Одним из результатов монгольского вторжения стала модификация доспехов, которые использовали японские воины на протяжении веков: они стали более легкими и менее сковывающими. Также были укорочены и облегчены мечи, для того чтобы с ними быстрее можно было управляться.
Подготовка бакуфу к защите от возможных в будущем вторжений монголов продолжалась почти два десятилетия после того, как в 1281 году было отбито второе нашествие. Затраты, необходимые для поддержания состояния готовности к войне опустошили казну как бакуфу, так и императорского двора. Частично по причине финансовых затруднений, а частично по причине крайнего недовольства своей участью тех буси, которые так ожесточенно сражались за свою страну, очень многие выступили против бакуфу. Профессиональные воины ожидали награды за свою службу, поскольку с самых ранних пор подобного рода услуги всегда очень хорошо материально вознаграждались. Даже во времена Ёритомо буси-победители получали долю военной добычи. Но меры, предпринимаемые против монгольского вторжения, были только оборонительными, поэтому не было никаких трофеев, которые можно было бы разделить. Многие буси были в большом долгу перед растущим классом простолюдинов, перед торговцами и ремесленниками, которые обеспечивали их товарами и деньгами, необходимыми для продолжения сражений.
Вдобавок многих буси открыто приводило в ярость то, что сёгун не был человеком, заслуживающим уважения; другие же просто ненавидели проводимую бакуфу политику выбора наследников трона. Ситуация стремительно двигалась к кульминации. В конце концов, предательский поступок генерала бакуфу, Асикага Такаудзи, который переметнулся на сторону императора, позволил императорским войскам в 1333 году свергнуть бакуфу, возглавляемое кланом Ходзё. Такаудзи повел себя еще более предательски, когда воспользовавшись недостатком у императора политической мудрости, изменил и ему, учредив свой двор и назначив верховного правителя, чем еще больше усложнил вопрос о законности императора. Этот раскол существовал более пятидесяти лет. Так Япония вступила в бурный период Асикага (1336–1568 гг.).
В это время таких воинов, как Кусуноки Масасигэ было немного. Масасигэ был воплощением воинской доблести и преданности, примером классического воина, которого не могли изменить ни превратности судьбы, ни процветание. Он встал на сторону императорского двора в то время, когда трон не мог рассчитывать на значительную военную поддержку со стороны класса воинов, и вместо этого полагался на армии сохэев, или воинов-монахов, из больших монастырей, а также на те провинциальные кланы, которые были либо разочарованы правлением Ходзё, либо арендовали земли двора и поэтому склонялись на сторону императора.
Бакуфу Ходзё быстро распознало в Масасигэ опасного врага и открыто объявило денежную награду за его голову. Любой человек, каким бы низким ни был его социальный статус, который доказал бы, что он убил Масасигэ, мог получить солидный участок земли. Это был отход от традиционной политики, проводимой Ёритомо и ранним бакуфу Ходзё, но Ходзё даже не осознали этого. Императорский престиж ни разу не пошатнулся, поскольку отвага и воинская находчивость Масасигэ принимали любой вызов. В Тихая, крепости на горе Конго, он доблестно оборонялся против решительного нападения сил бакуфу, сдерживая огромную армию с помощью горстки людей, вдохновленных его блестящей тактикой. Крепость Тихая так никогда и не пала. Обороняя ее, Масасигэ продемонстрировал свою верность, без которой императорская сторона, без сомнения, проиграла бы.
Несмотря на то, что Масасигэ не любил своего командующего, Нитта Ёсисада, и не испытывал к нему доверия, он все равно оставался безоговорочно предан ему. В битве при Минатогава, когда Ёсисада под жестоким натиском врага увел свои войска и тем самым поставил Масасигэ под удар значительно превосходящих сил противника, сторонники императора проиграли. Масасигэ умер на поле битвы, предпочтя честно защищать грубую тактическую ошибку своего начальника, но не отступать в безопасное место.