Григора был выдающимся ученым своего времени. Он делал астрономические расчеты пасхалии и предлагал реформу юлианского календаря в духе будущего григорианского; император Андроник II хотел принять эту реформу, но не решился. Григора написал два сочинения об астролябии, дописал 14 – 15 главы к 3-й книге «Гармонии» Птолемея (за что подвергся критике от Варлаама). Снискали популярность комментарии Григоры к трактату «О сновидениях» Синесия Киренского, в которых, кроме вопросов толкования сновидений, идет речь о теории музыки; это сочинение является также важным источником по теории и практике магии в античный и византийский периоды. Известно также пристрастие Григоры к герметическому корпусу и «Халдейским оракулам» (высмеивание в этом отношении Григоры св. Николаем Кавасилой см. в его «Слове против нелепостей Григоры»). Кроме прочего Григора написал фундаментальный труд «Ромейская история» (состоит из 37 книг); одна часть труда посвящена истории Византии и охватывает период с 1204 ПО 1339 г., другая часть (кн. 30–33) посвящена богословско-философским вопросам, связанным с полемикой Григоры с Паламой. Для Григоры как историка характерно представление о синергии человеческой воли и Божественного провидения, проявляющейся в ходе истории. В философском отношении он тяготеет к Платону и платонической традиции; во «Флорентийце» и других своих произведениях Григора критикует Аристотеля, учение которого он также хорошо знал. Григора был одинаково хорошо начитан в произведениях как античных философов, так и церковных писателей.
Григора разделял учение об эйдосах родов и видов сущего, а также, вероятно, учение о Мировой Душе. Согласно Григоре, логика и силлогистика применимы только в отношении знания о чувственных вещах, но не в отношении истинной реальности; именно основываясь на этой позиции, Григора критиковал латинян за использование силлогистики в богословии. В целом же Григора настаивал на том, что нет необходимости в полемике православных с латинянами, поскольку отсутствует судейская инстанция, которая могла бы вынести вердикт о правоте той или иной стороны, нет четкой терминологической базы, необходимой для ведения полемики, и вообще, основа веры у латинян и православных – одинакова. Свт. Григорий Палама по этому вопросу занимал противоположную позицию, считая возможным и даже необходимым использовать доказательные методы (аподиктические силлогизмы) в антилатинской полемике[709].
Одним из важнейших вопросов, представлявшим предмет полемики между Никифором Григорой и свт. Григорием Паламой, является вопрос о статусе Фаворского света и Божественных энергий. Как и его предшественники антипаламиты, Григора отрицал, что можно вести речь о том, что имеются нетварные Божественные энергии, отличные от сущности Бога, а также о нетварности света, виденного апостолами на Фаворе. Согласно Григоре, все существующее может быть либо сущностью, либо привходящим; соответственно, энергия Бога может быть либо тождественна с Божественной сущностью, либо быть внешней для нее, а значит, тварной (поскольку существует либо тварное, либо нетварное) и имеющей начало и конец во времени.
Отрицая существование нетварных Божественных энергий, Григора утверждает, что Бог присутствует в мире по Своей сущности и сущность Божия причастна всему тварному сущему. Отсылая к текстам отцов Церкви, но в действительности некорректно используя их терминологию, в споре с Паламой Григора доказывает, что Бог присутствует и причаствуется всем сущим, и причаствуется Он именно по Своей сущности, а не по энергиям.