Через три года после воцарения Карла I молодой обыватель с республиканскими идеями стал членом парламента от Хантингтона. Звали его Оливер Кромвель, семья его мигрировала из Уэльса и носила фамилию Уильямс. Они вышли из забвения, благодаря министру Генриха VIII Томасу Кромвелю, который был дядей прапрадеда Оливера, и приняли имя патрона в знак признательности за помощь. Только что взявшая себе новую фамилию семья Кромвелей вскоре стала влиятельной в городе Хантингтон, графства Кембриджшир, где Оливер и родился 25 апреля 1599 года. Новые процветающие Кромвели отдали сына в обучение ведущему пуританину Томасу Верду, человеку, который стремился «очистить» англиканскую церковь от оставшихся римско-католических элементов. Позднее Кромвель поступил в Суссекский колледж и в Кембриджский университет, где доминировали пуритане, а также изучал право в Лондоне. В августе 1620 года он женился на Элизавете Боучер и вернулся в Хантингтон для управления состоянием своего отца и через восемь лет стал депутатом парламента от Хантингтона.
За последующее десятилетие у Кромвеля сложились полностью пуританские воззрения, а состояния он лишился, но дела поправились благодаря тому, что он унаследовал имущество после смерти дяди своей жены. В 1640 году Кромвель вновь стал членом парламента, как раз в то время, когда разногласия между королем Карлом I и пуританами достигли высшей точки и конфликт стал неизбежен. Два года спустя, 22 августа 1642 года, разразилась Гражданская война между парламентом, где доминировали пуритане, и теми, кто поддерживал короля. Острый военный ум Кромвеля быстро оценил то, что религиозная страсть придаст воинам боевой дух, позволяющий побеждать в битвах. Он быстро набрал из фанатиков кавалерийский полк, вставший на защиту парламента. В течение первых двух лет войны дела у роялистов (или, как их стали называть, кавалеров) шли все более успешно. После кровавой, но ничего не решившей битвы у Эджхилла в графстве Варвикшир в октябре 1642 года казалось, что наступление роялистов на Лондон увенчается успехом, но их отогнали. В конце первого года войны роялисты контролировали всю Англию, кроме Лондона и восточной части страны. Военные способности Кромвеля были признаны, и к 1644 году этот решительный солдат стал генерал-лейтенантом под на чалом Эдуарда Монтегью, герцога Манчестерского. Повышение по службе было заслуженное: он возглавлял войска парламента, получившие прозвище Круглоголовые, и привел их к победе в решающей битве при Марстоне Муре, заработав себе и своему полку имя Железных.
Эта битва оказалась поворотной точкой для сил парламента, и роялисты снова потерпели поражение от армии нового образца сэра Томаса Файрфакса при Назебай в графстве Дейчестершире. Битва за битвой завершались победой Круглоголовых, пока 24 июня 1646 года не пал Оксфорд, столица роялистов, и Карл, который отдал себя в руки шотландцев, был передан парламенту и заключен в тюрьму. Город Личфилд в графстве Стэфордшир еще держался, но первая и наиболее важная часть Гражданской войны завершилась.
Многие ученые полагают, что Оливер Кромвель сам был масоном, хотя точных архивных данных по этому поводу не сохранилось. Точно известно, что его начальник и близкий друг сэр Томас Файрфакс был в Ремесле, и семейное гнездо Файрфаксов в Илкли, графство Йоркшир, до сих пор имеет масонский храм в библиотеке, в который можно попасть, поднявшись по винтовой лестнице, ведущей в комнату с черно белыми шахматными полами и двумя свободно стоящими колоннами. Сегодня это здание является центральным офисом большой производственной фирмы, но в нескольких милях от этого дома, в деревне Гийсли, все еще существует ложа под названием Файрфакс.
Одним из лучших источников по истории масонства того периода является дневник Элиаса Эшмола, представляющий собой внушительный комплект из шести томов дневников и справочного тома. Библиотекарь университетской библиотеки был весьма удивлен, когда Роберт взял у него однажды летом все семь томов, с тем чтобы прочитать их полностью! Мы обсуждали, как найти информацию об этом периоде, и пришли к общему мнению, что это был период, когда все вели дневники, и, прочитав их, мы найдем нужную для нас информацию. Мы не знали, что ищем, поэтому решили прочитать все подряд. Труд оказался не напрасным, поскольку мы нашли упоминания о весьма странных встречах, проливающих свет на события, которые привели к созданию Королевского общества и к Реставрации.
Элиас Эшмол был Королевским контролером артиллерии в Оксфорде во время поражения, он был также одной из са мых важных фигур в официальной истории франкмасонства. Через четыре месяца после того, как он увидел, что война проиграна, Эшмол отправился в Баррингтон для посвящения в Ремесло. В его дневниковой записи от 16 октября 1646 года говорится: