Судебное разбирательство дела евнухов проходило под председательством руководителя Ведомства наказаний Сюэ Юньшэна. Он потребовал от Департамента императорского двора, чтобы находящиеся на свободе евнухи Ли Лайси и двое других были переданы в Ведомство наказаний. Департамент на это требование ответил, что «евнухи скрылись и нет возможности осуществить их арест и доставку». Сюэ отлично понимал, что это всего лишь уловка, но ничего не мог поделать.
В судебном разбирательстве по делу евнухов Ведомство наказаний выступало совместно с Цензоратом и Палатой всеобщего контроля. Наконец все три ведомства представили на рассмотрение императору совместный документ, в котором утверждалось, что Ли Чанцай и Чжан Шоушань за свои преступления должны быть обезглавлены, Фань Ляньюань и Янь Баовэй «повешены не позднее осени», а Би Вэньлу и Чэнь Хэюй «сосланы за 2 тыс. км от столицы в приграничные районы империи, где и должны находиться в заключении в течение 10 лет».
Поскольку упомянутый документ был составлен в том же духе, что и эдикт императора Гуансюя, три ведомства были убеждены, что никаких затруднений по его одобрению не возникнет. Было объявлено, что в течение нескольких ближайших дней преступники подвергнутся смертной казни при стечении масс народа, и даже назначено время, хотя на обвинительных документах еще не были поставлены личные подписи виновных. Однако в назначенное время казни не произошло. Начальник дворцовых евнухов Ли Ляньин, фаворит Цыси, считая, что казнь евнухов императорского двора может задеть его собственный престиж руководителя аппарата евнухов и дискредитирует его, обратился к одному из своих влиятельных друзей с ходатайством перед вдовствующей императрицей о смягчении наказания преступникам. Поскольку документ трону был подписан тремя ведомствами и основан на декрете, составленном самим императором, Цыси решила, что во избежание критики вину осужденных евнухов следует трактовать как «непреднамеренное убийство». В таком случае преступники могли рассчитывать на более легкое наказание.
Вмешательство вдовствующей императрицы поставило руководителя Ведомства наказаний Сюэ в затруднительное положение. Так же, как и другие чиновники трех ведомств, он негодовал по поводу произвола Цыси и ее евнуха Ли. Между тем всемогущий Ли Ляньин тайно попросил нескольких высокопоставленных чиновников придумать какие-нибудь тактические ходы, чтобы сделать Сюэ более уступчивым. Сюэ подготовил новый меморандум трону, опровергая точку зрения, что смутьяны-евнухи виновны лишь в непреднамеренном убийстве и уже раскаялись, подчеркивая при этом, что императорский эдикт, выпущенный ранее, проигнорирован. Императору он предлагал, несмотря на то, что «применяются неблаговидные и противозаконные действия по этому делу», «воздержаться от каких-либо других предложений, высказываемых ему», и держаться старой точки зрения. Подковерная возня, которая стала известной при дворе, резкие выпады Сюэ Юньшэна и дополнительная петиция осложнили положение императрицы Цыси. Она вынуждена была в конце концов одобрить казнь Чжан Шоушаня, убившего офицера Чжао Юньци, а в отношении Ли Чанцая предложить новое наказание, «заключение в тюрьму в ожидании обезглавливания поздней осенью». Она рассчитывала, что ко времени казни решение будет пересмотрено. Третий виновный евнух был приговорен только к ссылке. Но на этом дело не закончилось. Цыси и ее протеже Ли Ляньин отныне рассматривали Сюэ Юньшэна как личного врага и строили против него всяческие козни. Было все подстроено так, что Цензорат обвинил Сюэ в растратах финансовых средств, и он был отправлен в Тяньцзинь. А его сын, который преподавал конфуцианскую классику в учебном заведении, также впутанный в это дело, был лишен жалования за 9 месяцев. В конце концов они добились того, что Сюэ Юньшэн в связи с «плохим здоровьем» был уволен со службы, после чего он выехал в родную деревню в провинции Шаньси. Так закончилось дело о «евнухах, устроивших беспорядки в театре».
Самым распространенным наказанием для евнухов было битье бамбуковыми палками. Вот как был наказан Сунь Яотин, когда разбил посуду. Пришли четверо евнухов с желтым мешком. Один евнух высыпал из мешка 6–7 бамбуковых палок и доску около метра длиной. Два евнуха повалили Сунь Яотина на пол и быстро стянули с него штаны.