Супруги первым делом предприняли меры по наведению порядка и укреплению королевской власти. В Кастилии Изабелла навела порядок, ограничила власть знати, прекратила междоусобицы, Для борьбы с еретиками и лжехристианами — маранами в 1480 г. был учрежден первый тайный трибунал инквизиции. Назначенный в 1483 г. великим инквизитором монах Доминиканского ордена еврей Томас Торквемада (1420–1498) довел количество трибуналов до тринадцати, при нем было сожжено около 10 тысяч еретиков, столько же лишились имущества и гражданских прав. Мараны, тайные иудеи, при господстве ислама они были мусульманами, после изгнания арабов, стали христианами, при этом, продолжали тайно сохранять приверженность иудаизму. Под маской христиан они достигли большой власти в Кастилии и Арагоне. В 1492 г. Торквемада добился у королевы указа о высылке из страны всех некрещеных евреев. Многие мараны и иудеи бежали в другие европейские государства, главным образом, в Голландию, где спустя почти сто лет они способствовали падению испанской власти в этой стране. Как сказал великий кормчий: "Месть — дело правое".
В 1482 г. Изабелла начала войну с эмиратом Гранада, последним оплотом мусульман на Пиренеях. В начале войны объединенные силы христианских государств терпели поражения, но благодаря мужеству Изабеллы, её организаторским способностям и государственному уму в войне произошел перелом. Война, длившаяся десять лет, закончилась победой в январе 1492 года. Мусульманское иго, довлеющее над христианами Пиренейского полуострова восемь веков, пало. Часть арабов приняла христианство (мориски), не принявших крещения в 1502 г. выслали из страны. Мориски продолжали тайно поклоняться Аллаху, ибо крещение их было ложно. В 1569–1570 гг. испанским властям пришлось подавлять восстание морисков (Альпухарская война). В 1609–1610 гг. несколько сот тысяч морисков было изгнано из страны. Жестокость католических королей была следствием жестокости мусульманских правителей Альморавидов и Альмохадов.
Часто приходиться читать при описании этих событий эпитет "несчастные" перед словами "евреи" и "арабы", и что их изгнание оказало негативное влияние на экономическое и политическое могущество Испании, так как страна лишилась трудолюбивых и образованных людей. Но, изгнав евреев и арабов, страна добилась национального единства и духовной мощи. И именно это позволило Испании стать самым могущественным европейским государством и завоевать полмира. Изабелла знала формулу могущества и величия — "Одна вера, один закон, одна страна".
Спустя полгода после освобождения Гранады, 3 августа 1492 года, эскадра из трех каравелл отплыла из порта Палоса, взяв курс на юго–запад. После остановки на Канарских островах корабли поплыли дальше. Ночью 12 октября один из моряков увидел землю, с рассветом эскадра подошла к одному из Багамских островов. Эскадрой руководил генуэзец Христофор Колумб, находящийся на службе у королевской четы — Изабеллы и Фердинанда. Так началось строительство одной из величайших империй.
После смерти Изабеллы в 1504 г. королевой Кастилии стала ее дочь Хуана, а отец — регентом. Фердинанд II был плохой воин, но хороший политик. Макиавелли в своей книге "Государь" объявил Фердинанда образцом всех государей, желающих увеличить свою власть. Очень редко можно найти в истории человека сумевшего извлечь уроки из прошлого. Если изгнание арабов является заслугой Изабеллы, то заслугой Фердинанда II является объединение Арагона и Кастилии в одно государство — Испанию.
Португалия начала строить свою империю раньше Испании. Еще в 1415 г. португальцы захватили на североафриканском берегу Сеуту. Затем последовали новые захваты. В 1487 г. португальцы обогнули мыс Доброй Надежды. В 1494 г. Испания и Португалия договорились о разделе зон будущих колониальных захватов (Тордесильясский договор). В 1498 г. корабли под руководством Васко да Гамы достигли берегов Индии. В 1496 г. король Мануэль I Великий (1495–1521), сделавший для Португалии то же, что Изабелла для Испании, изгнал из страны всех евреев и арабов. Период его правления был Золотым веком Португалии. В 1536 г. была введена инквизиция.