Княжий воевода принял деятельное участие в крещении Руси. Предания связывают с его именем обращение в христианство населения северных и северо-восточных областей Древнерусского государства. Поздние памятники сообщают, что Добрыня ходил с епископами «по Русской земле и до Ростова», «и учил… веровать в единого Бога в Троице славимого, и научил богоразумию и благочестию многих, и крестил без числа людей, и многие церкви воздвиг… И была радость великая в людях, и множились верующие, и повсюду прославляли имя Христа Бога» (Никоновская летопись, под 991 г.).
Однако же новгородские предания уверяют, что крещение Новгорода обернулось кровавой драмой. В связи с нехваткой лиц высшего духовного звания поставление новгородского епископа состоялось только в 991 или 992 г. — им стал простой корсунский священник Иоаким. Но еще в 990 г. из Киева в Новгород было отправлено несколько простых священников под охраной Добрыни. Миссия имела целью подготовить почву для массового крещения новгородцев. Поэтому проповедники ограничились тем, что обратились к горожанам с вероучительным словом, подкрепленным для вящего вразумления принародным зрелищем «сокрушения идолов» (вероятно, тех, что стояли на княжем дворе, так как главное святилище новгородцев — Перынь — пока не тронули). Итогом стараний киевских учителей было крещение некоторого числа новгородцев и возведение в Неревском конце, несколько севернее кремля, деревянного храма во имя Преображения Господня.
Дальнейшее известно по рассказу Иоакимовской летописи.
Ко времени прибытия в Новгород епископа Иоакима обстановка там была накалена до предела. Противники христианства сумели организоваться и взяли верх в Неревском и Людином концах (в западной части города), захватив в заложники жену и «неких сородников» Добрыни, которые не успели перебраться на другую сторону Волхова. Добрыня удержал за собой только Славенский конец на восточной (Торговой) стороне. Язычники были настроены весьма решительно — «собрали вече и поклялись не пустить [Добрыню] в город и не дать идолов низвергнуть». Напрасно Добрыня увещевал их «лагодными словами» — его не хотели слушать. Чтобы не дать отряду Добрыни проникнуть на городское левобережье, новгородцы разметали волховский мост и поставили на берегу два «порока» (камнемета).
Положение княжеской стороны осложнялось тем, что городская знать и волхвы примкнули к народу. В их лице восстание приобрело авторитетных вождей. Иоакимовская летопись называет два имени: главного городского волхва Богомила и новгородского тысяцкого Угоняя. За первым закрепилось прозвище Соловей — по его редкому «сладкоречию», которое он с успехом пускал в ход, возбуждая народ к сопротивлению Добрыне. Угоняй не отставал от него и, ездя всюду, вопил: «Лучше нам помереть, нежели богов наших дать на поругание».
Наслушавшись таких речей, рассвирепевшая толпа повалила на Добрынин двор, где содержались под стражей жена и родственники воеводы, и убила всех, кто там находился. После этого все пути к примирению были отрезаны.
Добрыне не оставалось ничего другого, как применить силу. Разработанная им операция по захвату новгородского левобережья может украсить учебник военного искусства любой эпохи. Ночью несколько сот человек под началом княжьего тысяцкого Путяты были посажены в ладьи. Никем не замеченные, они тихо спустились вниз по Волхову, высадились на левом берегу, выше города, и вступили в Новгород со стороны Неревского конца. В Новгороде со дня на день ожидали прибытия подкрепления — земского ополчения из новгородских «пригородов» (окрестных городов), и в стане Добрыни, очевидно, прознали об этом.
Расчет воеводы полностью оправдался: никто не забил тревогу, «все, кто видел ратников, принимали их за своих». Под приветственные крики городской стражи Путята устремился прямиком ко двору Угоняя. Здесь он застал не только самого новгородского тысяцкого, но и других главарей восстания. Все они были схвачены и под охраной переправлены на правый берег. Сам Путята с большей частью своих ратников затворился на Угоняевом дворе.
Тем временем стражники наконец сообразили, что происходит, и подняли на ноги новгородцев. Огромная толпа окружила двор Угоняя. Но арест городских старшин сделал свое дело, лишив язычников единого руководства. Толпа разделилась на две части: одна беспорядочно пыталась овладеть двором новгородского тысяцкого, другая занялась погромами — «церковь Преображения Господня разметали и дома христиан разграбили». Береговая линия временно была оставлена без присмотра. Воспользовавшись этим, Добрыня с войском на рассвете переплыл Волхов. Оказать непосредственную помощь отряду Путяты было, по-видимому, все-таки непросто, и Добрыня, чтобы отвлечь внимание новгородцев от осады Угоняева двора, приказал зажечь несколько домов на берегу. Для деревянного города пожар был хуже войны. Новгородцы, позабыв обо всем, бросились тушить огонь. Добрыня без помех вызволил Путяту из осады, а вскоре к воеводе явились новгородские послы с просьбой о мире.