Ко времени Клеопатры мемфисские жрецы, занимавшие ведущее положение в Египте, пользовались почти таким же влиянием и почестями, как и во времена фараонов. В первое десятилетие правления Клеопатры верховным жрецом был некий Пшеренипат, который хвастался своим гаремом, вопреки существовавшей среди жрецов Египта традиции единобрачия. Он стал верховным жрецом еще при отце Клеопатры, и это время являлось благоприятным для религии Египта, так как царь, при всем своем интересе к римлянам, много занимался строительством и реставрацией храмов. Хотя часто такие работы носили поверхностный характер, объем их был достаточно велик. На стенах храмов Птолемей XII показан в виде фараона, повергающего своих врагов, подобно Рамзесу и другим древним правителям. Конечно, эти изображения были идеализированными, но они напоминали о древней славе Египта, в уважении к которой воспитана была и Клеопатра. Отец Клеопатры много занимался реставрационными работами также в Карнаке, в северо-восточной части Фив. Этот город был столицей Египта в 1600 – 1200 годах до н.э. и царской резиденцией, подобной которой до того не было. Гомер называл Фивы «городом ста ворот». Местный бог Амон в сознании египтян давно соединился с Ра, богом Солнца в Северном Египте. Этот бог Амон-Ра превратился в могущественное имперское божество, царя богов. Тогда главным в Египте был вовсе не мемфисский жрец, а фиванский верховный жрец Амона-Ра. Храм этого бога в Фивах являлся крупнейшим религиозным центром Древнего мира. Конечно, реставрационные работы, проведенные там Птолемеем XII, принесли большую популярность ему самому и его семейству.
Фараоны считались потомками Амона-Ра, и Птолемеи восприняли эту традицию. Птолемею I Сотеру в Фивах воздавали божеские почести. Однако при его преемниках Фивы превратились в центр беспорядков и смут. Здесь эллинизированное население было самым малочисленным, а коренное население с большой неприязнью относилось к Александрии. Недовольство народа приводило к восстаниям. При Птолемее IV и Птолемее V эта земля сильно пострадала от постоянных мятежей, а Верхний Египет фактически превратился в независимое государство. Уже при деде Клеопатры продолжавшееся в этом регионе сопротивление центральной власти привело к разрушению части легендарных Фив. С тех пор этот город навсегда утратил былое значение, хотя и был знаменит благодаря четырем храмам и некрополю. Эти памятники, привлекающие туристов, и теперь остаются воплощением древней традиции Египта.
Еще в начале своего царствования Клеопатра решила сделать широкий жест, чтобы продемонстрировать свои симпатии к национальной культуре.
В одном из святилищ неподалеку от Фив, которое именовалось Хермонтис, самым знаменитым божеством был священный бык Бухие (по другой транскрипции Бакис или Пакис). В это время храмовый бык умер, и понадобилось новое животное, чтобы его заменить. Церемония его введения в храм состоялась 22 марта 51 года до н.э. Храмовая надпись сообщает в связи с этим, что «царица обеих земель, богиня, возлюбившая отца, привезла на судне быка в Хермонтис». Возможно, она была первой среди монархов из династии Птолемеев, кто принимал участие в подобной церемонии.
В этой надписи не упоминается отец Клеопатры, и, возможно, к тому времени его уже не было в живых, однако Клеопатра скрывала это обстоятельство, а его отсутствие могла тогда удовлетворительно объяснить тем, что он болен. Не упоминается и ее сводный брат, Птолемей XIII, однако, если отец был тогда жив, сын не мог являться соправителем сестры. Но и в более поздней надписи, от 28 августа, упоминается одна Клеопатра. Римлянин Марк Целий Руф в письме к Цицерону уже отмечает, что Птолемей скончался, объявив в завещании соправителями дочь и сына; однако народ боялся, что Клеопатра оттеснит своего несовершеннолетнего брата от власти. Указанная надпись свидетельствовала, что эти опасения не были беспочвенными. Такое нарушение воли отца Клеопатра могла бы объяснить тем, что в изменившейся политической ситуации не имело смысла сохранять двоевластие. Правление несовершеннолетнего брата требовало создания регентского совета, который не только диктовал бы свей условия ее брату, но стал бы вмешиваться и в ее дела. Царица давала понять, что если по закону ей и положен соправитель, то это – чистая формальность, которую не следует принимать всерьез. В отличие от других цариц своей династии она даже монеты чеканила только со своим изображением и именем. Однако эти предшественницы вовсе не были мягкосердечными и не склонны были уступать власть другим. Часто они, как, например, жена и сестра Птолемея II, Арсиноя II, или жена Птолемея III, Береника II, напротив, отличались властолюбием и жестокостью. Но Клеопатра, в своей решимости установить единоличную власть, зашла, пожалуй, дальше предшественниц.
Однако уже в самом начале у Клеопатры возникли на этом пути серьезные непредвиденные трудности, вызванные внешними обстоятельствами. Незадолго до того, в 53 году до н.э. римляне потерпели тяжелое поражение от своего соседа и соперника – от Парфянского царства. Красс, коллега Помпея и Цезаря по триумвирату, был наголову разбит парфянами на их территории и погиб. Римляне опасались теперь, что парфяне вторгнутся в пограничную римскую провинцию – Сирию. Это действительно произошло в 51 году до н.э. хотя, к счастью для римлян, силами небольшого парфянского войска. Однако вновь назначенному наместнику Сирии Марку Кальпрунию Бибулу пришлось решать проблему парфянского вторжения. Ему недоставало людей, и он возлагал надежды на римский гарнизон в Египте, оставленный Габинием и доставшийся в наследство Клеопатре. Бибул послал в Египет двоих сыновей, чтобы вести переговоры об этом, но габинианцам вовсе не хотелось отправляться в Сирию на войну. Они не только отказались подчиниться сыновьям Бибула, но и убили их. Клеопатра арестовала убийц и в цепях отослала их к Бибулу. Это было опасно, так как могло вызвать бунт габинианцев, который могли поддержать влиятельные противники проримской политики в самой Александрии. Правда, Бибул отказался наказать убийц, заявив, что это дело должен рассматривать римский сенат, однако риск для самой Клеопатры от этого меньшим не стал.
Клеопатре в это время было девятнадцать лет, и она, не пожелав вводить регентский совет, пользовалась советами своего главы правительства, некоего Протарха. Но у последнего и без того хватало забот и тревог. Папирусы того времени говорят о политической напряженности в стране, связанной с неурожаем (или усугубленной им). Один из папирусов, датированный 27 октября 50 года до н.э. представляет собой царский указ, запрещающий ввоз зерна из Среднего Египта в Верхний или Нижний Египет; все собранное зерно должно было отправляться в Александрию. Указ угрожал нарушителям конфискацией имущества или даже смертной казнью и сообщал о наградах за доносы. Ясно, что неурожай создавал угрозу голода в Александрии. Но в это время должно было случиться и что-то еще очень важное, потому что в указе упоминалась не одна Клеопатра, как обычно, а «царь и царица», то есть Клеопатра и ее брат Птолемей XIII. Есть и другие папирусы, относящиеся к третьему году правления Клеопатры (50 – 49 гг. до н.э.), которые подтверждают правильность нашего заключения. Там появляется формулировка о «третьем годе, который также является первым». Третий год относится к Клеопатре, но «первый» – к Птолемею XIII. Ясно, что Клеопатра, чье положение пошатнулось в результате кризиса, связанного с убийством сыновей Бибула, вынуждена была признать мальчика соправителем согласно завещанию отца. То, что это сделано только два года спустя, можно было официально объяснить малолетством соправителя Клеопатры. Но это означало тогда серьезное ослабление позиций царицы.
Если еще раз вернуться к указу от 27 октября 50 года до н.э. то в свете событий, происходивших вокруг трона, можно заключить, что запрет на вывоз зерна в Нижний и Верхний Египет мог объясняться не только экономическими причинами. Кажется убедительным предположение, что произошел раскол власти между сторонниками Клеопатры и ее брата, причем Клеопатра вынуждена была покинуть Александрию. В таком случае царский указ должен был не только предотвратить голод, но и обезопасить столицу от возможной осады со стороны Клеопатры, лишив ее источников снабжения.