В 1803 году кружок вырос до 120 офицеров и оформился в военно-научное общество. В 1805 году число членов кружка в Берлине достигло уже 200, и стали открываться отделения в провинции. Общество издавало свои «Известия», в которых печатались рецензии — первые литературные работы Клаузевица. Основная идея работы общества заключалась в том, чтобы обратить внимание на различие принципов, которые вдохновляли действия в Семилетнюю и в революционные войны, постараться устранить механическое смешивание старых и новых начал и вместо господствовавшего разнобоя мнений подойти к единой военной доктрине.
В самом обществе кипела борьба нового со старым.
Имелись поклонники Наполеона и защитники идей бескровной войны, основанной на маневрировании. Французская революционная тактика одними оценивалась очень высоко, другие считали ее не стоящей внимания. Одни доказывали невозможность дальнейшего прогресса в военном искусстве, достигшем совершенства при Фридрихе II, другие утверждали, что только «развитие» дает ключ к правильным оценкам: «Армия Фридриха удержала Силезию только потому, что в своем развитии она в середине XVIII века обогнал другие армии». Одни (Бойен) являлись горячими защитниками боя в стрелковых цепях, другие были против. Были и программные доклады будущих сторонников реформы: о разделении армии на дивизии, об общей воинской повинности, о перевооружении армии заряжающимися с казны ружьями, о необходимости иначе подходить к вопросу о крепостях, которые оказывают ничтожное сопротивление вследствие негодности комендантов, плохих гарнизонов и незаинтересованности населения в обороне крепости.
В 1806 году, вместе с разгромом прусской армии, погибло и военно-научное общество. Единственным результатом его деятельности было известное расслоение прусского офицерства: Шарнгорст приобрел здесь ряд горячих единомышленников, которые затем стали его сподвижниками по военной реформе; но общество кристаллизовало и противоположную группу — врагов реформы — Кнезебека, Борштеля, Лестока и других. Интриги и козни против Шарнгорста ведут свои корни отсюда.
Другой точкой приложения энергии Шарнгорста явилась военная школа. Еще Фридрих II после окончания Семилетней войны, чтобы несколько поднять образовательный уровень своих офицеров, почти сплошь получивших «общее образование дома, а военное — на службе», то-есть не окончивших никакой школы, установил в 1763 году в важнейших гарнизонных городах «институты молодых офицеров»; в них собиралось некоторое количество офицеров на зиму для изучения общеобразовательных и военных предметов без какой-либо твердой программы. Такой институт в Берлине к 1801 году обратился в двухлетнюю офицерскую школу, влачившую, впрочем, жалкое существование.
Шарнгорст решил реформировать институт, разбив его на две части: первая должна была представлять как бы подготовительный факультет, а вторая, для уже подготовленных слушателей, военную академию, которая в течение трех лет давала бы законченное высшее образование. Сам Шарнгорст стал фактическим директором этой военной школы. Свою реформу ему удалось осуществить только к 1804 году.
В 1806 году, после Йенской катастрофы, военная академия также распалась. Но та полуакадемия, которую застал Шарнгорст в 1801 году, сразу зажила подлинной научной жизнью. Программа резко изменилась. В 1803 году в ней читались лекции по стратегии — Пфулем и самим Шарнгорстом. Изучение военной истории и работа слушателей над решением конкретных тактических задач, прикладной метод, ныне признанный повсюду, были выдвинуты на первый план. И Шарнгорст мог быть доволен результатом подготовки своего выпуска: из двух десятков его учеников девять человек попали по конкурсу в генеральный штаб, а пять других заняли более или менее ответственные посты в армии. Первым в этом выпуске, на который Шарнгорст не пожалел своих трудов, стоял Клаузевиц. Единомышленники, друзья и наследники подрастали…