В 1565 году, к которому относится действие романа «Князь Серебряный», была введена опричнина. Название ее идет от слова «опричь», то есть «кроме», «особенный». Царь выделил в своем государстве уделы (Можайск, Суздаль, Белев, Вологда и др.), доходы с которых поступали в казну на содержание нового двора при царе, нового войска и управления с целью борьбы с «изменой» бояр, «крамолой», то есть с мятежами и заговорами. В опричнину шли мелкие дворяне, помещики, которые получали льготы. К ним отходили земли преследуемых бояр и крестьян. Активными участниками в проведении опричнины были бояре Алексей и Федор Басмановы, оружничий князь Афанасий Вяземский, Василий Грязной, Григорий Скуратов-Бельский, за жестокий нрав прозванный Малютой. Все это лица исторические, и они выведены в романе. В декабре 1564 года Иван Грозный из-за гнева на духовенство, бояр, приказных людей с сокровищами и ратью удалился в Александрову слободу, что в ста двадцати верстах на северо-восток от Москвы, и там создал свой новый опричный двор. А вся остальная «земщина», то есть большая часть государства, управлялась боярской думой и теперь была в растерянности. Авторитет царской власти на Руси был уже настолько крепким, что Иван Грозный смог позволить себе проделать этот грандиозный спектакль отречения. Вскоре из осиротевшей Москвы пришла депутация просить его остаться на царствовании. Иван Грозный получил чрезвычайные полномочия, и тут-то полилась кровь боярская. Террор усиливался до самой смерти Ивана Грозного, случившейся в 1584 году.
Тем не менее, при всей правдивости своих картин, А.К.Толстой подходит к оценке исторических событий в «Князе Серебряном» не всесторонне, как должно, а со своих морально-этических позиций. Это, конечно, сильно обмеляет роман. А.К.Толстой резко осуждает казни Ивана Грозного, его опричнину, не вдаваясь в оценку важных общенациональных и социальных причин консолидации единой Руси под эгидой Московского княжества. Толстой не видит прогрессивности создания на Руси единого абсолютистского государства. Он не задумывается над глубокими историческими причинами, вызвавшими необходимость укрепления власти московских князей, в частности Ивана IV, не видит, в конце концов, реакционности стремлений удельных князей и бояр воспрепятствовать этому процессу. Толстой, несомненно, идеализирует взаимоотношения боярства с народом, полагая, что их интересы едины. На самом же деле бояре жестоко эксплуатировали крестьян и социально ближе стояли к царю. В опричниках Толстой видит только лишь шайку честолюбцев, лжедрузей власти, не понимая, что опричники представляли собой помещичий слой, дворян, более, чем бояре, преданных царю-самодержцу, помогавших ему укрепить в государстве централизованную власть.
Смесь противоречивых начал: стремление к исторической достоверности, с одной стороны, и желание навязать читателю свои вкусы и симпатии в оценке событий и лиц, с другой, — сильно чувствуется в романе А.К.Толстого, особенно в сценах, где изображается борьба партий и стоящий в центре ее Иван Грозный.
Спаянной и все укрепляющейся в своих дружеских чувствах показана партия князя Серебряного и погрязшей во взаимных интригах партия опричников. В первой никто не претендует на главную роль, здесь могло быть сразу несколько вождей на равных условиях, и князь Серебряный избирается «гласом народным». Во второй — каждый угодничает перед царем, попирая других, каждый — жертва настроений царя, но сам готов выполнить любое, самое чудовищное его приказание. Федор Басманов доносит на Вяземского, Малюта — на Басманова и на царевича.
Образ Иоанна Грозного в романе, конечно, обужен, автор уклоняется от общей оценки: прогрессивным или реакционным было правление царя? А.К.Толстой умалчивает о важных проведенных Иоанном в государстве преобразованиях в управлении, суде, армии, о присоединении к России Казанского и Астраханского царств.
Но в пределах своей концепции А.К.Толстой весьма правдиво воспроизводит психологически противоречивый образ Иоанна Грозного. Это, несомненно, большая художественная удача писателя. В русской литературе никому еще не удавалось так правдоподобно нарисовать сложный исторический характер. Мы видим Иоанна как живого, верим в его психологическую достоверность. А.К.Толстой искусно меняет ракурсы освещения царя, изображает перепады в его настроениях, в гневе и милости, как государственного мужа и как жертву каприза, иногда проницательного, иногда ослепленного доверчивостью. На характер Иоанна Грозного наложило печать раннее сиротство, засилье временщиков во время боярского правления, зависимость от «Избранной рады», думного дьяка Адашева и священника Сильвестра. Много значили и личные особенности царя: маниакальная недоверчивость, патологическое пристрастие к мучительству и крови. А.К.Толстой прекрасно изображает казуистическую логику в рассуждениях неограниченного деспота, который никому не подотчетен, но иногда и заботится о внешнем благообразии своих действий и бесчинств. Он милует Серебряного за правдивость, но это только игра; прощения Иоанн обратно не возьмет, потому что-де, мол, крепко царское слово; но если будет на князе какая-либо новая вина, то и старая взыщется. Вот и все «правосознание отдельной личности», предначертанное с трона; ниже этого уровня опускаться уже некуда.