Внутри обе церкви, объединенные в одно помещение, очень своеобразны. Иконостасы поставлены вдоль длинной оси здания, оставляя свободным узкое пространство, мало напоминающее внутренность храма. Увенчивающие здание каменные восьмерики с шатрами поставлены над его серединой без всякой связи с системой перекрывающих храм сводов. Их вес передается на стены при помощи остроумно размещенных разгрузочных арочек.
К XVII веку относится также дошедшая до нас монастырская колокольня. Она занимает место на середине каменного крытого перехода, соединяющего паперти собора и трапезной. Судя по этому ее положению и ориентации, она с самого начала была связана с переходом. Правда, существующий переход вместе с пристроенным к колокольне крыльцом построен не ранее рубежа XVIII-XIX веков, но он точно повторил трассу более раннего, существовавшего уже в XVII столетии. Остатки его сохранились в нижнем этаже.
Ферапонтовская колокольня довольно архаична. Это сказывается не только в простоте декорации, не характерной для колоколен XVII века, но и в самом ее устройстве. Очень редки квадратный план звона и четырехгранный, выглядящий несколько грубоватым, шатер. Тем не менее некоторые детали, в частности, профилировка карнизов, не позволяют отнести ее постройку к более раннему времени.
Монастырь когда-то имел в своем составе и другие здания - поварню, погреба, кельи. Некоторые из них строились из камня, но большая часть - из дерева. Все они давно уже утрачены. Деревянной была и монастырская ограда с четырьмя башнями по углам. С южной стороны она несколько отступала за пределы Казенной палаты. В целом она же более или менее совпадала с существующей, относящейся ко времени бытования монастырских церквей как приходских. В значительной части она выстроена заново уже в 1870 году. Немногочисленность сохранившихся построек способствует еще большему слиянию ферапонтовских храмов с окружающим пейзажем.
Несмотря на то, что Ферапонтов монастырь имеет несравненно более скромные размеры, чем его могучий сосед, архитектурное значение ансамбля столь же велико. Памятники обоих монастырей создавались в одну историческую эпоху, выражали одни художественные идеи и зачастую принадлежат одним и тем же мастерам. Суровая, величественная крепость Кирилло-Белозерского монастыря и живописный, поэтичный Ферапонтовский ансамбль в равной мере являются замечательными памятниками высокой художественной и строительной культуры древней Руси.
Музей
.Музей
Музей в Ферапонтове возник в 1918 году как часть Кирилло-Белозерского музея-монастыря. В 1975 году он получил статус филиала и свое современное название - Музей фресок Дионисия. В 1979 году впервые был поставлен вопрос о самостоятельности Музея, но до сих пор он не решен. В 1997 году в составе Кирилловского музея Музей фресок Дионисия включен в свод особо ценных объектов историко-культурного наследия народов Российской Федерации.
К лету 1998 года, когда монастырю исполняется 600 лет, открыты для обозрения экспозиция "История Ферапонтова монастыря", церковь Мартиниана и две выставки под общим названием "Монастырская вотчина".
Экспозиция "История Ферапонтова монастыря" развернута в трапезной палате. История обители представлена на ней не последовательно, но в наиболее важных, узловых ее моментах.
Традиция считает, что преподобный Ферапонт пришел на Бородаевское озеро в 1398 году и прожил здесь 10 лет, дав начало монастырю. С тех давних пор практически ничего не сохранилось. В первой витрине экспозиции помещен антиминс церкви пречистой Богородицы, освященный 8 сентября 1409 года. Он был обнаружен в ходе реставрационных работ 1913 года в престоле собора Рождества Богородицы Ферапонтова монастыря и с того времени считается происходящим из первой монастырской церкви. Но одна особенность памятника заставляет усомниться в этом. На всех монастырских антиминсах обычно указывалось имя игумена или одного из соборных старцев, заменявших его. Здесь же написан текст, характерный для антиминсов немонастырских церквей: указаны только имена архиепископа, великого и удельного князей. Логично предположить, что преподобный Ферапонт положил начало не общежительному монастырю, а небольшой пустыни, то есть поселению монахов, удалившихся от основного монастыря.
В 1435 году в обитель Ферапонта пришел преподобный Мартиниан, ученик Кирилла Белозерского - человек, положивший начало всероссийской известности обители, установивший здесь общежительный устав. В экспозиции показаны вещи преподобного - его фелонь, подризник и посох. Скромные и ветхие, эти вещи хранят память о святом, основавшем Преображенский Вожеозерский монастырь, около восьми лет стоявшем во главе Троице-Сергиева монастыря и, наконец, обустроившему Ферапонтов монастырь. Рядом с его вещами в трапезной палате стоит деревянная рака преподобного из церкви Мартиниана. Она - единственный сохранившийся древний памятник такого рода в стране. Сооружена рака была во второй половине XVI века, а в 1646 году лицевая сторона заменена новой. На боковых стенках в круглых медальонах вырезаны тексты из Жития святого, рассказывающие об обретении его мощей в 1513 году при погребении Иоасафа Оболенского и чудесах исцеления.
Некрополь монастыря не сохранился за исключением двух надгробий, экспонируемых в трапезной палате.
Сравнительно недавно близ южной стены церкви Мартиниана была найдена белокаменная плита с изображением посоха и надписью: "Зде[сь] лежат мощи Ивши Ободаева". Ею было обозначено захоронение ярославского князя Ивана Ивановича Жирового-Засекина, из Рюриковичей, видимо, вкладчика Ферапонтова монастыря.
На втором надгробии читаем: "Лета 7205 (1696) года преставился раб божий иеромонах Зосима Ферапонтовский 29 сентября". Подобные могильные камни из валунов более традиционны для Белозерья.
Как мы уже сказали, Мартиниан ввел в монастыре общежительный устав, который строго регламентировал жизнь братии. Для того, чтобы раскрыть особенности монастырского устава, на экспозиции сделаны две реконструкции монашеской кельи и братской трапезы.
Введенный в монастыре устав был подобен уставу Кирилла Белозерского, о котором известно из Жития Кирилла, написанном во многом со слов Мартиниана. Важную роль в жизни братии играла их келья. Кирилл поучал: "Первым делом иди в келью, и келья всему тебя научит". Как и в монастыре, в келье нельзя было держать ничего своего. Нельзя было держать здесь даже воду для питья: когда брат хотел напиться, то, испросив разрешение у игумена, он отправлялся в трапезную. Единственное, что разрешалось иметь в келье - это книги и икону, да рукомойник, чтобы с чистыми руками к ним подходить.
Над кельей висит икона "Деисус" XVIII века, написанная, как свидетельствует резная запись на обороте, дьяком Самсоном Васильевым. Известны две рукописных книги из библиотеки монастыря, писцом которых был этот дьяк. Он умер в 1766 году и погребен у церкви Мартиниана.
В трапезной был также строгий порядок - все садились на свои места и хранили молчание. Но именно в трапезной инок мог обратиться к братии, правда, в форме молитвы или чтения соответствующего текста Писания, для чего необходимо было отойти к западной грани центрального столпа. Столы стояли вдоль северной, южной и западной стен, поэтому тот, кто сидел с противоположной от стены стороне стола, оказывался спиной к говорящему. В монастырях со столь строгими уставами в трапезных устраивались скамейки (переметные скамьи) с высокими спинками, перекинув которые, можно было удобно сидеть и смотреть на говорящего. Переметные скамьи, стоящие в экспозиции, единственные подлинные элементы убранства трапезной XVII века, напоминающие, что здесь не только принималась пища, но и совершалась духовная трапеза.