С началом Отечественной войны Толстой вообще стал действовать решительнее. В Ташкенте у него возникли большие возможности влияния. 17 декабря 1941 года Н. А. Ломакин, секретарь ЦК КП(б) Узбекистана, в секретном донесении сообщал:
3 дня тому назад в ЦК КП(б)Уз пришел Алексей Толстой и от имени всех московских писателей, находящихся в Ташкенте, поставил вопрос о необходимости «полной реорганизации и обновления руководства Союза Советских писателей СССР», имея в виду получить у нас поддержку в такой постановке вопроса. Алексей Толстой заявил, что Фадеев и его помощники растерялись, потеряли всякую связь с писателями, судьбой их не интересуются <…> Он, в частности, высказал свое возмущение тем, что т. Фадеев, под пьяную руку, выдает безответственные мандаты отдельным писателям на право «руководить» различными отраслями писательской работы в Узбекистане. Такие мандаты, по заявлению Толстого, были выданы Фадеевым тт. <В.Я.> Кирпотину, <П.Г.> Скосыреву, <С.Я.> Маршаку и <А.> Ниалло. <…> Явно неправильное поведение московских писателей нашло свое яркое выражение в проекте их письма в ЦК ВКП(б) на имя товарища <А.А.> Андреева и товарища <А.С.> Щербакова. В этом письме, написанном Алексеем Толстым, Николаем Вирта и Иосифом Уткиным, делаются прямые намеки на необходимость отстранения Фадеева от руководства Союза писателей и ставится вопрос о создании нового «полномочного органа Союза Советских писателей с тем, чтобы он находился в одном из крупных центров СССР». В этом письме утверждается, что «организация (Союз писателей) по сути дела распалась и не представляет из себя целостной политической группы» (Бабиченко 1994: 71–72; цит. в: Перхин 2000: 182).
Толстому пришлось признать свои ошибки и отказаться от своих предложений. Кажется очевидным, что Толстой, как и в 1938 году на посту председателя московского Клуба писателей, только более решительно, покушался на авторитарный характер Союза писателей, намеревался изменить систему писательской жизни, возникшую после I съезда советских писателей. Он предлагал создать альтернативную Союзу организацию, звал к децентрализации художественной жизни, по сути к возрождению ситуации начала 1920-х годов (Перхин 2000 passim).
Именно с недовольством такими самовольными и опасными действиями Толстого Перхин связывает повторный арест Куйбышевским НКВД Георгия Венуса, которого Толстой в 1935 году попытался спасти от высылки. Это не удалось, но Толстые тогда облегчили Венусу условия, собрали деньги и вещи. В 1938 году из Венуса старались выбить показания против Толстого, но хрупкий Венус держался героически и патрона не сдавал. Толстой вновь пытается спасти своего протеже и пишет Ежову. И вновь дело ограничивается новыми и новыми бесплодными петициями и сбором денег и вещей для семьи Венуса, который, измученный, умирает.
В Ташкенте Толстой пишет пьесу об Иване Грозном. Идея написать о Грозном пришла ему еще в 1935 году, в 1938-м, вслед за выходом на экраны второй серии фильма «Петр Первый», его телефонным звонком вызвал к себе Сталин, которому вторая часть понравилась больше. Толстой на этой встрече обменялся со Сталиным трубками (Оклянский 2009: 461–462). Видимо, тогда и состоялся разговор об этом новом проекте. За зиму 1941/42 года Толстой в основном завершил пьесу, которая вначале так и называлась «Иван Грозный», а впоследствии, когда появилась вторая часть, стала известна как первая часть драматической дилогии «Иван Грозный» — «Орел и орлица». В феврале 1942 года он отправился в командировку в Куйбышев, где должен был участвовать в работе Комитета по Сталинским премиям. Во время этой командировки он закончил пьесу и роздал ее членам Комитета. Пьеса была восторженно встречена в кулуарах и еще до опубликования текста выдвинута на Сталинскую премию. В ожидании хороших новостей, в которых он почти уверен, Толстой возвращается в Ташкент.
Этой зимой он часто видится с Ахматовой и помогает ей. Между ними происходит некоторое сближение. В конце февраля Ахматова присутствует на чтении Толстым в Наркомпросе новой пьесы о Грозном. На следующий день, обсуждая пьесу с Лидией Чуковской, она сказала: «Я хочу сделать ему одно замечание: у него сказано: многие крестятся и снимают шапки. Разумеется, все, а не многие. А то выходят так: одни крестятся, а другие берут девок и идут в кусты» (Чуковская 1997: 402). Где-то в это же время Толстой в Союзе писателей поднял тост за Ахматову — «за первого русского поэта» (Там же). Лидия Чуковская записала 27 февраля 1942 года о том, что Ахматова была приглашена к Толстому в гости читать «Поэму без героя», очень не хотела, но я ее уговорила. <…>