Сенатор М. Щербинин приказывает "означенную книгу... арестовать" и подвергнуть ее "судебному преследованию", а заодно и автора и издателя.
Сеченову грозила судебная расправа. Обеспокоенные друзья спрашивали, кого из адвокатов думает Сеченов привлечь для защиты. Он ответил: "Зачем мне адвокат? Я возьму с собой в суд лягушку и проделаю перед судьями все мои опыты; пускай тогда прокурор опровергнет меня".
Дело было передано в Петербургский окружной суд "с покорнейшей просьбой о судебном преследовании автора и издателя книги "Рефлексы головного мозга" и об уничтожении самой книги".
В вину автору было поставлено и то, что он "объясняет психическую деятельность головного мозга с материалистических позиций", и то, что "книга не отличается отнюдь научным изложением, а представляет напротив популярную беседу с непосвященным читателем". А главное - то, что "Рефлексы головного мозга" якобы ниспровергают понятия о добре и зле, разрушают моральные основы общества...
Из окружного суда "дело" попадает к прокурору судебной палаты, который, однако, вынужден признать, что "упомянутое сочинение проф. Сеченова не заключает в себе таких мыслей, которые могли бы быть подведены под точный смысл законов и за распространение коих сочинитель на основании ныне действующих узаконений мог бы быть признан подлежащим ответственности".
Доводы прокурора были справедливы, в книге не было ничего, что можно было подвести под статью Уложения о наказаниях. Министр юстиции князь Урусов был вынужден согласиться с мнением прокурора. Он написал министру внутренних дел Валуеву предостерегающее письмо: "Гласное развитие материалистических теорий при судебном производстве этого дела,- говорилось в письме,- может иметь следствием своим распространение этих теорий в обществе, вследствие возбуждения особого интереса к содержанию этой книги". В свою очередь и министр внутренних дел вынужден был судебное преследование прекратить. 31 августа 1867 г. книга была освобождена из-под ареста и поступила в продажу.
Иван Михайлович Сеченов приобрел в правительственных кругах репутацию "отъявленного материалиста", идеолога сил, враждебных устоям государства. Именно эта репутация помешала избранию его в адъюнкты Академии наук, препятствовала утверждению его профессором Новороссийского университета; более того - на него обрушились реакционные журналы и университетские профессора. Самых суровых мер наказания для Сеченова требовал от правительства петербургский митрополит. Он хотел, чтобы "господина профессора Сеченова сослали для смирения и исправления" в Соловецкий монастырь "за предерзкое душепагубное и вредоносное учение". От Сеченова не скрывали причин, по которым его преследовали. Один из сановников прямо сказал Сеченову: "Напрасно вы напечатали ваши "Рефлексы головного мозга". На это ученый с достоинством ответил: "Надо ведь иметь мужество высказывать свои убеждения".
Вскоре после этого разговора Сеченов вновь издает "Рефлексы головного мозга" (1871 г.).
Мужественно вступил Иван Михайлович в полемику с профессором Петербургского университета К. Д. Кавелиным, в котором В. И. Ленин видел один из "отвратительных типов либерального хамства".
В 1872 г. либеральный журнал "Вестник Европы" напечатал объемистый труд Кавелина "Задачи психологии". Хотя Сеченов и не был назван в этом произведении, всем становилось очевидным, с кем полемизирует его автор. За ответ на статьи петербургского профессора И. Сеченов взялся "с особым удовольствием". Каждый вечер он писал замечания на труд Кавелина, некоторые положения статьи обсуждал с И. И. Мечниковым. В одиннадцатом номере "Вестника Европы" за тот же год появилась статья И. М. Сеченова "Замечания на книгу г. Кавелина "Задачи психологии", которая изобличила элементарное невежество профессора-идеалиста, непонимание им законов развития живой материи. Ученый доказывал, что кавелинская доктрина повторяет старые ошибки идеалистов.
В апрельском номере "Вестника Европы" появился обширный труд Сеченова "Кому и как разрабатывать психологию". Это второе после "Рефлексов головного мозга" капитальное исследование вопроса о сознании как свойстве материи. Но то, что в "Рефлексах" было лишь намечено, здесь разработано много полнее...
Вскоре Сеченов выпустил книгу "Психологические этюды", в которую вошли "Рефлексы головного мозга", "Замечания на книгу г. Кавелина "Задачи психологии" и "Кому и как разрабатывать психологию". Через год "Этюды" появились в Париже, на французском языке. Именно благодаря "Этюдам" Сеченов был избран одним из почетных председателей I Международного конгресса психологов в Париже (1889 г.).