Временная отмена традиции первородства особенно навредила сохранявшейся длительное время лояльности сёгуну. Землевладельцы делили свои владения без согласия сёгуна, и каждый новый землевладелец управлял теми, кто жил на его землях. Большая степень свободы, предоставленная буси в вопросах отмены и пересмотра своей политики, отречения от детей и лишения их наследства, разделения своих земель между членами семьи, как состоящими в кровном родстве, так и приемными, также ослабила власть сёгуна над ними. Более того, практика раздела земель уменьшала экономические ресурсы многих буси, а это, помимо того, что делало их должниками государства, вызывало у них беспокойство и тем самым превращало их в потенциальный источник беспорядков.
Связи с бегуном были еще больше ослаблены политикой бакуфу Ходзё, которая позволяла буси признавать одного из лидеров Ходзё своим личным начальником, отказываясь при этом от своей верности сёгуну. Такого рода смены вассальной зависимости стали обычной практикой. Бакуфу признавало и поощряло такие переходы, полагая, что независимо от того, какого начальника выберет себе буси, в конечном счете, он все равно останется под юрисдикцией бакуфу, которое являлось правителем всей структуры буси. Лишь нелояльность, связанная с несправедливым отречением от своего начальника (например, отказ от верности начальнику с сохранением земель, пожалованных им), предательскими действиями или восстаниями против бакуфу или неподчинением законам бакуфу влекла быстрое возмездие со стороны правительства.
Конечно, это неоспоримый факт, что эгоистичные и корыстные желания некоторых буси повинны в распространении привычки открыто не повиноваться своим начальникам. Но также было множество случаев, когда буси, занимавшие руководящие должности, были небезупречны в своих действиях, а граничащая с самопожертвованием верность, проявленная их последователями, оказывала разрушительное воздействие на национальное единство. Несмотря на то, что начальники действовали неэтично, их верноподданные вели себя, как и подобает верноподданным, и не протестовали. Постёритомовские времена характеризовались разногласиями как между буси, так и среди простолюдинов и это стало немаловажным фактором. Мирное правление Ходзё незаметно породило национальное сознание, и теперь появилось общественное мнение. Чрезмерно амбициозные буси стали явно враждебно относиться к таким вещам, как право на наследование титула сёгуна или регента, а также совершенно не интересовались такими вопросами, как политическое единство нации и должен ли император править или только царствовать.
Различные беды, преследовавшие слабого сёгуна и еще более слабый двор, благоприятствовали установлению независимого класса военных правителей, каждый из которых имел свою собственную территорию. Но ни один из таких правителей не мог чувствовать себя в безопасности до тех пор, пока не собирал под своими знаменами большого количества воинов, профессией которых стало постоянное совершенствование в будзюцу. Было очевидно, что в условиях, когда сама законность бакуфу была под вопросом, такая форма правления долго не просуществует, если сильный лидер-буси не возьмет контроль в свои руки.
Общая опасность в виде двух вторжений в Японию монголов в конце тринадцатого века временно отодвинула на второй план растущий антагонизм буси по отношению к бакуфу. Мужество буси в сочетании со стихийными бедствиями в виде двух тайфунов отбросили монгольские армии назад на азиатский континент, отбив у них всякое желание впредь бросать вызов Японии.
Во время и после монгольского вторжения буси осознали, что их вера в эффективность тактики поединков один на один чуть не обернулась катастрофой, поскольку монголы были специалистами по массовым сражениям. Лишь только фанатичная решимость буси не позволить монголам собрать воедино всю свою кавалерию спасла положение. Массивная каменная стена высотой в десять футов, которую буси воздвигли вдоль побережья залива Хаката на острове Кюсю, оказалась бесценной, поскольку она в значительной степени помешала монгольской кавалерии скоординировать свои действия. И поэтому способ возведения полевых укреплений или тикудзё-дзюцу стал одним из ответвлений будзюцу, которое стали изучать по-новому.
После того как их прямое вторжение было остановлено каменной стеной, монголы попытались обойти японцев с флангов. Орды китайских воинов, нанятых монголами специально для нашествий, погибли от рук искусных буси, орудовавших острыми как бритвы мечами. Тем не менее, китайцы отлично владели копьями. В результате среди буси возник интерес к копьям. Буси, с другой стороны, в высшей степени успешно управлялись с оружием, похожим на алебарды, нагамаки и нагината. Когда монгольские всадники попытались обойти стену, их встретила японская пехота, которая просто рубила коням ноги и добивала падавших на землю всадников.