Стратегия ведения военных действий была изменена с тем, чтобы приспособиться к использованию огнестрельного оружия. Сэндзё-дзюцу, компонент будзюцу, рассматривающий тактику, и тикудзё-дзюцу, искусство возведения полевых укреплений, были пересмотрены по той же причине. Защитные доспехи попытались сделать чуть более прочными, чтобы они выдерживали попадание пули или картечи.
Тоётоми Хидэёси (1536–1598 гг.) был совсем не прочь наследовать Нобунагу (своему бывшему командиру) на политическом поприще. Отомстив за убийство Нобунага в битве при Ямадзаки, и став во главе огромной победоносной армии, стал действовать очень точно и сумел перехватить политическую инициативу; к концу шестнадцатого века ему удалось объединить страну. Этот выдающийся человек (Хидэёси не был буси) признан одним из величайших генералов Японии. Но если Нобунага допускал, чтобы простолюдины занимали руководящие должности в его правительстве и даже поощрял это, то Хидэёси был категорически против такой либеральной политики. И как следствие, он заложил основы японского милитаризма.
Даймё, которые продолжали разжигать интриги, стремясь получить экономические и политические преимущества, ставили под угрозу национальную стабильность. Для того чтобы пресечь такие попытки, Хидэёси нанес удар по самому источнику военной силы даймё-нобуси, наемникам и дзи-самураям, которые постепенно вытеснили армии буси. Он издал эдикт, запрещавший простолюдинам владеть каким бы то ни было оружием. Для простолюдинов, которые уже стали нобуси и дзи-самураями и служили даймё, было сделано исключение, отныне их следовало считать буси. Следующий эдикт запрещал социальную мобильность: ни один крестьянин не мог оставить свою работу и заняться торговлей или стать ремесленником, ни один бусине мог без разрешения покинуть своего непосредственного начальника; и ни один бусине мог сменить свою профессию и стать ремесленником или фермером.
Политика Хидэёси провела четкую линию между воинами и простолюдинами. В некоторой степени эта политика стала причиной того, что семьи потомственных воинов, проживавшие в сельской местности, пришли в еще больший упадок. Начиная со времен Хидэёси, должности в корпусе буси, вобравшем в себя множество простолюдинов, стали занимать люди, не имевшие ни малейшего профессионального интереса к классическим воинским традициям и методам.
После смерти Хидэёси Токугава Иэясу (1542–1616 гг.), генерал, выбранный самим Хидэёси для продолжения работы по объединению нации, взял верх над теми, кто стремился вырвать бразды правления из его рук. При Сэкигахара в 1600 году Иэясу одержал великолепную победу над своими врагами. После этого он установил в Эдо (ныне Токио) бакуфу Токугава и стал его первым сёгуном. Два непосредственных приемника Токугава управляли бакуфу в военном стиле, как это было при его основателе, но позже оно превратилось во что угодно, но только не в военное правительство. Несмотря на слабые попытки некоторых сёгунов, бакуфу почти полностью перешло под контроль гражданских должностных лиц, чья политика заключалась в том, чтобы парализовать инициативу простолюдинов, приучив их довольствоваться статусом кво. Их управление, слегка окрашенное неоконфуцианством, дало нации 265 лет относительного мира и стабильности, а также из-за строгой политики изоляционизма отгородило ее от всего остального мира. Тем не менее, начиная со времен правления четвертого сёгуна, стали очевидны растущие антиправительственные настроения.
Крах бакуфу в середине девятнадцатого века был вызван целым рядом причин, самой важной из которых было расхождение между буси и гражданскими чиновниками в вопросах монархической власти и вмешательства европейцев. С падением бакуфу многие феодальные институты прекратили свое существование, не стали исключением и воинские рю и будзюцу. Но выживание присуще будзюцу. Само по себе изучение самообороны, а, следовательно, и классических воинских искусств и их рю выдержало натиск времени.
Нам необязательно изучать японскую историю после падения бакуфу Токугава. Есть множество фактов, свидетельствующих о том, что период Токугава характеризовался отсутствием какой-либо поддержки в отношении классических буси и их традиций, а также демонстрировал общий упадок системы квази-буси. Краткое изложение некоторых основных черт воинской культуры периода Токугава позволит уловить контраст и различия между ними и традициями классических буси. В ходе великого конфликта между объединением и разрозненностью, открытостью и изоляцией, являвшегося отличительной чертой периода Токугава, классические воинские традиции стали неэффективны как управляющая сила и были замещены элементами, которые впоследствии оказались зернами современного милитаризма.