Ясное дело, что желание Птолемея XI (или XII) Авлета, чтобы его восемнадцатилетняя дочь правила вместе с его десятилетним сыном, повлекло за собой брак сестры с братом, ведь Птолемеи следовали древним египетским обычаям настолько, что в случае необходимости брак между царственными братом и сестрой совершался. Этот обычай был в Египте очень древним и изначально основывался на законе о порядке наследования трона женщинами, согласно которому старшая дочь монарха становилась наследницей царства. Сын, которого избрал отец в наследники трона или который так или иначе претендовал на власть, получал свое законное право на царство, женившись на этой наследнице. Когда такой наследницы не существовало или когда претендент на престол мужского пола не имел серьезных соперников, это правило, по-видимому, часто оставалось без внимания. Но есть несколько примеров такого пренебрежения им, когда обстоятельства требовали подкрепления царских притязаний на трон.
Поэтому, когда, согласно условиям завещания Авлета, его старшая дочь и его старший сын совместно унаследовали престол как Клеопатра VII и Птолемей XII (или XIII), их формальный брак рассматривался как нечто само собой разумеющееся. Нет никаких доказательств свершения этого брака, и можно предположить, что по желанию Клеопатры он был отложен на основании чрезвычайной молодости царя. Браки в возрасте одиннадцати или двенадцати лет не были чем-то необычным в Древнем Египте, но они были не вполне приемлемы для греков, и царица, вероятно, без труда сделала это оправданием того, что власть оказалась в ее собственных руках. Этот юный Птолемей XII был отдан на попечение евнуха Потина, который, по-видимому, был типичным представителем категории дворцовых интриганов, знакомой любому историку. Учитель царя по имени Теодот, сомнительный греческий преподаватель риторики, также имел значительное влияние при дворе. А третьим наперсником царя был неразборчивый в средствах военачальник-египтянин по имени Ахиллес, который командовал дворцовой охраной. Эти три человека вскоре приобрели значительную власть и, действуя от имени своего юного хозяина, сумели прибрать к рукам большую часть правления страной. Клеопатра тем временем, по-видимому, страдала чем-то вроде помрачения. Она была все еще лишь юной девушкой, а ее советники оказались менее целеустремленными, чем те, которые окружали ее брата. Так как царь был еще малолетним, основную часть государственных дел вела царица, но, вероятно, реальными правителями страны был Потин и его товарищи.