С некоторыми усложнениями подобный зачин мы встречаем и в «Князе Серебряном». По дороге в Москву в деревне Медведевке происходит столкновение князя Никиты Романовича Серебряного и его свиты с отрядом опричника Хомяка, что кладет начало всем распрям Серебряного с опричниной и самим Иваном Грозным (в романе — Иоанном). Хомяк здесь выступает в роли двойника царя, и князь лишь впоследствии узнает, что все бесчинства в Медведевке санкционированы новой политикой Ивана Грозного, получившей название «опричнина». Услуга же была оказана князем в той же сцене добродетельному разбойнику Ивану Перстню, которого опричники собирались казнить: князь спас его от смерти, а тот затем выведет князя из царской тюрьмы и спасет его. В сцене с медведем в Александровой слободе, напущенного Басмановым на Серебряного и перед которым князь не дрогнул, чувствуется влияние «Дубровского» Пушкина (вспомним сцену: Дефорж — Дубровский и медведь в имении Троекурова). В обрисовке станичной голытьбы, разбойников, повстанцев, сражающихся с басурманами-татарами, можно усмотреть влияние гоголевского «Тараса Бульбы».
В «Князе Серебряном» поражает тесная связь и взаимная перекличка между всеми эпизодами, точная и яркая характеристика героев, сохраняющих на всем протяжении романа свою определенность. Ни один эпизод не пропадает даром: он непременно получает отклик в последующих событиях. Создается впечатление какой-то неотвратимости развертываемых событий и порождается ощущение зыбкости, непрочности жизни в этом взбудораженном мире. Столкновение в Медведевке дает ход еще одной сюжетной линии в романе: деревня принадлежала опальному крамольнику боярину Морозову, и получалось, что Серебряный защищал противника царя Ивана Грозного. Но Морозов был женат на молодой боярыне Елене Дмитриевне, дочери окольничего, убитого под Казанью, в которую прежде был влюблен Серебряный, до своего отбытия с посольством в Литву, и Елена Дмитриевна сама питала к нему ответные чувства. Лишь долгое отсутствие Серебряного и домогательства чуждого ей князя Вяземского, перешедшего в опричнину, заставили ее выйти за престарелого Морозова. Но Серебряный по-прежнему любит Елену Дмитриевну, и взаимная страсть их вспыхнула с новой силой. Князь оказывался нарушителем семейного очага Морозова, которого искренне уважает и в ответ на это уважение сам пользуется симпатией боярина. Они оба чувствуют, что являются единомышленниками, противниками опричнины, и что у них до некоторой степени общая судьба. Хомяк одновременно двойник и Вяземского: недаром он вызывается быть «охотником», то есть наймитом, чтобы заступить его место в поединке с Морозовым. А двойником Морозова на этот раз оказывается простодушный парень Митька, воплощение исконно русской народной силы, служащий правде и справедливости. У Митьки, кроме того, имеются и свои личные счеты с Хомяком, и Митька в «божьем суде» оглоблей мстит своему оскорбителю: «Я те научу нявест красть!»
Все герои романа резко делятся на два лагеря: боярство и опричнину. В первом несколько равновеликих личностей, своим благородством вызывающих симпатии у читателя. Князь Серебряный — главный герой романа. Рядом с ним столь же значителен боярин Морозов. К ним примыкает тот боярин, которого отравят на пиру в Александровой слободе. Сюда же относятся и терзаемые царской опалой Колычевы, родственники сведенного митрополита. Толстому важно показать и убедить читателя, что боярщина была плодотворной почвой для возникновения сильных, волевых характеров, независимых мнений, благородства, мужества. Поэтому естественно, что вокруг Серебряного группируются добрые и храбрые люди из других сословий, служащих ему верой и правдой. Таков не только его стремянный Михеич, подающий мудрые советы осторожности и осмотрительности в действиях, милый Михеич, сдабривающий всякий раз самые горькие повороты судьбы самодельно-иронической поговоркой: «Тетка его подкурятина». Пристает к Серебряному и разбойничья шайка во главе с Иваном Перстнем, способная благородно послужить как в стычке с опричниками, так и в битве с татарами и уходящая вместе с Серебряным служить отчизне, а не царю на форпосты против татар к Жиздре, где Серебряный, как мы узнаем позднее, и погибнет. Отколовшийся от них Иван Перстень появляется в конце романа снова при дворе Иоанна Грозного как соратник легендарного Ермака уже под именем Ивана Кольцо, с посольством и дарами из Сибири. Он оказался также служителем отчизне, вопреки царским преследованиям и указам, и поставил себя выше царского гнева, даже вызволил у Иоанна невольную благодарность.