Другая подшкола Мадхьямики, Сватантрика, исходила из признания факта реального существования дхарм, определяемых как «носитель, безраздельно совпадающий с собственным признаком» (свалакшана). Дхармы реально существуют только в настоящем времени, полагали сватантрики, но не в прошлом и будущем. Последователи этой подшколы Мадхьямики проводили резкое различие между аффективным и неаффективным неведением. Содержанием аффективного неведения для них выступала вера в реальность индивидуального Я, неаффективного — допущение реальности дхарм.
Те сватантрики, которые принимали посылку саутрантиков о номинальном существовании ряда дхарм из списка классической (строгой) Вайбхашики, получили наименование последователей школы Саутрантика-мадхьямика-сватантрика. К ней принадлежал Бхававивека, он же Бхавья (конец V–VI в.), автор «Мадхьямика-хридаи» и комментария к ней «Таркаджвала» — двух текстов, в которых и был изложен метод Сватантрики. Этот метод «прямой аргументации» обосновывал возможность позитивных диалектических высказываний в рамках общей для всех подшкол Мадхьямики установки на трактовку дхарм как «пустоты».
Согласно ряду позднебуддийских источников, именно в период деятельности Бхававивеки и произошло резкое размежевание между Мадхьямикой и Виджнянавадой (учением о сознании), которое в дальнейшем все более углублялось и привело в IX в. к окончательному оформлению этих двух крупнейших школ Махаяны.
Сватантрики, усвоившие некоторые идеи Виджнянавады, составили другую подшколу Мадхьямики — Йогачара-мадхьямика-сватантрику. К ней принадлежали такие известные мыслители поздне-буддийской Индии, как Шантаракшита, автор «Таттва-санграхи» (760), и Камалашила, написавший комментарий к ней (793), а также три небольшие работы о последовательных ступенях йогического сосредоточения — «Бхаванакрама».
Истоки второй ведущей школы махаянской философской мысли — Виджнянавады могут быть прослежены в двух махаянских сутрах — «Ланкаватаре» и «Сандхинирмочане», созданных в период между серединой II–IV вв. Первая из этих сутр, а также «Аватамсака» («Цветочная гирлянда») свидетельствуют об известном единстве Мадхьямики и Виджнянавады, при котором опорные идеи Махаяны принимаются в равной степени обеими школами, получая различную интерпретацию только на уровне более детального философского рассмотрения.
Окончательной систематизацией своих идей и концепций Виджнянавада обязана двум выдающимся мыслителям раннесредневековой Индии — Асанге и Васубандху (IV–V вв.), отождествляемому в буддийской историографической традиции с автором «Энциклопедии Абхидхармы». Фундаментальными источниками Виджнянавады являются «Махаяна-санграха» Асанги, два небольших трактата Васубандху — «Двадцать и Тридцать стихов о „только-сознавании“» (виджняпти-матра) вместе с комментарием Стхирамати и приписываемые Майтреянатхе «Махаяна-сутра-аланкара» и «Мадхьянта-вибхага».
Виджнянавада в определенном смысле заимствовала ориентацию саутрантиков, сконцентрировав ее, однако, исключительно на проблеме сознания. Предмет ее философствования состоит не в рассмотрении соотношений сознания и внешнего мира, но прежде всего в рассмотрении процесса осознавания, сознания и его конкретных явлений.
Сознание склонно отождествлять данные органов чувств со свойствами объектов внешнего мира. Однако когда дело касается таких субъективных данных, как чувствование боли, то восприятие подсказывает невозможность приписывания внешним объектам характеристик, подобных боли. Именно на анализе таких примеров виджнянавадины и разработали свой особый подход к проблеме обусловленности содержаний сознания.
Для понимания основных философских установок Виджнянавады следует иметь в виду, что практическое осуществление идеала бодхисаттвы — ведущего религиозного идеала Махаяны — предполагало устранение привязанности к объектам внешнего мира. Это религиозно-идеологическое положение сыграло решающую роль в становлении Виджнянавады именно как учения о сознании. Объекты внешнего мира делаются достоянием индивидуальной психики прежде всего в процессе актуального восприятия, и эту познавательную ситуацию виджнянавадины рассматривали как ситуацию объективную.
Вся психотехническая практика разрабатывалась виджнянавадинами таким образом, чтобы устранить субъектно-объектные различия. Объект, рассматриваемый в качестве плода умственного конструирования, объявлялся нереальным, но мысль об объекте (т. е. акт осознавания объекта) с неизбежностью должна была быть признана реальной.