В 1660-х годах положение изменилось в пользу русских; политическое единство и могущество ойратов после смерти Батура (1653) на некоторое время ослабело; в 1666 г. сам хунтайчжи Сенге согласился вступить в русское подданство; в том же году в Томск присылал просить о помощи Лочжан. Но к это время, в первый и последний раз в XVII в., среди киргиз появилась сильная личность, внук Номчи (сын Ишея) Иренак, который "свыше 20 лет (он умер в середине или во второй половине 1680-х годов) был грозою Красноярска, Ачинска, Кузнецка, Томска, Канска и даже Енисейска и Удинска" (Нижнеудинска). Самостоятельным главой своего народа или хотя бы части его он не был; сперва он считался подданным Лочжана, к которому русские обращались с требованием о выдаче Иренака; когда Лочжан был побежден и взят в плен ойратами, киргизы подчинились власти хунтайчжи, сначала Сенге (убитого 1671 г.), потом его брата и преемника Галдана, при котором ойратское государство снова сделалось великой кочевой державой.
Ойратская держава — едва ли не единственная, имевшая дело в одно и то же время с киргизами енисейскими и тяньшаньскими. Насколько известно до сих пор, никакого сопоставления этих двух групп киргиз не было сделано ни самими ойратами, ни бывшими в их стране европейцами и русскими. Никаких сношений, тем более никаких соглашений между двумя группами киргиз, насколько известно, не было. Галдан, в 1680-х годах воевавший с тяньшаньскими киргизами, еще в 1670-х годах спасался от своих врагов в земле енисейских киргиз. Главная орда Галдана и ого преемников находилась в долине реки Или, ближе к земле тянь-шаньских киргиз, чем к земле енисейских. С русскими Галдан старался жить в мире, просил томских и красноярских воевод не беспокоить киргиз и удерживал киргиз от набегов на русские поселения. Последнее ему не всегда удавалось; в 1673 и 1674 гг. киргизы даже могли совершить поход на русские владения при содействии ойратов. Иренак в 1678 и 1683 г. принимал у себя русские посольства; в 1684 г. он готовился к одновременному походу на Томск, Енисейск и Красноярск, но в это время вернулись из Москвы его послы, и поход не состоялся. Последний поход другого князя, Шандыка, часто упоминаемого в качестве союзника Иренака, относится к 1691-2 гг.
В русских архивных делах сохранилось дело о приезде в Москву послов Иренака в 1684 г.; там-же находится "калмыцкое письмо" Иренака, в подлиннике и переводе. Есть и другие известия, что киргизы в сношениях с русскими пользовались языком и алфавитом ойратов, хотя сами ойраты часто прибегали к более понятному для русских татарскому языку, иногда даже к персидскому. Русский двор, по исследованию проф. Котвича, только в 1696 г. в первый раз в переписке с ойратами "воспользовался для ответа калмыцким языком вместо татарского". Письменности на своем языке у киргиз в то время, очевидно, не было.
Осенью 1703 г. до русских дошло известие, что "приехали 2.500 калмыков в киргизскую землицу и киргиз к себе загнали всех и ныне в киргизской землице киргиз никого нет". Это известие было сначала встречено с недоверием, но потом подтвердилось. Вследствие этого не только ученые XIX в., как В.В. Радлов, но и ученые XVIII в., как Г.Ф. Миллер, полагали, что ушли все или почти все киргизы, и на их место, в связи с совершившимся тогда занятием края русскими, пришло новое население. По мнению Миллера, киргизы тогда "совсем из Сибири убрались". Другие, в том числе проф. Козьмин, полагали и полагают, что была уведена только часть народа и даже из этой части многие потом вернулись, так что состав населения и теперь остался тот же, как был в XVII в. По мнению проф. Козьмина, нынешние жители бывшей киргизской земли — "минусинские татары", как их называли русские, или "хакасы", как они решили называть себя после революции, должны быть признаны "аутохтонами — конечно, в том относительном смысле, который. может быть усвоен этому термину в свете современного знания".
Во всяком случае, прекратилось существование енисейских киргиз, как народа, и далее местные предания объясняют этот факт физическим исчезновением значительной части киргиз. Среди сагайского рода кыргыз, т. е., несомненно, среди потомков оставшейся на Енисее части киргизского народа, Радлов слышал легенду, по которой киргизами был истреблен посланный в их землю для сбора дани ойратами отряд в 300 человек вместе с его начальником. Когда от этого отряда в течение года не было никаких известий, хун-тайджи послал отряд в 1.000 человек из казак-бурутов (бурутами ойраты называли киргиз; "казак бурутами", т. е. казак-киргизами ойраты и по их примеру русские назвали казаков); их предводитель, не добившись от киргиз, кто виновен в истреблении ойратского отряда, увел с собой к хун-тайджи весь народ; осталось только несколько человек, успевших заблаговременно скрыться. Другая легенда, также переданная Радловым, приписывает увод киргиз известному борцу за свободу калмыцкого народа Амурсане (1750-х г.), спасшемуся в 1757 г. в русские пределы и умершему в том же году от оспы в Тобольске; конечно, эта легенда несогласна с действительностью. По словам Валиханова, в Омске, в архиве областного правления сибирских киргиз, есть документ, где говорится о прибытии в Усть-Каменогорск летом 1740 г. 12 человек "киргиз-калмыков" с женами и детьми; по их словам, киргиз, в числе 3.000 дымов по мнению Козьмина 2.500; в документе: "полутысячи с три") увели "тому назад лет 50 или более" три калмыцких зайсана, Духар, Сандык и Чинбинь, (по другому показанию: Зукар, Сандык и Бенбень; по документу, на который ссылается Козьмин: Чинбиль) во главе отряда в 500 человек, увели "насильно, но без бою". Местное население приписывает киргизам могилы на Абакане, при чем существует легенда, что здесь воинственные киргизы сражались со своими врагами и хоронили убитых в сражениях. При исследовании могил Радлов убедился, что эта легенда не передает действительности; в могилах иногда находили скелеты женщин и детей, что было-бы невозможно, если бы могилы были вырыты на поле битвы для погребения павших воинов; нет и никаких других указаний на боевую обстановку. Одни из новейших исследователей, ученик Радлова С.Д. Майнагашев (впоследствии павший жертвой гражданской войны), нашел род кыргыз среди качинцев на нижнем течении Абакана и приводит стихи, свидетельствующие, по его мнению, о прежнем значительном распространении киргизского племени: "В сорока славных котловинах есть ли котловина, где бы не лежали кости киргиза? В сорока березах, растущих на хребте, есть ли береза, которой бы не коснулся топор киргиза?". В этих стихах ясно чувствуется, что они внушены печалью о гибели когда то сильного народа.