. На Енисее интересы русских сталкивались с интересами ойратской державы, и потому изучение судьбы киргиз в XVII в. связано с изучением русско-ойратских отношений. Как видно из недавнего (1921) исследования профессора Котвича "Русские архивные документы по сношениям с ойратами в XVII и XVIII вв.", относящийся к этому вопросу материал еще далеко не весь приведен в известность. Одним из самых ранних и ценных исследований по истории завоевания Сибири является книга Герарда Фридриха Миллера "Описание Сибирского царства и всех происшедших в нем дел" (1750). Среди новейших исторических исследований есть специальный труд о енисейских киргизах — "Хакасы" проф. Н.Н. Козьмина (1925).
Енисейские киргизы в то время не составляли одного государства. По данным исследования П. Козьмина, главных киргизских княжеств было четыре: Тубинское (по реке Тубе, в Красноярском уезде и по левую сторону Енисея до Абакана), Езерское (по левую сторону Енисея от Абакана к северу до Батеневского горного кряжа), Алтырское (к западу и к юго-западу от Езерского) и Алтысарское (к северу и северо-востоку от Езерского). По рассказу о посольстве Ивана Петлина в 1618 г., от Томска до киргизской земли было "десять ден ходу скорым обычаем", от киргизской земли до Абакана шесть дней, от Абакана до Кемчика девять дней, от Кемчика до большого озера, т. е. до Убсы, три дня. До Петлина, в 1616 г., через киргизскую землю проезжали Василий Тюменец и Иван Петров. Главою всей киргизской земли считался князь Немек (у Петлина Немей), наследовавший власть от своего отца: под Немеком были "два князька лучших, Номча и Кора". За киргизской землею была "Табынская земля"; по словам Тюменца, это — "те же киргизские земли, только живут особе, а дань дают в киргизскую землю и Алтыну царю"; имеется в виду тогдашний владетель западной Монголии, Алтай-хан туметский. Иван Петлин от киргизской земли, т. е. от ставки Немека, шел только "половину дня" до границы владений Алтан-хана.
Из всего этого можно заключить, что из четырех княжеств, о которых говорится в книге Козьмина, тубинское рассматривалось отдельно от трех других и вело особую жизнь. Из слов Тюменца видно, что в культурном отношении тубинцы стояли ниже прочих киргиз; у них не было ни коров, ни овец, "только одни лошади да олени". Верховным князем всей киргизской земли русские считали алтырского князя; Номча, раньше других, как мы увидим, вступивший в сношения с русскими, был князем алтысарским, следовательно Кора-езерским. Культурный уровень киргизского народа в целом также был в то время не высок, гораздо ниже, чем в XIII в. Говорится, что киргизы "едят рыбу и зверя бьют, а бой у киргиз лучной, лошадей и коров много, а хлеба не сеят". Упадок культуры вероятно, объясняется упадком караванной торговли, процветавшей в эпоху монгольской империи.