Ираноязычное население враждебно относилось к власти тюрок, попиравших законы шариата, и поднимало восстания, которые жесточайше подавлялись. Соперники Тимура — джэтэ («вольница»), кочевавшие в районе Балхаша и Иссык-куля, демонстрировали ненависть к городской культуре. Однако в Мавераннахре Тимур установил тесный союз с местными горожанами, из их среды формировались вспомогательные отряды пеших воинов, брались кадры для управленческого аппарата. Постоянные войны были необходимы, чтобы воины-кочевники (в том числе и перешедшие на сторону Тимура джэтэ) не грабили свое оседлое население, довольствуясь военной добычей. При этом целью походов Тимура было и восстановление контроля над Великим шелковым путем на максимальной его протяженности.
Создать прочную державу тимуридам не удалось, они удержали лишь Мавераннахр и Хорасан. Однако культурный синтез все-таки происходил. Большим авторитетом у тимуридов пользовался суфийский орден (тарикат) Накшбанди с центром в Бухаре. Под его влиянием находился и поэт Алишер Навои. Став визирем, он способствовал превращению Герата в столицу «тимуридского ренессанса». В поэмах, составленных не только на фарси, но и на чагатайском языке, Навои выражал суфийские идеи и стремился обосновать достоинство тюркского языка как языка культуры.
Но тимуриды оставались верны политической концепции, согласно которой страна считалась коллективной собственностью ханского рода. И потому каждая смена власти сопровождалась междоусобицами. В начале XVI в. это привело к тому, что Мавераннахр был завоеван кочевниками-узбеками Шейбани-хана. Попытки молодого тимурида Бабура отвоевать Самарканд не увенчались успехом. Он покинул родные места, но с горсткой воинов сумел завоевать Афганистан и Северную Индию.
Политические образования тюркских племен, обитавших в Восточной Анатолии и Северном Ираке, были сходны с государством Тимуридов. Но, в отличие от чагатайцев, их предки-огузы давно оторвались от кочевой прародины, у них было меньше людских ресурсов, а исторический опыт выработал умение налаживать сотрудничество с иранцами, арабами, курдами, христианами. Узун-Хасан, правитель государства Ак-Коюнлу, провозгласил себя борцом за веру, ведя войны с Грузией, но он при этом поддерживал христианскую Трапезундскую империю в ее борьбе против Османов. Осознав опасность со стороны Османской державы, Узун-Хасан пытался создать широкую антиосманскую коалицию с государствами Запада. Его воины испытали на себе огневую мощь османской армии, поэтому Узун-Хасан стремился при помощи венецианцев запастись огнестрельным оружием. Убедившись в эффективности османского управления, подражая Мехмеду II, издал «Книгу законов» (Канун-намэ), где установил максимальные размеры налогов и тарифов. Правители Ак-Коюнлу оценили прочность турецкой системы военных держаний и потому затеяли подготовку кадастра, чтобы вернуть казне доходы и обеспечить несение службы с военных наделов. Это вызывало недовольство тюркской знати — беков, инициировавших дворцовые перевороты.
Султаны все больше опирались на элиты иранского происхождения, занимавшие гражданские должности. Но разобщенность гражданской и военной элит, неизбежные смуты при смене власти мешали формированию прочного государства. В условиях, когда с востока угрожали узбеки, а с запада надвигалась мощь Османской империи, Ирану нужна была эффективная власть, сплоченное население и дисциплинированное войско.
Выход был найден орденом Сефевидов. Суфийско-дервишские ордена основывались на фанатичной преданности учеников-мюридов своему шейху. Среди мюридов шейха Сефи ад-Дина были тюркские племена Южного Азербайджана, недовольные притязаниями Ак-Коюнлу. Железная дисциплина мюридов в сочетании с воинской удалью кочевников и поддержкой населения превратили орден в грозную силу. Молодой шейх Исмаил захватил Ширван, затем занял столичный Тебриз. Апеллируя к иранской традиции, Исмаил принял титул шаханшаха, хотя писал стихи на тюркском языке. Вскоре он завоевал большую часть Ирана, вступив в борьбу с Шейбани-ханом. Завоеватель-чингизид послал молодому шаханшаху суму и посох дервиша, издеваясь над его «дервишским» происхождением. Но в битве под Мервом (1510) Шейбани-хан потерпел поражение и был убит. И хотя в борьбе с османами за Восточную Анатолию и Сирию Сефевиды потерпели поражение, им удалось прочно укрепиться в Иране, где шиизм стал господствующей религией.