Когда Фелиппес дешифровал письмо Бабингтона к Марии, в котором недвусмысленно предлагалось убийство Елизаветы, он незамедлительно направил его своему господину. Сейчас Уолсингем мог бы схватить Бабингтона, но ему хотелось большего, нежели казнь горстки заговорщиков. Он выжидал, надеясь, что Мария ответит и одобрит заговор, тем самым изобличив себя. Уолсингем уже давно жаждал смерти Марии, королевы Шотландии, но он понимал нежелание Елизаветы казнить свою двоюродную сестру. Однако если бы он смог доказать, что Мария поддерживала покушение на жизнь
Елизаветы, тогда, без сомнения, его королева дозволит предать казни свою католическую противницу. Вскоре упованиям Уолсингема суждено было оправдаться.
17 июля Мария ответила Бабингтону, подписав тем самым свой смертный приговор. Она подробно написала о «плане», особо оговорив, что должна быть освобождена одновременно, или чуть раньше, убийства Елизаветы, в противном случае новости могут дойти до ее тюремщика, который может убить ее. Как обычно письмо, перед тем как попасть к Бабингтону, оказалось у Фелиппеса. Проведя криптоанализ предыдущего письма, он с легкостью дешифровал и это, прочитал его и пометил знаком «П» — обозначением виселицы.
У Уолсингема на руках были все доказательства для ареста Марии и Бабингтона, но он все еще не был окончательно удовлетворен. Чтобы полностью искоренить заговор, ему нужны были имена всех, кто принимал в нем участие, поэтому он попросил Фелиппеса добавить к письму Марии приписку с просьбой Бабингтону назвать их имена. Один из талантов Фелиппеса заключался в умении подделывать почерк; говорили, что он «хотя бы раз увидев написанное рукой любого человека, мог воспроизвести его почерк, и это выглядело бы так, словно этот человек сам написал это». На рисунке 9 показана приписка, которую он сделал в конце письма Марии Бабингтону. Она может быть расшифрована с помощью номенклатора Марии, представленного на рисунке 8; в результате получится следующий незашифрованный текст:
Рис. 9 Приписка к письму Марии, добавленная Томасом Фелиппесом. Ее можно расшифровать с помощью номенклатора (рис. 8).
Я была бы рада узнать имена и положение всех шестерых дворян, которым поручено привести план в исполнение, так как вполне возможно, что, зная их, я смогу дать вам дальнейшие необходимые указания и, время от времени, в частности, как вам действовать; в тех же целях сообщите мне, по возможности быстрее, кто из них уже посвящен в это и насколько.
Шифр Марии Стюарт наглядно показал, что слабое шифрование может быть даже хуже, чем если бы его не было вовсе. И Мария, и Бабингтон подробно писали о своих намерениях, полагая, что суть их переписки останется в тайне, а вот если бы они вели переписку открыто, они бы обсуждали свой план более сдержанно и осмотрительно. Более того, их непоколебимая вера в свой шифр сделала их крайне беззащитными перед подделанной припиской Фелиппеса.
Зачастую и отправитель, и получатель настолько верят в стойкость используемого ими шифра, что считают, что противник не сумеет им воспользоваться и вставить сфальсифицированный текст. Надлежащее применение стойкого шифра является очевидным благом для отправителя и получателя, использование же нестойкого шифра может создать ложное чувство безопасности.
Вскоре после получения письма с припиской Бабингтону понадобилось выехать за границу, чтобы организовать вторжение, и он должен был зарегистрироваться в ведомстве Уолсингема для получения паспорта. Это был прекрасный момент, чтобы схватить изменника, но чиновник Джон Скадемор никак не ожидал, что тот, кого усиленно разыскивают по всей Англии, появится на пороге его кабинета. Скадемор, у которого в этот момент никого не оказалось под рукой, пригласил ничего не подозревающего Бабингтона в ближайшую таверну, стараясь потянуть время, пока его помощник соберет отряд солдат. Немногим позже ему в таверну принесли записку, в которой сообщалось, что для ареста все готово. Однако Бабингтон все же успел взглянуть на нее и, небрежно сказав, что заплатит за пиво и еду, поднялся, оставив на столе свою шпагу и куртку как свидетельство того, что через минуту вернется; вместо этого выскользнул из задней двери и бежал, вначале в рощу Сент-Джона, а затем в Харроу. Чтобы скрыть свою аристократическую внешность, он коротко обрезал волосы и окрасил кожу соком грецкого ореха. Целых десять дней ему удавалось ускользать от рук полиции, но к 15 августа Бабингтон и его шесть друзей были схвачены и препровождены в Лондон. По всему городу триумфально звонили церковные колокола, торжествуя победу. Их смерть была ужасной и мучительной. По словам историка Елизаветы Уильяма Камдена, «им отрезали половые органы, еще у живых вытащили внутренности, так чтобы они могли все это видеть, и четвертовали».