Южный князь из старой Руси был по нраву новгородцам; при нем было легко их волости. Но подобно всем князьям Михаил не мог долго у них оставаться. Он пошел сперва во Владимир выпрашивать у Юрия назад товаров новгородских, которые тот захватил на Торжку и по своей волости; возвратясь с товарами в Новгород, он стал на Ярославовом дворе и сказал новгородцам: «Не хочу у вас княжить, иду в Чернигов; пускайте ко мне купцов, пусть ваша земля будет, как моя земля».
Новгородцы много упрашивали его остаться и не могли упросить.
Проводивши Михаила с честию, новгородцы принуждены были опять послать в Переяславль к Ярославу. Тот пришел к ним и на этот раз пробыл в Новгороде почти три года, и когда уходил назад в свой Переяславль, то оставил новгородцам двоих сыновей Федора и Александра с боярином Федором Даниловичем и с тиуном Якимом. Но при Ярославе и сыновьях его Новгородской волости не было так легко, как при Михаиле черниговском: явились новые подати, новые распоряжения, каких не было означено в старых грамотах Ярославовых. С другой стороны, молодым князьям или, лучше сказать, дядьке их Федору Даниловичу не могло нравиться в Новгороде, где происходили беспрерывные волнения и вечевые самоуправства, неизвестные в Низовой земле. Осенью 1228 года полили сильные дожди день и ночь, с Успеньева дня до Николина не видать было солнца; ни сена нельзя было добыть, ни пашни пахать.
Тогда дьявол, по выражению летописца, завидуя христианским подвигам владыки Арсения, возбудил против него чернь: собрали вече на Ярославовом дворе и пошли на двор владычин, крича: «Это из-за Арсения так долго стоит у нас тепло, он выпроводил прежнего владыку Антония на Хутынь, а сам сел, задаривши князя»; вытолкали его за ворота, как злодея, чуть-чуть не убили; едва успел он запереться в Софийской церкви, откуда пошел в Хутынь монастырь. На его место вывели опять прежнего архиепископа Антония, но этим дело не кончилось: взволновался весь город, вооружились и пошли с веча на тысяцкого Вячеслава, разграбили двор его, двор брата его Богуслава, двор Андреича, владыкина стольника и других; послали грабить двор и Душильца, липитского старосты, а самого хотели повесить, но он успел убежать к Ярославу, так взяли его жену, говоря: «Эти люди наводят князя на зло».
Отнявши должность тысяцкого у Вячеслава и давши ее Борису Негочевичу, новгородцы послали сказать князю Ярославу: «Приезжай к нам, новые пошлины оставь, судей по волости не шли, будь нашим князем на всей воле нашей и на всех грамотах Ярославовых, или ты себе, а мы себе». Вместо ответа Федор Данилович и тиун Яким, взявши двух княжичей, побежали из Новгорода, новгородцы сказали: «Что же это он побежал? Разве какое зло задумал на св. Софию, а мы их не гнали, только братью свою казнили, а князю никакого зла не сделали, пусть на них будет бог и крест честный, а мы себе князя промыслим»; поцеловали образ богородицы, что быть всем заодно, и послали за Михаилом в Чернигов; послы их были задержаны в Смоленске тамошними князьями по Ярославову научению, да и потому, вероятно, что Ростиславичи не могли желать добра новгородцам после изгнания Всеволода.
Несмотря на то что Михаил как-то узнал о новгородских происшествиях, о том, что послы, отправленные за ним, задержаны в Смоленске и поскакал в Торжок, а оттуда в 1229 году явился в Новгороде, к величайшей радости новгородцев, которым целовал крест на всей их воле и на всех грамотах Ярославовых, освободил смердов от платежа дани за пять лет, платеж сбежавшим на чужую землю установил на основании распоряжений прежних князей. Получив желанного князя, сторона Михайлова обратилась против своих противников, приверженцев Ярославовых, преимущественно городищан: дворов их не грабили, но взяли с них много денег и дали на строение большого моста. Тогда же отняли посадничество у Ивана Дмитриевича и отдали его Внезду Водовику, а Иванку дали Торжок; но жители этого города не приняли его, и он пошел к Ярославу.