Печально известные изворотливость и двоедушие александрийцев, с которыми римлянам то и дело приходилось сталкиваться, в условиях войны были несомненным преимуществом. Бывший воспитатель Арсинои и новоиспеченный военачальник Ганимед приказал своим людям вырыть глубокие траншеи. В опустевшие водопроводные трубы хлынула морская вода. Дворец в один миг лишился питьевой воды (Ганимед вольно или невольно повторил давно известный трюк, с помощью которого Цезарь доставил много неприятностей Помпею). В рядах римлян началась паника. Не пора ли отступить? Цезарь поспешил успокоить своих людей: найти пресную воду не составит труда, скважины всегда пролегают поблизости от океанского побережья. Одна располагается как раз под дворцовой стеной. А бегство не выход. У легионеров нет ни единого шанса добраться до кораблей, не наткнувшись на клинки александрийцев. Цезарь приказал солдатам рыть колодец, и, проработав в поте лица всю ночь, они убедились, что их предводитель не ошибся; в том месте действительно была питьевая вода. И все же греки оставались отличными тактиками, свободно распоряжались ресурсами, а главное — готовы были умереть за свою независимость. Они слишком хорошо запомнили Габиния, вернувшего трон Авлету. Проиграть означало сделаться римской провинцией. Едва ли Цезарь мог требовать от своих людей драться столь же самозабвенно.
Цезарю пришлось занять оборонительную позицию, и это могло стать одной из причин того, что описание Александрийской войны составлено одним из приближенных полководца на основе его послевоенных речей. Римляне занимали дворец и маяк на востоке, а военачальник Птолемея Ахилл контролировал весь город. Его отряды не давали неприятелю пополнить запасы продовольствия. К счастью для Цезаря, сильнее александрийской смекалки была только александрийская склочность. Учитель Арсинои повздорил с Ахиллом и обвинил его в предательстве. Распри и заговоры сменяли друг друга, к радости солдат, на подкуп которых обе стороны не жалели золота. В конце концов, царевна подговорила воспитателя расправиться с опасным соперником. Клеопатре было хорошо известно, чем занималась их сестрица Береника, пока отца не было дома; она допустила большую ошибку, не удержав Арсиною.
Впрочем, Ганимед и Арсиноя не годились на роль народных предводителей. Это сделалось ясно очень скоро, когда Цезарь получил подкрепление и — несмотря на ожесточенные схватки на море и большие людские потери — начал постепенно переламывать ход войны. В середине января, вскоре после двадцать второго дня рождения Клеопатры, во дворец явились парламентеры просить о милости для юного Птолемея. Александрийцы уже предпринимали безуспешные попытки освободить своего царя. На этот раз они явились к его сестре с предложением мира. Парламентеры желали видеть царя, чтобы «обсудить с ним детали будущего договора». Птолемей не доставлял своим тюремщикам никаких проблем. В заточении он напрочь забыл о властных амбициях и имел не царственный, а, скорее, подавленный вид. Цезарь давно подумывал о том, чтобы отпустить мальчишку. Теперь, когда александрийцы готовы были сдаться, с неудавшимся царьком нужно было что-то делать; Птолемей утратил последний шанс править вместе с сестрой, а примирить Клеопатру со своими подданными в его отсутствие было бы куда проще. В том случае, если бы брат царицы вздумал продолжать борьбу за престол — сейчас трудно сказать, рассуждал ли Цезарь так в действительности или подобный ход мыслей ему приписали позднее, — римляне вновь вступили бы в войну, но на этот раз в войну благородную, «против царя, а не шайки беглых рабов».
Цезарь решил побеседовать с тринадцатилетним правителем. Он призвал юношу «во имя благородных предков сжалиться над своей великой родиной, преданной огню и разорению; позволить подданным вернуться домой к любящим семьям и мирной жизни; довериться народу Рима, пославшего Цезаря примирить царственных врагов». В завершение своей речи Цезарь даровал юноше свободу, но Птолемей не спешил уходить; вместо этого он со слезами стал просить римлянина не отсылать его прочь, ибо дружба Рима и Цезаря для него важнее трона. Глубоко растроганный полководец — у него самого глаза были на мокром месте — пообещал молодому человеку, что ему вскоре будет позволено вернуться. Оказавшись на свободе, Птолемей немедленно возобновил войну против римлян, что лишний раз доказывало: слезы, пролитые ими во время того разговора, несомненно были слезами радости. Приближенные Цезаря были довольны: такое вероломство должно было навсегда излечить их командира от чрезмерного великодушия. На Клеопатру трогательная сцена не произвела ни малейшего впечатления: царица читала пьесу, а то и руководила происходящим из-за кулис. Вероятно, Цезарь отпустил Птолемея, чтобы заронить семя раздора в ряды повстанцев. Если так оно и было, без царицы здесь не обошлось.