Абд ал-Мумин был достаточно мудр и, чтобы удовлетворить своих берберов, предоставил им достойное место в правительстве; однако для управления страной ему были нужны образованные андалусийцы. Двойственность альмохадской государственной структуры, требовавшей сохранения равновесия между исполнительной властью халифа и теократической традицией, представляемой «Десяткой», не помешала Абд ал-Мумину установить наследственную власть своей семьи; он сделал это еще в 1154 г. Вскоре после этого он назначил сыновей на самые важные правительственные посты, но характерно, что он приставил к ним советников из высших слоев альмохадской аристократии. Его сын Абу Йакуб Йусуф пришел к власти без всяких происшествий. В 1184 г., во время «священной войны», он пал у Сантарема. Следующие три правителя, из которых наиболее значительной фигурой был внук Абд ал-Мумина, Йакуб ал-Мансур, «Победоносный» (1184–1199), также всходили на престол, не подавляя никаких мятежей; подобная династическая стабильность почти не имела параллелей в дар ал-исламе.
Эта стабильность позволила двум великим монархам, Йусуфу и Йакубу, оказывать поддержку интеллектуальным устремлениям, хотя нельзя отделаться от мысли, что эти устремления содержали подтекст, несовместимый с теократическими основами власти Альмохадов. Вследствие изоляции двора от народа, столь обычной в мусульманских государствах, Йакуб вполне мог полагать, что поддержка им Аверроэса (Ибн Рушда) неопасна в политическом отношении. Аверроэс был самым выдающимся арабским последователем Аристотеля и последним арабским мыслителем, который, несмотря на свой язык и религию, оказал влияние на христианский мир. Он продолжил диалог с греческой философией и религией, который начал Газали своей классической критикой Авиценны, создал такую же классическую критику взглядов Газали и в известном смысле завершил этот диалог, поскольку дискуссия не продолжалась из богословских соображений. Аверроэс демонстрирует двуликость религиозного ученого и нерелигиозного философа, нелегко понимаемую сегодня человеком Запада. В конце он, правда, ощущает необходимость продемонстрировать гармонию между рационалистическим умозаключением и сутью откровения, призвав к тому же себе на помощь учение стоиков о множественности обличий истины, но от нашего стиля мышления его взгляды остаются так же далеки, как воззрения Фараби и даже Кинди, хотя последние куда более наивны.
Ибн Туфайл (ум. 1185}, врач Йусуфа, пытался добиться гармонии между разумом и религией откровения иначе, чем это сделал Аверроэс. Он снова использовал тему, введенную в литературу Авиценной, и описал историю сироты, который вырос на необитаемом острове и с помощью собственного разума проник в сущность бога и мира. Когда герой его повествования через вазира, состоящего на службе у короля соседнего острова, знакомится с принципами религии откровения, он понимает, что в своей основе она тождественна истинам, которые он приобрел с помощью разума. Эта похожая на роман история Хайя ибн Йакзана («Живущего сына Бодрствующего») проникла через еврейскую, а позднее латинскую в английскую литературу (к 1708 г.) и оказала заметное влияние на роман Дефо о Робинзоне Крузо (1719).
Идеи этих ученых своей интеллектуальной базой, направлением и даже содержанием были почти тождественны политическим взглядам жившего значительно раньше их Ибн Баджжи (Авемпас, ум. 1138), универсального мыслителя, который, как рассказывают, был отравлен фесскими фукаха. Против Аверроэса выступили также фукаха (на этот раз испанские), не принимавшие его аристотелианских теорий вечности мира и его утверждения, что божественное знание не занимается частностями. Так как Йакуб, ведя войну против христиан, нуждался в поддержке фукаха, они заставили его наказать Аверроэса; однако халиф проявил максимально возможную мягкость и выслал его в Африку; его философские труды были сожжены. После победы при Аларкосе, северо-восточнее Кордовы (19 июля 1195 г.), явившейся последним триумфом мусульманских армий на испанской земле, Йакуб снова получил свободу действий; он призвал Аверроэса ко двору в Марракеше; однако и халиф и философ вскоре скончались один за другим.