Далее, централизация империи неумолимо наступала на локальные вольности. По-видимому, в 529 г. Юстиниан I запретил преподавать философию и право в Афинах. Недавние раскопки в этом городе обнаружили близ холма Ареопага просторное здание V в. н. э., которое, по мнению археологов, служило частной философской школой. В начале VI в. оно было преобразовано в христианское культовое здание и к нему был пристроен баптистерий (крещальня). Была ли эта метаморфоза результатом указа Юстиниана, или, наоборот, предшествовала ему и отражала сдвиг в общественном мнении, пока сказать невозможно. Указ Юстиниана, надо думать, распространялся и на другие университетские центры.
Внешние причины также способствовали исчезновению провинциальных высших школ. Бейрутская школа, разрушенная землетрясением 551 г., больше не восстанавливалась. Когда же в середине VII в. арабы овладели Египтом и Сирией, восточные университетские города были отторгнуты от Византии.
Афины, правда, сохраняли некоторое время значение научного центра. Еще на рубеже VI–VII вв. в Константинополе славился «некий учитель из Афин», а полулегендарное латинское «Житие св. Эгидия» (конец VII в.) сообщает, что тот был родом из Афин и изучал в этом городе «свободные науки». Еще век спустя Стефан Сурожский (если только верить его агиографу) застал в Афинах философов и риторов, в беседах с которыми довершал свое образование. Но постепенно и афинские высшие школы сходят на нет. Высшее образование сосредоточивается в Константинополе.
Об устройстве Константинопольской высшей школы мы узнаем из указа Феодосия II от 425 г. Университет назывался «auditorium» (от латинского «audire» — «слышать»), ибо и в высшей школе обучение было основано на выслушивании объяснений учителя. Он размещался в экседрах (залах с нишей) на южной стороне константинопольского Капитолия, построенного Константином I; экседры выходили на улицу.
В отличие от других ранневизантийских школ константинопольский аудиторий — государственное учреждение. Его профессора считались государственными служащими и пользовались привилегиями, которые не распространялись на обычных городских грамматиков и риторов; они составляли замкнутую корпорацию и носили особую одежду. Все лица, не включенные в профессорскую корпорацию, должны были прекратить публичное преподавание в столице — в противном случае им угрожала ссылка.
Указом Феодосия аудиторию было определено иметь 31 профессора: десять преподавали греческую грамматику, десять — латинскую; трое были учителями латинского красноречия, и пятеро — греческого; наконец, двое вели курс права и один — философии.
На первых порах Константинопольский университет по своему духу мало чем отличался от других высших школ: он поддерживал тесный контакт с Александрией, Афинами, Бейрутом, его профессора были по преимуществу нехристиане. Однако уже в конце V в. язычество константинопольской профессуры стало выглядеть одиозно: под давлением государства кое-кого из учителей аудитория предали суду, другие предпочли принять новую религию. Дальнейшая судьба аудитория недостаточно ясна.