Уолсингем завербовал Гиффорда в качестве шпиона, и фактически именно Уолсингем приказал Гиффорду отправиться во французское посольство и предложить себя в качестве курьера. Всякий раз письмо для Марии, или от нее, попадало вначале Уолсингему. Тот передавал его своим подчиненным, которые вскрывали каждое письмо, снимали с него копию, вновь запечатывали его такой же печатью и отдавали обратно Гиффорду. Будто бы нетронутое письмо доставлялось Марии или ее корреспондентам, которые оставались в неведении о происходящем.
Когда Гиффорд вручал Уолсингему письмо от Бабингтона Марии, первоочередная задача заключалась в том, чтобы дешифровать его. Уолсингем впервые столкнулся с кодами и шифрами при чтении книги, написанной итальянским математиком и криптографом Джироламо Кардано (предложившим, между прочим, вид письма для слепых, основанный на тактильности, — предшественник шрифта Брайля). Книга Кардано пробудила интерес Уолсингема, но только работы по дешифровке корреспонденции фламандского криптоаналитика Филиппа ван Марникса убедили его в необходимости иметь в своем распоряжении дешифровальщика. В 1577 году Филипп Испанский использовал шифры для переписки со своим сводным братом, также католиком, доном Хуаном Австрийским, который управлял большей частью Нидерландов. В письме Филипп предлагал план вторжения в Англию, но оно было перехвачено Вильгельмом Оранским, который передал его Марниксу, своему шифровальщику. Марникс расшифровал план, и Уильям переправил информацию Даниэлю Роджерсу, английскому агенту, работающему на континенте, который, в свою очередь, предупредил Уолсингема об угрозе нападения. Англичане укрепили свою оборону, что оказалось достаточным, чтобы вынудить испанцев отказаться от попытки вторжения.
Теперь, всецело осознав ценность криптоанализа, Уолсингем основал шифровальную школу в Лондоне и взял себе на службу в качестве шифровальщика Томаса Фелиппеса, человека «невысокого роста, незначительного во всех отношениях, близорукого, с волосами цвета соломы — на голове темнее, борода светлее, — с изъеденным оспой лицом, на вид около тридцати лет». Фелиппес был лингвистом, знавшим французский, итальянский, испанский, латинский и немецкий языки, но гораздо важнее было то, что он являлся одним из лучших в Европе криптоаналитиков.
Получив письмо, для Марии или от нее, Фелиппес просто проглатывал его. Для него, знатока частотного анализа, отыскать решения было всего лишь вопросом времени. Он находил частоту появления каждой буквы и в качестве рабочей гипотезы делал предположение о значении тех из них, которые появлялись чаще всего. Если при данном предположении получалась нелепица, он возвращался назад и пробовал другую замену. Постепенно он идентифицировал «пустые» символы — криптографические «ложные следы». В конечном счете осталось только небольшое количество кодовых слов, значения которых могло быть выяснено из контекста.
Когда Фелиппес дешифровал письмо Бабингтона к Марии, в котором недвусмысленно предлагалось убийство Елизаветы, он незамедлительно направил его своему господину. Сейчас Уолсингем мог бы схватить Бабингтона, но ему хотелось большего, нежели казнь горстки заговорщиков. Он выжидал, надеясь, что Мария ответит и одобрит заговор, тем самым изобличив себя. Уолсингем уже давно жаждал смерти Марии, королевы Шотландии, но он понимал нежелание Елизаветы казнить свою двоюродную сестру. Однако если бы он смог доказать, что Мария поддерживала покушение на жизнь Елизаветы, тогда, без сомнения, его королева дозволит предать казни свою католическую противницу. Вскоре упованиям Уолсингема суждено было оправдаться.
17 июля Мария ответила Бабингтону, подписав тем самым свой смертный приговор. Она подробно написала о «плане», особо оговорив, что должна быть освобождена одновременно, или чуть раньше, убийства Елизаветы, в противном случае новости могут дойти до ее тюремщика, который может убить ее. Как обычно письмо, перед тем как попасть к Бабингтону, оказалось у Фелиппеса. Проведя криптоанализ предыдущего письма, он с легкостью дешифровал и это, прочитал его и пометил знаком «П» — обозначением виселицы.