Из писем был сделан вывод, что Ливингстон собирается домой, поэтому эксцентричный Джеймс Гордон Беннетт из «Нью-Йорк геральд» направил одного из своих лучших репортеров в Аден, чтобы перехватить миссионера-первопроходца и записать его историю, прежде чем весь мир услышит ее. Репортером был двадцатисемилетний Стэнли, уже имевший за плечами достаточно опыта, чтобы написать пару романов. После своего бегства с фабрики он сменил несколько сомнительных занятий, нанялся помощником стюарда на американское судно, сбежал с корабля в Новом Орлеане, подружился с преуспевающим бизнесменом, чьей фамилией он впоследствии представлялся (он был окрещен Джоном Роулендсом, в честь своего предполагаемого отца), и наконец стал работать журналистом, последовательно дезертировав из вооруженных сил Союза и Конфедерации во время гражданской войны. Стэнли встретил свой двадцативосьмилетний юбилей в Адене, ожидая Ливингстона, а затем занялся другими делами.
Он освещал события гражданской войны в Испании осенью 1869 года, когда Джеймс Гордон Беннетт-младший вызвал его в Париж и снова поставил перед ним задачу найти Ливингстона. Жив он или умер, а если умер, то где и когда? Беннетт послал Стэнли с напутствием, которое стало знаменитым в журналистике: «Найди Ливингстона». Но сначала он дал молодому репортеру поручение написать целую серию других статей: об открытии Суэцкого канала, о событиях на Верхнем и Нижнем Ниле, в Иерусалиме, Константинополе, Крыме, Персии, Индии и, наконец, о Евфратской железной дороге. Лишь после этого он должен был отправиться за Ливингстоном. Стэнли получил распоряжение в Париже 27 октября 1869 года; 6 января 1871 года он прибыл в Занзибар, традиционное место отправки экспедиций в Восточную и Центральную Африку. До сих пор никто не получал вестей от Ливингстона.
Через четыре месяца, оставив позади тысячу миль пути, «спасательная» экспедиция прибыла в миссию Уджиджи на восточной оконечности озера Танганьика. Когда Стэнли увидел достопочтенного доктора Ливингстона, седобородого, в твидовых брюках и красном жилете, выглядевшего лишь немного бледным, он невольно усомнился в том, хочет ли Ливингстон, чтобы его спасали. Выяснилось, что пожилому ученому нужно лишь пополнить свои припасы и отправить в Англию коробку с рукописями, что и было исполнено с надлежащим усердием. Стэнли и Ливингстон путешествовали вместе в течение четырех месяцев, после чего миссионер продолжал исследования до самой своей смерти 1 мая 1873 года. Его тело было возвращено в Англию и похоронено в Вестминстерском аббатстве.
Стэнли, объявленный героем в Америке, тем не менее был назван обманщиком в Лондоне и подвергся критике как плохой лектор, когда начал публичные выступления. Во многих отношениях он был не самым приятным человеком: бестактным, высокомерным, обидчивым, мстительным, жадным до славы и денег. Однако когда он услышал о смерти Ливингстона (пожалуй, единственного человека, с которым ему удавалось хорошо ладить), то написал в своем дневнике:
«Я буду счастлив, если мне выпадет честь стать его преемником в открытии Африки для христианского мира. Однако мои методы будут отличаться от методов Ливингстона».
Эти слова, не предназначенные для чужих глаз, без сомнения были искренними. Сразу же после похорон Ливингстона Стэнли предложил издателям газет «Лондон дейли телеграф» и «Нью-Йорк геральд» «решить, по мере возможности, остающиеся проблемы в географии Центральной Африки; провести расследование и написать о набегах работорговцев».
Экспедиция, состоявшая из более чем 350 человек, в том числе 36 женщин, отправилась из Занзибара в ноябре 1874 года с большим количеством снаряжения, включая 44-футовую разборную лодку из пяти секций, названную «Леди Алиса». Три молодых англичанина — братья Эдвард и Фрэнсис Пококи, многое знавшие о малых судах, и Фредерик Баркер, служащий отеля, — были единственными белыми членами экспедиции, кроме Стэнли, но Эдвард Покок и Баркер умерли от лихорадки в самом начале пути.
В следующие два года Стэнли совершил круговое плавание по озерам Виктория и Танганьика, чего никогда не делалось раньше, составив довольно точные первые карты этих озер и разведанной части территории Уганды. Его главная цель заключалась в определении курса реки Луалаба, так как эту работу начал Ливингстон. Оба предполагали, что река поворачивает на север и впадает в Нил, но все знали, что она широка, таинственна, покрыта по берегам густыми лесами и исчезает в землях, населенных каннибалами.