В историографии долгое время преобладал критический взгляд на Якова и его роль в английской истории. Отчасти он проистекал от современников, которые не во всем были справедливы. В английском обществе сохранялось недоверие к шотландской нации, память о войнах с которой оставалась в сознании. Неудовольствие вызывало то, что с Яковом приехали шотландские дворяне, окружавшие и охранявшие короля, хотя никто из них не получил каких-либо по-настоящему высоких постов. Враждебные оценки шотландской нации звучали в парламенте. Кто-то сказал, что шотландцы «не купцы, а коробейники». В другом случае коммонер заявил, что «союз Англии и Шотландии так же естественен, как союз заключенного с его судьей» (по требованию короля палата общин отправила этого депутата на короткое время в Тауэр). Один адвокат утверждал: разрешить натурализацию шотландцев — все равно, что снести изгородь и позволить соседскому стаду пользоваться своим богатым пастбищем. Проповедник из Кента в 1640 году говорил: «Если когда-либо в рай попадет шотландец, то и дьявол попадет туда же». Кларендон позднее признавал, что в «прекрасные» и «счастливые» времена короля Якова «смешение двух наций, в прошлом не очень любезных друг другу» порождало между ними соперничество [10,79]. Как заметил историк Конрад Рассел, за весь более чем вековой период правления в Англии Стюарты так и не преуспели в том, чтобы ослабить эту враждебность.
Известна фраза о Якове, приписываемая его современнику, королю Франции и Наварры Генриху IV: «Самый ученый дурак христианского мира». На самом деле Яков был одним из образованных людей той эпохи, знал не только латынь, но и древнегреческий, писал стихи и ученые трактаты. Не все его идеи сегодня выглядят убедительно, но они были в духе того времени. Это относится и к концепции божественного происхождения королевской власти, в которой видят защиту им принципов абсолютизма, и к его вкладу в демонологию, «науку» о разоблачении ведьм. Он был одним из первых противников курения табака.
Критический взгляд на Якова в историографии идет от трудов «великих вигских историков» конца XIX века Генри Бокля, Джона Грина и Самюэля Гардинера. Одним из источников их концепции была ксенофобия: Стюарты были плохими королями (а почему, собственно, Тюдоры были лучше?), потому что они были чужаками. Для этих историков воцарение Якова стало началом движения Англии к революции и гражданской войне — тезис, подхваченный марксистскими, в том числе советскими, историками, акцентировавшими внимание на экономических противоречиях, якобы лежавших в основе нараставшего конфликта короны и парламента.