Однако материалистические учения этих мыслителей все же страдали существенными недостатками. Дело в том, что в XVII—XVIII веках науки о природе занимались преимущественно накоплением материала, описанием отдельных веществ, растений, животных. Ведь для того, чтобы исследовать возникновение и развитие, например млекопитающих, необходимо было прежде всего описать различные виды этих животных, изучить их отличия от рыб, птиц и других живых существ. Чтобы вскрыть взаимосвязь и единство химических элементов, необходимо отличить их друг от друга, установить, скажем, чем отличается железо от меди, медь — от золота и так далее. Для изучения свойств отдельных веществ, растений, животных, для отличения их друг от друга ученые должны были выделять их по возможности в чистом виде, рассматривать каждое в отдельности, независимо от другого. Поэтому естествознание XVII— XVIII веков не интересовалось еще всеобщей связью явлений, не изучало их изменения, взаимопревращения, развития. Естествоиспытатели, как правило, полагали, что изучаемые ими предметы всегда существовали и притом всегда находились в одном и том же состоянии. Короче говоря, в естествознании XVII—XVIII веков господствовал метафизический подход к явлениям природы. И материализм передовых мыслителей того времени также был метафизическим. В этом заключалась его главная ограниченность, его основной порок.
Материалисты XVII—XVIII веков рассматривали мир преимущественно как совокупность неизменных, готовых вещей, которые и в будущем останутся такими же, как теперь. Изменение, развитие допускалось ими, скорее, как исключение, чем как правило. Сущность явлений считалась неизменной. Всегда существовала Земля и различные растения и животные, населяющие ее, всегда Существовал человек — так полагали метафизические материалисты. Правда, у наиболее выдающихся представителей материализма XVII—XVIII веков мы встречаем иногда глубокие догадки относительно происходящих в природе изменений, развития. Так, например, великий французский материалист XVIII века Д. Дидро не соглашался с теми учеными, которые утверждали, что животные всегда были такими же, какими мы их видим теперь. Он писал по этому поводу: «Какая бессмыслица! Ведь совершенно же неизвестно, чем они были прежде, равно как неизвестно и то, чем они будут впоследствии. Невидимый червячок, который возится в грязи, находится, может быть, на пути к превращению в большое животное...». Но такого рода догадки не изменяют в целом метафизического характера материализма XVIII века.
Следует также иметь в виду во избежание упрощения, что метафизические материалисты XVII—XVIII веков не отрицали движения в природе. Они обычно говорили, что все тела природы находятся в движении.
Французские материалисты XVIII века даже выдвинули важное положение о неотделимости движения от материи. Но движение тогда понималось лишь как перемещение тел в пространстве, лишь как перемена места, вследствие которой ничего по существу не изменяется, ничего нового не возникает.
В XVII—XVIII веках из всех наук о природе наиболее развитой была механика, изучавшая перемещение тел в пространстве, и материализм того времени, основываясь главным образом на данных механики, не видел других, немеханических форм движения материи. Но одно дело изучать перемещение тел в пространстве, а другое — считать перемещение единственно возможной формой движения материи. Последняя ошибка как раз и допускалась метафизическими материалистами, также как и естествоиспытателями того времени. Все они пытались понять даже наиболее сложные процессы в природе как механические, изображая, например, человека в виде машины, системы рычагов, блоков и так далее.
Так, великий английский материалист XVII века Т. Гоббс следующим образом объяснял работу сердца. «...Что такое сердце,— писал Гоббс,— как не пружина? Что такое нервы, как не такие же нити, а суставы, как не такие же колеса, сообщающие движение всему телу так, как этого хотел мастер?» Конечно, такое понимание процессов, происходящих в живом организме, является весьма упрощенным. Таким образом, материализм XVII—XVIII веков — и это составляет второй его недостаток — был не только метафизическим, но и механистическим.
Третьим серьезным недостатком этого материалистического направления был идеализм в понимании общественной жизни. Материалисты XVII—XVIII веков, так же как и их предшественники, были материалистами лишь в понимании природы. Никто из них не мог материалистически объяснить общественную жизнь, историю человечества; все они в этой области оставались идеалистами.