Памина е в отчаяние от мълчанието на Тамино и иска да се самоубие. Появяват се трите момчета-гении, които й отнемат ножа и я убеждават, че Тамино я обича.
Дошло е времето на последното изпитание за Тамино. Той трябва да премине през вода и огън. Двама мъже, облечени в брони, отварят вратите на храма, през който той трябва да влезе. Към принца се спуска Памина. Тя иска да бъде заедно с него но време на изпитанието. Тамино засвирва с флейтата и под нейните звуци двамата успешно преминават.
Тамино и Памина са преминали щастливо през огъня и водата и тръгват към храма, където ги чака Зарастро, за да ги въведе при посветените в мъдростта и доброто.
Папагено не може да се помири с изгубването на Папагена. Изпаднал в отчаяние, той търси въже да се обеси. Внезапно пред него се появяват трите момчета-гении, които му напомнят за чародейните звънчета. Ловецът на птици засвирва и веднага Папагена пристига.
Царицата на нощта, трите дами и Моностатос, който им е станал съюзник, идват с намерение да убият Зарастро. Злият негър е изменил на своя предишен повелител, защото Царицата на нощта е обещала да му даде дъщеря си за жена. Обаче преди да изпълнят решението си, заговорниците са сразени от силите на доброто и потъват във вечния огън.
В храма на мъдростта и доброто се събират жреците, за да приемат Тамино и Памина. Сред ликуващите хора от царството на Зарастро двамата влизат в слънчевия храм.
МУЗИКА
„Вълшебната флейта“ е едно от най-висшите достижения на гениалния композитор Моцарт в областта на оперното творчество. По единството на замисъла, по правдивата трактовка на характерите и взаимоотношенията на героите и по цялостното музикално изграждане, с нея могат да се мерят само „Сватбата на Фигаро“ и „Дон Жуан“. Но все пак тук Моцарт е развихрил докрай огромното богатство на своята музикална фантазия, на ме-лодическата си изобретателност, на изумителното си композиционно майсторство и дълбокото познаване на сценичния жанр. Със средствата на музиката композиторът е успял да обрисува цялостно, вярно и убедително двата коренно противоположни свята — света на доброто и света на злото. Операта „Вълшебната флейта“ е написана в традициите на немския зингшпил, като отделните музикални номера са свързани с говорен текст вместо речитативи.
Увертюрата на „Вълшебната флейта“ заедно с увертюрите на „Дон Жуан“ и „Сватбата на Фигаро“ е една от най-хубавите в цялата немска класическа оперна литература. Тя е написана в духа на немския музикален фолклор и звучи празнично и вдъхновено, като убедително въвежда в чудния свят на произведението.
Първото действие изобилствува с арии, ансамбли, хорове. Постоянната смяна на лирични и комични сцени става с тънко чувство за мярка и събужда ярки емоции у слушателя. Рядко в едно произведение така умело и непринудено са примесени различните чувства: лириката се доближава до скръбта, скръбта се заменя съвсем естествено от радостта или от веселието и хумора. Силно впечатление прави арията или по-точно наситеният с много лирика и чист младежки копнеж монолог на Тамино с портрета. Веселата ария на Папагено е така близка до немската народна песен. Голямата брилянтна ария на Царицата на нощта се откроява сред най-хубавите музикални номера и най-популярните оперни откъси от цялото Моцартово творчество. Други прекрасни епизоди от първо действие са: квинтетът Тамино, Папагено и трите дами, дуетът Папагено—Тамино, дуетът Памина—Папагено, а също така и голямата сцена в края на действието.
Второ действие започва със забележителния хор на жреците. В това действие има още няколко хора — хоралът от IX картина, победният марш — апотеоз и други, които не отстъпват по високите си художествени качества на най-хубавите части от Реквиема на Моцарт. Арията с хор на Зарастро от началото на второ действие звучи истински величествено, а арията на Тамино с флейтата е въздействено лирично откровение. Наситена с искрени чувства е голямата ария на Памина от X картина. Един от върховете на музикалния изказ е възторженият дует на Тамино и Памина преди преминаването през огъня и водата. Много настроение, весела безгрижност и чистосърдечен хумор има в сцените на Папагено с Папагена и особено в чудесния им дует.
„Вълшебната флейта“ е едно от връхните достижения на немския музикален театър. Тя е произведение, което предшествува и подготвя появата на немската романтична опера, оформила се по-късно в творчеството на Вебер и Вагнер.