Роль Внутридворцового секретариата — Нэйгэ — особенно возросла с 20-х гг. XVI в. Именно тогда было официально признано его более высокое положение по отношению к «Шести Ведомствам» (Любу): ведомствам жертвоприношений, назначений, военному, юстиции, финансов и трудовых работ, которые прежде считались высшей администрацией, играя роль министерств. Выросло влияние главы Внутридворцового секретариата — шоуфу. В секретари этого ведомства попадали в основном ученые мужи из столичной Академии Ханьлинь. Однако среди секретарей Нэйгэ были и начальники отдельных ведомств из Любу. Они работали в Нэйгэ «по совместительству», сохраняя основную должность начальника Ведомства. Внутридворцовый секретариат не являлся органом «регулярной» бюрократической машины. Поэтому его функции не были четко определены. Однако практически именно секретари, иногда при участии глав Ведомств, составляли проекты императорских указов и прочих официальных бумаг, налагали резолюции на поступающие сообщения и писали ответы на доклады чиновников. Все это, естественно, подразумевало получение предварительного одобрения императора.
Кроме того, секретари Внутридворцового секретариата имели право подавать «тайные доклады» лично императору, беседовать с ним о политических делах, толковать ему книги в его учебном кабинете. Все это открывало немалые возможности для их влияния на императора. Секретари Нэйгэ вели также повседневную хронику текущих событий для составления «Записей о свершившемся» или «Правдивых записок» (шилу) в каждое царствование, а также составляли исторические сочинения и династийные истории. Напомним, что составлять официальную историю династии можно было только после того, как эта династия прекратит свое существование.
Во главе системы управления продолжал находиться император, хотя его реальная власть становилась все более ограниченной Внутридворцовым секретариатом. Зачастую это было связано не только со стремлением самих секретарей расширить свои полномочия за счет императорской власти (это было сложно, так как ряд государственных функций мог исполнять лишь сам верховный правитель), а в первую очередь с незаинтересованностью императоров в государственных делах. Поэтому общие приемы-собрания превращались в фикцию, сохраняя лишь свои ритуальные функции. Военные чиновники танцевали на них перед императором с мечом в одной руке и со щитом в другой, а гражданские чиновники — с кистью и чернильницей для туши.
Тем не менее, иногда императорам приходилось бороться против Внутридворцового секретариата. В условиях этой борьбы могли выдвинуться фавориты, не связанные с Нэйгэ, которые на время получали в свои руки огромную власть. Например, при императоре Чжу Хоучжао (1505–1521, храмовое имя — У-цзун, девиз правления — Чжендэ «Истинная добродетель») в связи с тем, что государь не смог полностью подчинить своему контролю Нэйгэ, он еще в самом начале своего царствования возвысил евнуха Лю Цзиня, назначив его главой Палаты жертвоприношений, а в 1508 г. — начальником нового сыскного органа Нэй-сипчап (Внутренняя канцелярия юстиции). Как и в первые десятилетия правления династии Мин (при Чжу Юаньчжане), в начале XVI в. огромную роль играла служба сыска, практиковались массовые аресты и казни.
Оказавшись во главе двух могущественных ведомств, Лю Цзинь полностью исключил какое-либо влияние дворцовых секретарей и приобрел такую власть, что стал опасен для трона. Ко двору потекла река жалоб на творящиеся в империи произвол и коррупцию. За этим последовали предложения «реформ» (как всегда — в виде возвращения к традиционной форме правления, соответствующей представлениям об «идеальном» с конфуцианской точки зрения государственном устройстве древности). Петиции подавали в основном чиновники Цензората и ученые-конфуцианцы из столичной академии Ханьлинь. Император Чжу Хоучжао не спешил прислушиваться к жалобам и советам, но, тем не менее, предпочел избавиться от усилившегося фаворита. В 1510 г. Чжу Хоучжао казнил Лю Цзиня и конфисковал его имущество (было обнаружено 2.5 млн лян золота, 50 млн лян серебра и много иных ценностей). Однако и чиновники, подававшие петиции, подвергались казням, арестам, высылке из столицы и конфискации имущества не только в течение «правления» Лю Цзиня, но и после его свержения (в общей сложности пострадало около 500 столичных чиновников и ученых).