Без каких-либо надежд и воодушевления пошел на эту войну Шарнгорст. Настроение его не было воинственным. «Не легко смотреть беспартийным взором на эту войну и тем не менее точно и слепо следовать по дороге чести. Но воистину не дальше того, что требуется предрассудками нашего времени!» «Мы деремся за аристократов, которые нас тянут назад». «Скорее бы дал бог мир. Я не рожден быть солдатом. Я легко переношу опасность, но вид безвинных людей, лежащих в крови у моих ног, пожар селений, которые люди строили для счастливой жизни, прочие жестокости и опустошения приводят меня в ярость и невыносимое состояние».
Шарнгорст не терял времени и продолжал на войне свою литературную работу. Он писал книгу, за которую рассчитывал получить сто талеров гонорара. Первые его письма домой полны просьб о высылке различных источников для работы. Вместе с тем, на самом театре военных действий он не упускал случая зарисовывать крепости и производить съемку новых и старых полей сражения. Насколько Шарнгорст разбирался в новых сложных вопросах тактики, свидетельствуют сделанные им в то время записи: «Современная война с Францией могущественно поколеблет некоторые вопросы принятой теперь тактической системы»; «французские стрелки выиграли большинство боев этой войны»; «ни штыковые атаки, ни залповый огонь не будут иметь успеха против стрелковых цепей».
Ощущения и взгляды Шарнгорста на театре войны менялись. Чем ближе подходил прусский король к миру с Францией, тем воинственнее становился Шарнгорст. Боевая жизнь брала свое: «Мне стыдно признаться, — заявляет он вдруг в письме к жене, — я нахожу удовольствие в этом постыдном занятии…» Начальство еще не изменило своего отношения к Шарнгорсту: «Генерал Трев (начальник артиллерии) не благоволит ко мне. Он не может забыть, что я не гну перед ним по-рабски спину и говорю, как свободный человек».
Однако популярность Шарнгорста в рядах армии с каждым боем увеличивалась, особенно во время начавшегося отступления англо-ганноверской армии. После поражения у Хондшоте он самовольно появился в арьергарде армии и по своей инициативе стал распоряжаться спасением отступающих войск. Его понимание карты и местности, обширные технические знания, умение сообразовываться с новейшими тактическими требованиями стали известны высшему командованию.
Особенную популярность он приобрел после осады Менэна. Две тысячи немцев были осаждены в слабой крепости Менэн двадцатитысячным французским корпусом генерала Моро. Шарнгорст в должности начальника штаба генерала Гаммерштейна руководил обороной Менэна. Когда все средства защиты крепости были исчерпаны, Шарнгорст предложил, вместо капитуляции, сделать попытку пробиться. Прорыв осажденного гарнизона, путем ночной атаки, удался. Благодарности от английского короля за это исключительное дело Шарнгорст, впрочем, не получил.
С Шарнгорстом давно уже начали советоваться в трудных случаях. В 1794 году, когда положение на театре войны изменилось к худшему, он был назначен генерал-квартирмейстером ганноверского контингента. Шарнгорст сразу же отказался от разброски войск кордоном и провел весьма важное мероприятие. До него контингент состоял из отдельных полков и батарей; в каждом отдельном случае из этих частей импровизировались отряды, с временным командованием во главе. Шарнгорст, с его сильнейшей тягой к организации, упразднил эту импровизацию и заменил ее постоянным делением войск на бригады из трех родов войск, с постоянным командованием и штабом. Для немцев это было крупнейшим новшеством. Под давлением общественного мнения пришлось пойти на производство Шарнгорста в майоры; впрочем новоиспеченному майору сохранялось прежнее капитанское жалование.
Ганноверские войска, вместе с прусскими, прекратили свое участие в войне против Франции с конца 1794 года, но еще долго стояли на демаркационной линии, отделявшей северную Германию от театра продолжавшейся войны. Демобилизация последовала только в 1797 году. Шарнгорст немедленно вновь приступил к изданию своего военного журнала уже под третьим названием. В первом же номере воскресшего журнала Шарнгорст напечатал замечательную статью: «Развитие общих причин счастья французов в революционных войнах». Казалось бы, такая животрепещущая тема должна была привлечь внимание военных писателей и не сходить со страниц журналов того времени. В действительности же эта статья явилась единственной серьезной работой за десятилетие.