Путешественник последовал совету писателя. В ответе Л. Н. Толстому он писал: "Я решил включить в мою книгу многое, что я прежде, до получения вашего письма, думал выбросить".
После долгих раздумий Николай Николаевич выработал план отчета о своем многолетнем путешествии: в первой части - подробный рассказ о ходе своих странствий и их научных результатах; во второй - чисто научные материалы, рассчитанные на специалистов. Первая часть, по мысли автора, должна быть доступна широкому кругу читателей.
В Петербурге он начал обрабатывать свои дневники. Его душил отек легких, ревматизм и невралгия вызывали острую боль, но он, пытаясь одолеть болезнь, диктовал текст. На него снова обрушились денежные затруднения. Чтобы выйти из них, он пишет статьи для газет и журналов. С сожалением сообщает брату: "Досадую, что так приходится бросать время".
Вскоре врачи запретили ему всякие занятия, ученый вынужден лечь в больницу. Но и здесь он работает: читает корректуру очерка, обещает редакции журнала прислать продолжение.
Смерть, последовавшая на 42 году жизни (1888 г.), помешала ученому осуществить свой замысел.
При жизни Миклухо-Маклая значение его научного подвига не было понято и оценено. "Он умер почти всеми забытый, всеми покинутый в горькой нужде, борясь с жестоким недугом, который явился у него вследствие расстройства организма, истощенного неблагоприятными условиями долгой скитальческой жизни",- писал один из журналов того времени ("Всемирная иллюстрация", 1888 г.).
В последующие годы о нем говорили и писали мало, издание его трудов затянулось на десятилетия. Правда, сразу же после смерти ученого Совет Русского географического общества поручил одному из своих членов, барону Каульбарсу, разобраться в литературном наследии великого путешественника. По-видимому, барону не хотелось особенно утруждать себя разбором. Об этом свидетельствует его "Отчет о рукописях, рисунках, фотографиях и картах Н. Н. Миклухо-Маклая".
В числе рукописей оказалось 16 карманных записных книжек, 6 больших книжек с заметками на русском, немецком и английском языках и с многочисленными рисунками. Каульбарс утверждал, что книжки эти представляют "совершенно сырой, несвязный материал, не поддающийся разработке без личного участия автора". В нескольких тетрадях были уже обработанные дневники первого пребывания на Новой Гвинее, следующих поездок туда и путешествий по Малаккскому полуострову. Эти тетради предназначались для печати, но в них встречались пропуски и пробелы. Кроме того, имелись альбомы рисунков и фотографические снимки, отрывочные заметки, оттиски печатных статей. Барон пришел к заключению, что дневники путешественника могли бы быть изданы, если бы нашлось лицо, которое привело их в порядок, пополнило пропуски и т. д.".
В это же время Совету Географического общества была представлена записка от младшего брата Миклухо-Маклая - Михаила - с пожеланием скорейшего выпуска в свет всех трудов путешественника. Совет вынес постановление: "Озаботиться приисканием лица, которому бы поручить обработку посмертно издания трудов Н. Н. Миклухо-Маклая", но ничего сделано не было.
Через десять лет этим вопросом заинтересовался Дмитрий Николаевич Анучин - один из крупнейших русских ученых в области антропологии, географии и этнографии. (В свое время Дмитрий Николаевич был лично знаком с путешественником, следил за его публикациями. Так, когда в 70-х гг. в Москве оказался оттиск статьи Миклухо-Маклая "Антропологические заметки о папуасах Берега Маклая", Анучин перевел ее на русский язык и опубликовал в журнале "Природа").
Ознакомившись с присланным архивом, Анучин убедился, что в нем имеется материал на два обширных тома. Составив план и согласовав его с Советом, ученый продолжил подготовку рукописей к печати. Но здесь выяснилось, что на издание... нет средств! С горечью писал Анучин: "За границей очень ценят таких путешественников, пролагающих дороги в отдаленных странах, среди неизвестных племен: там издают даже путешествия прежних веков (XVI-XVIII), находя в них много интересного, а у нас в кои веки выискался путешественник, отдавший лучшую часть своей жизни на изыскания в странах, которые обычно не привлекают к себе наших соотечественников, и вот все собранные им материалы оставлены без всякого внимания".
Неутомимый Анучин не сдается, делает еще одну попытку: он напечатал в немногих экземплярах два листа первого тома, подобрав хорошую бумагу, подходящий шрифт и крупный формат. На титуле было воспроизведено заглавие, сделанное пером самого путешественника. Но и эта попытка оказалась неудачной, она не могла пробить ледяного равнодушия президиума Географического общества.