Не маючи змоги розмістити будівлі на великій площі, будівництво роками продовжувалося вгору. У середині ХІІ століття абат Роберт Торіні розпочав нові роботи, які змінили обличчя Гори: він наказав обладнати дві темниці і досить скромний житловий будинок для себе, а ще набагато більший заїжджий двір для прочан, які стікалися до храму. Він також наказав збудувати дві вежі з обох боків церкви. У першій оселилася більша частина з понад чотирьохсот томів, з яких складалася бібліотека абатства, яке в той час називали Місто книжок. Значна кількість цих творів зникла, коли вежа завалилася десь років через дванадцять опісля її зведення. Друга розвалилася 1776 року.
У 1228 році завершилося спорудження подвійного будинку на три поверхи, в якому одна над одною містилося три їдальні (благодійницька, гостьова і чернеча) для бідних прочан, багатих гостей і ченців відповідно. Кімнати в західній частині відповідали схожому припису: внизу комірчина, призначена для потреб тіла, посередині скрипторій, для потреб розуму, на горі місце для моління, сад душі.
У XV столітті абати взялися за укріплення Монт-Сент-Мішель, щоб захистити його від нападу англійців, які повністю захопили провінцію, включно з Томбелен, острівцем по-сусідству. Гору захищав гарнізон у складі десь двохсот військових, яких направив Шарль VI. Та позбавлений доходів, які приносили підпорядковані йому абатства з-за Ла-Маншу, Монт-Сент-Мішель почав відчувати нестачу ресурсів: хоч як дивно звучало би, потири і монстрації переплавили, щоб викарбувати монети для оплати солдатів.
У 1421 чи в 1423 році у церкві завалився хор. Знадобилося століття, щоб його відбудувати в найчистішому стилі блискучої готики. Для цього спершу звели залу з великими стовпами (числом десять), масивні корені, які підтримували всю повітряну надбудову, що спиралася на ліс зовнішніх підпорних арок. На кожне віконце — кам’яна арка: дві конструкції, кожна — дзеркальне відображення іншої.
Насправді ж Монт-Сент-Мішель дав прихисток не одному абатству, а десятку, якщо не більше, деякі з них зникли, примарні абатства, на будівлях одних сьогодні лежить відбиток пустки, інші перебудовувалися протягом століть, добудовувалися і з’єднувалися з іншими, добре чи погано. Розчахнуті стіни, завалені склепіння, згорілі стелі, знесені вежі, засипані проходи, небезпечні сходи, розбиті дзвіниці, відновлені, зруйновані; схожий на десятки разів затертий рукопис, на якому збереглися уривки історії, сліди подряпин і нечитабельні знаки, Монт-Сент-Мішель є величезним кам’яним палімпсестом.
В абатстві чотири сади: гортулус, горóд, на якому ростуть овочі для повсякденного споживання, гербураліус, де ростуть лікарські рослини, сад троянд і бібліотека.
Цього ранку я зустрів садівника брата Клемента, худорлявого чоловіка зі світлою шкірою і блакитними очима кольору такого змитого, що вони здавалися майже білими. Він був зайнятий тим, що зрізав трави і потім швидко клав їх маленькими пучечками у плетений кошик. За ним слідував кіт, відстаючи на кілька кроків.
Брат Клемент привітався зі мною кивком голови, не зупиняючи роботи, а я далі роздивлявся сад. Цей горóд посеред неба, посеред моря нагадав мені ту казку, яку розказала Анна, про древній Вавилон, місто підвісних садів, у яких росли помідори і квіти, що розкривалися лишень за повні.
Про брата Клемента кажуть, що він трохи несповна розуму. У Богові він любить акт творіння і найсумирніших із творінь його — рослини. Його молитви називаються молодило, звіробій, квасоля. Можливо він і співає фальшиво, та саджає справно. Дерев’яні ящики з городиною рівненько вишикувалися в ряд, в кожному два-три види, які добре співіснують разом. Здається, він може визначити рослини на дотик, якщо не виключно за смаком або запахом. Роберт каже, що він інстинктивно знає, де посіяти насіння, яке йому дають ченці чи приносять у дар подорожні й прочани, і точно знає, яке потребує для росту багато води, а яке полюбляє сонце. Здається, що всяка церемонія для нього — маленьке випробування; він повертає обличчя до дверей, поки звучать священні слова, потихеньку вичищає землю з-під своїх нігтів. І щойно лунає «Ідіть з миром», він першим зривається на ноги і поспішає до своїх насінин і стручечків.