В градината на Сандомирския замък. Войводата Мнишек дава бал. Честолюбивата Марина, негова дъщеря, мечтае да завладее руския престол. Тя иска да изпълни намерението си с помощта на Самозванеца Димитрий, който е влюбен в нея. Марина е поканила Димитрий с намерение да го накара да предприеме незабавно поход срещу Москва. Честолюбивите й намерения се подклаждат умело от кардинал Рангони. С неискрени уверения в любов Марина изтръгва обещание от Самозванеца веднага да тръгне начело на полската войска срещу Русия.
В Москва пред катедралата „Василий Блажений“. Народ се е събрал пред църквата и очаква излизането на царя. Носят се слухове, че царевич Димитрий не е убит и сега с победоносните си войски приближава Москва. Появява се Уродливия. Деца му се подиграват и задигат петачето. От храма излиза Борис Годунов. Уродливия се оплаква на царя от децата. „Заповядай да ги убият, както уби малкия царевич“, му казва той. Приставите се спускат да накажат дръзкия побъркан, но царят не позволява. Борис дава шепа монети на Уродливия и му казва да се помоли за него. Обаче Уродливия хвърля монетите и отказва с думите: „Не трябва да се молим за царя — Ирод“. Борис Годунов е дълбоко развълнуван от думите на малоумния.
Гора край градчето Кроми. Разбунтувалият се народ довежда вързания болярин Хрушчов. Всички се подиграват на този досегашен потисник. Идват Варлаам и Михаил, които разказват за убийството на царевич Димитрий, извършено от Борис. Появяват се и група йезуити. Те отправят възхвала към възкръсналия Димитрий. Мужиците се нахвърлят върху тях, залавят ги и искат да ги обесят. Вълнението все повече нараства. В това време идва Самозванеца с войската си. Той освобождава Хрушчов и йезуитите и приканва всички да тръгнат заедно с него към Москва. Народът започва да разбира, че отново е излъган — това не е руският царевич Димитрий. Уродливия оплаква Русия и предсказва тежки изпитания. Народът, обхванат от тревога, наблюдава с ненавист чуждите войски, нахлуващи към Москва.
В гранатовата зала на Кремъл заседава съветът на Думата. Болярите обсъждат какво наказание да наложат на Самозванеца, когато бъде заловен. Шуйски разказва на присъствуващите за душевните страдания на царя; той сам е видял как Борис Годунов е отпъждал от себе си призрака на убития царевич. В този момент се втурва като обезумял царят, пъдейки несъществуващ призрак. При вида на болярите Борис се овладява. Шуйски докладва на царя, че в двореца е дошъл някакъв стар монах, който иска да разкрие важна тайна. Влиза Пимен. Старият летописец разказва какви чудеса са се случили на гроба на убития Димитрий. Обхванат от ужас, Борис пада като подкосен. Изнемощял, царят се повдига и със сетни сили повиква сина си Фьодор. В предсмъртния си час той го благославя и му завещава трона на Русия. Борис умира. Потресеният Фьодор се отправя към престола, но Шуйски му прегражда пътя …
МУЗИКА
„Борис Годунов“ е едно от най-високите достижения на цялата световна оперна литература. Това е дълбоко психологическа народна музикална драма. „Борис Годунов“ се отличава с изумителното богатство, с което са обрисувани главните музикални образи. Душевната драма на престъпния цар и голямата социална драма на народа са основните линии в творбата. Образът на Борис Годунов от началото на операта в цялото й развитие носи подчертана трагедийност, която естествено води до неизбежния му край. Още от момента на коронацията той е придобил чертите на някаква обреченост, която неотстъпно и неумолимо довежда до катастрофа. Втората основна линия — образът на народа, е придадена в друг план. Отначало народът е пасивен и търпеливо понася страданията си, но постепенно излиза от това състояние и в сцената „Под Кроми“ той е вече готов да защищава правата си със сила. По такъв начин Мусоргски съпоставя трагедията на разкъсвания от угризения на съвестта самотен цар със силата на духа на руския народ, който тогава, „В това смутно време“, не е намерил верния път за освобождението си.
В операта най-важно място заемат народните масови сцени.
На тях композиторът възлага важни драматургически задачи. Мусоргски разделя хората на няколко групи, които разговарят, спорят помежду си. Това създава голяма живост и динамичност на масовите сцени. В тяхното музикално изграждане преобладава песенността, близка до руското народно звукотворчество, а на места композиторът използува и истински народни мелодии. Такива са например сцената „Под Кроми“, както и сцената пред храма „Василий Блажений“. Често авторът използува и интонации от обикновения говор, и то не само при соловите партии, а и в хоровите.