Внутреннее убранство церкви Преображения сохранилось также полно, как убранство церкви Иоанна Лествичника. В XVIII-XIX веках монастырь оскудел и ему не под силу стало вести большие работы по переустройству храмов. Служба в большинстве из них совершалась лишь по нескольку раз в год, благодаря чему в полузаброшенных церквах и уцелели древние тябловые иконостасы. В главном четырехъярусном иконостасе сохранились от первоначального периода фрагменты тябла с "травами" по золотому фону, царские врата и почти все иконы, за исключением праздничного ряда, который был написан позже. Кроме этого, дошла часть первоначального иконного убранства приделов великомученицы Ирины и Святителя Николая: двое царских врат со столбиками, местная икона Св. Николая в житии "строения старца Леонида Ширшова" и прелестная небольшая икона Св. Ирины.
Интересен состав деисуса иконостаса. Первоначально он состоял из 15 икон, среди которых было 6 икон с изображением русских Святых: московских митрополитов Петра и Алексия, ростовских чудотворцев Леонтия и Исайи, преподобных Кирилла Белозерского и Дмитрия Прилуцкого (или Кирилла Новоезерского). Две последние иконы с изображением преподобных не сохранились, по документам не удается с точностью установить, какой из преподобных был представлен на одной из утраченных досок. Но, в любом случае, в Кирилловом монастыре, среди прочих сохранившихся иконостасов XVI века нет другого с таким большим числом русских Святых в деисусном ряду. Можно по-разному объяснять эту особенность. Одна из причин может заключаться в том, что храм сооружался на собственные средства, собственными каменщиками и программа иконостаса, вероятно, создавалась в самом монастыре. Поэтому вместо каноничных традиционных изображений появился еще один ростовский Святитель (Исайя) и преподобный, связанный либо с Вологдой, либо с Новоезерским монастырем.
Иконостас написали несколько художников. Технические изобразительные приемы их творчества чрезвычайно близки: очень похожа моделировка ликов на всех иконах, приемы высветлений пунктиром, любовь к орнаменту, употребление жидкой синей краски глухого оттенка. Но при этом по уровню мастерства иконописцы значительно отличались друг от друга. Самому опытному и талантливому принадлежат царские врата и часть икон в местном ряду. В храмовом образе "Преображения" поражает контраст между горками, написанными предельно обобщенно, со смелым укрупнением деталей и скрупулезной выписанностью небольших фигурок.
Особенно выделяется икона с изображением Николая Чудотворца в рост на золотом фоне. Фигура Святителя изящна и торжественна, линии силуэта лаконичны и удивительно красивы, краски лежат плотным эмалевидным слоем. Совершенно необычен позем этнографически точным воспроизведением восточного ковра.
Икона Св. Ирины в местном ряду, несомненно, принадлежит другому мастеру. Перед ним стояла такая же задача, как и перед первым,- изобразить фронтально стоящую фигуру на золотом фоне. Но по сравнению со Св. Николаем изображение Св. Ирины тяжеловесно, линии силуэта грубые, сбитые, фигура неудачно размещена, фон кажется неоправданно пустым. Слабые иконы есть как в деисусном, так и в пророческом ряду. Художникам на них не удалось подчинить размеры изображений формату досок, фигуры едва втиснуты в отведенное им пространство. Но и на этих иконах лики написаны с той же тщательностью, как на лучших.
Праздничный ряд XVIII века исполнен ремесленно, не выдерживает сравнения с близкими по времени иконами Луки Петрова из церкви Иоанна Предтечи, которые отличает высокий профессионализм и вкус. Эти иконы могут быть любопытны народной трактовкой канонических сюжетов.
Однако в целом иконостас церкви Преображения очень наряден. Этому впечатлению способствует прекрасная его освещенность из-за смешения барабана от центра к востоку. Идеально сохранившаяся позолота царских врат и местных икон, обилие орнамента на одеждах Святителей в деисусе делают иконостас этой церкви самым светлым, ярким, праздничным.
Определяя стиль его живописи, нужно иметь в виду, что если в XV- первой половине XVI века иконостасы в монастыре писали, главным образом, московские художники, то со второй половины XVI века монастырь уже не посылал за мастерами из далеких и дорогих столичных мастерских, а приглашал их из Вологды, Белозерска, Каргополя и других северных центров. Поэтому монастырским иконостасам и отдельным иконам второй половины XVI-XVII веков легко найти близкие аналоги среди произведений, связанных с русским Севером. В полной мере это относится и к иконостасу из церкви Преображения.
Тем же Яковом Костоусовым, который строил церковь Епифания, возведены и больничные палаты с церковью Евфимия Великого. Палаты сооружались в 1643-1644 годах. Обычно их называют Большими больничными палатами, в отличие от возникшей позднее больничной палаты Ивановского монастыря.
Здание состоит из двух обширных палат, соединенных узкими сенями. Палаты перекрыты сводами на распалубках, опирающимися на стены и на расположенный в середине каждой из палат массивный кирпичный столб. Освещались они большим количеством маленьких окошек. В северной палате окна сохранили свои первоначальные размеры. В южной они были несколько расширены еще в XVII столетии.
Фасады больничных палат декорированы чрезвычайно скупо. Вытянутый приземистый объем здания, перекрытый пологой двускатной кровлей, вызывает ассоциации с северными избами. Здание поражает грандиозностью и какой-то особой суровой простотой.
Через два года после строительства палат, в 1646 году построена церковь Евфимия. Основной куб ее с алтарной апсидой до мельчайших деталей повторяет Епифаниевскую церковь. Но вместо перекрытия храма системой ступенчато-повышающихся арочек строители применили здесь каменный шатер на низеньком восьмерике. Выбор шатровой конструкции не случаен. Евфимиевская церковь - одна из ранних больничных церквей, появляющихся в русских монастырях только с середины XVII века. Первая больничная церковь Зосимы и Савватия, сооруженная в Троице-Сергиевом монастыре десятью годами раньше, была завершена стройным шатром, и церковь Евфимия, при всем отличии ее архитектуры, восприняла общую схему своего прототипа.
Первоначально шатер церкви Евфимия открывался внутрь храма, но уже к середине XVIII века его отделили от внутреннего пространства низким сводом. Прежде стены церкви увенчивались кокошниками, а в основании шатра было помещено еще по два маленьких кокошника, как это сделано и у церкви Зосимы и Савватия. Ребра шатра подчеркивали узкие кирпичные гурты. Однако уже к середине XVIII века покрытие церкви изменилось, получив вместо кокошников гладкую тесовую палицу. Шатер при этом обили поливной черепицей зелено-коричневых тонов, скрывшей и гурты, и маленькие кокошники под шатром. Черепичная кровля простояла до середины XIX века.
Первоначально деисус на 11 досках для иконостаса Евфимиевской церкви написал довольно известный вологодский художник Терентий Фомин в 1640-1650 годах. Он не раз по государеву повелению вызывался для работы в Архангельский собор в Москву, в село Коломенское и в другие монастыри. Иконы Фомина не сохранились. В конце XVIII века тябловый иконостас в этой церкви заменили резным, вероятно, также вологодской работы, поскольку в технике исполнения резьбы и в рисунке ее фрагментов много общего с иконостасами из церквей Иоанна Предтечи и Владимира. Пять местных икон неплохого качества для нового иконостаса написал в 1790 году крестьянин Вязниковской округи деревни Ковшово Иван Васильев. Праздничные иконы овальной формы принадлежат руке другого мастера. Кроме икон, специально написанных для иконостаса, в нем теперь много икон случайных и слабых по исполнению, помещенных, по-видимому, совсем поздно.